seq1 = pF1KB5289.tfa, 1254 bp
seq2 = pF1KB5289/gi568815581f_1666911.tfa (gi568815581f:1666911_1877443), 210533 bp

>pF1KB5289 1254
>gi568815581f:1666911_1877443 (Chr17)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-283  (102942-103140)   99% ->
284-439  (104119-104274)   100% ->
440-643  (104962-105165)   100% ->
644-786  (108148-108290)   100% ->
787-997  (109622-109832)   99% ->
998-1254  (110277-110533)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGCCCTGGTGCTACTCCTCTGCATTGGAGCCCTCCTCGGGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGGCCCTGGTGCTACTCCTCTGCATTGGAGCCCTCCTCGGGCACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCTGCCAGAACCCTGCCAGCCCCCCGGAGGAG         GGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 CAGCTGCCAGAACCCTGCCAGCCCCCCGGAGGAGGTC...CAGGGCTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGACCCCGACAGCACAGGGGCGCTGGTGGAGGAGGAGGATCCTTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102949 CAGACCCCGACAGCACAGGGGCGCTGGTGGAGGAGGAGGATCCTTTCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGTCCCCGTGAACAAGCTGGCAGCGGCTGTCTCCAACTTCGGCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102999 AAAGTCCCCGTGAACAAGCTGGCAGCGGCTGTCTCCAACTTCGGCTATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGTACCGGGTGCGATCCAGCATGAGCCCCACGACCAACGTGCTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 103049 CCTGTACCGGGTGCGATCCAGCACGAGCCCCACGACCAACGTGCTCCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCCTCTCAGTGTGGCCACGGCCCTCTCGGCCCTCTCGCTGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103099 CTCCTCTCAGTGTGGCCACGGCCCTCTCGGCCCTCTCGCTGGGTG...CA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    284  GAGCGGAGCAGCGAACAGAATCCATCATTCACCGGGCTCTCTACTATGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104118 GGAGCGGAGCAGCGAACAGAATCCATCATTCACCGGGCTCTCTACTATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTGATCAGCAGCCCAGACATCCATGGTACCTATAAGGAGCTCCTTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104168 CTTGATCAGCAGCCCAGACATCCATGGTACCTATAAGGAGCTCCTTGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGGTCACTGCCCCCCAGAAGAACCTCAAGAGTGCCTCCCGGATCGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104218 CGGTCACTGCCCCCCAGAAGAACCTCAAGAGTGCCTCCCGGATCGTCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGAAGA         AGCTGCGCATAAAATCCAGCTTTGTGGCACCTCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104268 GAGAAGAGTG...CAGAGCTGCGCATAAAATCCAGCTTTGTGGCACCTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAAAAGTCATATGGGACCAGGCCCAGAGTCCTGACGGGCAACCCTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104996 GGAAAAGTCATATGGGACCAGGCCCAGAGTCCTGACGGGCAACCCTCGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGACCTGCAAGAGATCAACAACTGGGTGCAGGCGCAGATGAAAGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105046 TGGACCTGCAAGAGATCAACAACTGGGTGCAGGCGCAGATGAAAGGGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTCGCCAGGTCCACAAAGGAAATTCCCGATGAGATCAGCATTCTCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105096 CTCGCCAGGTCCACAAAGGAAATTCCCGATGAGATCAGCATTCTCCTTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CGGTGTGGCGCACTTCAAGG         GGCAGTGGGTAACAAAGTTTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 105146 CGGTGTGGCGCACTTCAAGGGTG...CAGGGCAGTGGGTAACAAAGTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACTCCAGAAAGACTTCCCTCGAGGATTTCTACTTGGATGAAGAGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108169 ACTCCAGAAAGACTTCCCTCGAGGATTTCTACTTGGATGAAGAGAGGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGAGGGTCCCCATGATGTCGGACCCTAAGGCTGTTTTACGCTATGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108219 GTGAGGGTCCCCATGATGTCGGACCCTAAGGCTGTTTTACGCTATGGCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGATTCAGATCTCAGCTGCAAG         ATTGCCCAGCTGCCCTTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 108269 GGATTCAGATCTCAGCTGCAAGGTC...CAGATTGCCCAGCTGCCCTTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCGGAAGCATGAGTATCATCTTCTTCCTGCCCCTGAAAGTGACCCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109641 CCGGAAGCATGAGTATCATCTTCTTCCTGCCCCTGAAAGTGACCCAGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTGACCTTGATAGAGGAGAGCCTCACCTCCGAGTTCATTCATGACATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109691 TTGACCTTGATAGAGGAGAGCCTCACCTCCGAGTTCATTCATGACATAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCGAGAACTGAAGACCGTGCAGGCGGTCCTCACTGTCCCCAAGCTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109741 CCGAGAACTGAAGACCGTGCAGGCGGTCCTCACTGTCCCCAAGCTGAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGAGTTACGAAGGCGAAGTCACCAAGTCCCTGCAGGAGATGA        
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109791 TGAGTTATGAAGGCGAAGTCACCAAGTCCCTGCAGGAGATGAGTA...CA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    998  AGCTGCAATCCTTGTTTGATTCACCAGACTTTAGCAAGATCACAGGCAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110276 GAGCTGCAATCCTTGTTTGATTCACCAGACTTTAGCAAGATCACAGGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ACCCATCAAGCTGACTCAGGTGGAACACCGGGCTGGCTTTGAGTGGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110326 ACCCATCAAGCTGACTCAGGTGGAACACCGGGCTGGCTTTGAGTGGAACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGGATGGGGCGGGAACCACCCCCAGCCCAGGGCTGCAGCCTGCCCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110376 AGGATGGGGCGGGAACCACCCCCAGCCCAGGGCTGCAGCCTGCCCACCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ACCTTCCCGCTGGACTATCACCTTAACCAGCCTTTCATCTTCGTACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110426 ACCTTCCCGCTGGACTATCACCTTAACCAGCCTTTCATCTTCGTACTGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GGACACAGACACAGGGGCCCTTCTCTTCATTGGCAAGATTCTGGACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110476 GGACACAGACACAGGGGCCCTTCTCTTCATTGGCAAGATTCTGGACCCCA

   1300     .
   1247 GGGGCCCC
        ||||||||
 110526 GGGGCCCC