seq1 = pF1KB5264.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KB5264/gi568815587f_43580828.tfa (gi568815587f:43580828_43955245), 374418 bp

>pF1KB5264 936
>gi568815587f:43580828_43955245 (Chr11)

1-160  (100001-100160)   100% ->
161-207  (170084-170130)   100% ->
208-283  (173219-173294)   100% ->
284-391  (217493-217600)   100% ->
392-456  (234610-234674)   100% ->
457-501  (235520-235564)   100% ->
502-536  (250149-250183)   100% ->
537-618  (257490-257571)   100% ->
619-684  (259172-259237)   100% ->
685-834  (273888-274037)   100% ->
835-936  (274317-274418)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGCGCTCTCCCCGCCGCCGGCTTCCTGTACTGGGTCGGCGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGCGCTCTCCCCGCCGCCGGCTTCCTGTACTGGGTCGGCGCGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCGTGGCCTACCTAGCCCTGCGTATTTCGTACTCGCTCTTCACGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCGTGGCCTACCTAGCCCTGCGTATTTCGTACTCGCTCTTCACGGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCGGGTCTGGGGAGTGGGGAATGAGGCGGGGGTCGGCCCGGGGCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCGGGTCTGGGGAGTGGGGAATGAGGCGGGGGTCGGCCCGGGGCTCGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAATGGGCAG         TTGTCACAGGTAGTACTGATGGAATTGGAAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAATGGGCAGGTG...CAGTTGTCACAGGTAGTACTGATGGAATTGGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATCATATGCAGAAGAG         TTAGCAAAGCATGGAATGAAGGTTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 170115 ATCATATGCAGAAGAGGTA...CAGTTAGCAAAGCATGGAATGAAGGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCTTATCAGCAGATCAAAGGATAAACTTGACCAGGTTTCCAGTGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173244 TCCTTATCAGCAGATCAAAGGATAAACTTGACCAGGTTTCCAGTGAAATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 A         AAGAAAAATTCAAAGTGGAGACAAGAACCATTGCTGTTGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173294 AGTA...TAGAAGAAAAATTCAAAGTGGAGACAAGAACCATTGCTGTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTTGCATCAGAAGATATTTATGATAAAATTAAAACAGGCTTGGCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217533 CTTTGCATCAGAAGATATTTATGATAAAATTAAAACAGGCTTGGCTGGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGAAATCGGCATCTTAG         TGAACAACGTGGGAATGTCGTAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 217583 TTGAAATCGGCATCTTAGGTT...CAGTGAACAACGTGGGAATGTCGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGTATCCTGAATACTTTTTGGATGTTCCTGACTTGGACAAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 234633 GAGTATCCTGAATACTTTTTGGATGTTCCTGACTTGGACAATGTA...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    457  GTGATCAAGAAAATGATAAATATTAATATTCTTTCTGTTTGTAAG    
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 235519 GGTGATCAAGAAAATGATAAATATTAATATTCTTTCTGTTTGTAAGGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    502      ATGACACAATTGGTACTGCCTGGCATGGTGGAAAG         A
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 235569 ..CAGATGACACAATTGGTACTGCCTGGCATGGTGGAAAGGTG...TAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 TCCAAAGGGGCTATTCTGAACATTTCATCTGGCAGTGGCATGCTCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257491 TCCAAAGGGGCTATTCTGAACATTTCATCTGGCAGTGGCATGCTCCCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CCCACTCTTGACCATCTATTCTGCAACCAAG         ACTTTTGTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 257541 CCCACTCTTGACCATCTATTCTGCAACCAAGGTA...CAGACTTTTGTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 ATTTCTTCTCTCAGTGCCTCCATGAGGAGTATAGGAGCAAGGGCGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259182 ATTTCTTCTCTCAGTGCCTCCATGAGGAGTATAGGAGCAAGGGCGTCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GTGCAG         AGTGTCCTGCCATACTTCGTAGCTACAAAACTGGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259232 GTGCAGGTG...TAGAGTGTCCTGCCATACTTCGTAGCTACAAAACTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TAAAATCCGGAAGCCAACTTTGGATAAGCCCTCTCCGGAGACGTTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273923 TAAAATCCGGAAGCCAACTTTGGATAAGCCCTCTCCGGAGACGTTTGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AGTCTGCAATTAAAACAGTCGGCCTGCAATCCCGAACCAATGGATACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273973 AGTCTGCAATTAAAACAGTCGGCCTGCAATCCCGAACCAATGGATACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ATCCATGCTCTTATG         GGCTCGATAATCTCAAACCTGCCTTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 274023 ATCCATGCTCTTATGGTA...TAGGGCTCGATAATCTCAAACCTGCCTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TTGGATTTATTTGAAAATAGTCATGAATATGAACAAGTCTACACGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274343 TTGGATTTATTTGAAAATAGTCATGAATATGAACAAGTCTACACGGGCTC

   1000     .    :    .    :    .
    911 ACTATCTGAAGAAAACCAAGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||
 274393 ACTATCTGAAGAAAACCAAGAAGAAC