seq1 = pF1KB5236.tfa, 1062 bp
seq2 = pF1KB5236/gi568815593r_83541499.tfa (gi568815593r:83541499_83773523), 232025 bp

>pF1KB5236 1062
>gi568815593r:83541499_83773523 (Chr5)

(complement)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-472  (120700-121071)   100% ->
473-775  (128859-129161)   100% ->
776-1062  (131739-132025)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAGTCTACTTCTTCTGGTGCTGATTTCAATCTGCTGGGCTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAGTCTACTTCTTCTGGTGCTGATTTCAATCTGCTGGGCTGATCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTTTCAGACAACTATACTCTGGATCATGACAGAGCTATTCACATCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTTTCAGACAACTATACTCTGGATCATGACAGAGCTATTCACATCCAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          CAGAAAATGGCCCCCATCTACTTGTGGAAGCAGAGCAAGCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTA...TAGCAGAAAATGGCCCCCATCTACTTGTGGAAGCAGAGCAAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGTGTTTTCACACAGAGGTGGCAATGTTACACTGCCATGTAAATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120741 AAGGTGTTTTCACACAGAGGTGGCAATGTTACACTGCCATGTAAATTTTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCGAGACCCTACAGCATTTGGCTCAGGAATCCATAAAATCCGAATTAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120791 TCGAGACCCTACAGCATTTGGCTCAGGAATCCATAAAATCCGAATTAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGACCAAGCTAACTTCGGATTACCTCAAGGAAGTGGATGTTTTTGTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120841 GGACCAAGCTAACTTCGGATTACCTCAAGGAAGTGGATGTTTTTGTTTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGGGATACCACAAAAAAACCTATGGAGGCTACCAGGGTAGAGTGTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120891 ATGGGATACCACAAAAAAACCTATGGAGGCTACCAGGGTAGAGTGTTTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAAGGGAGGCAGTGATAGTGATGCTTCTCTGGTCATCACAGACCTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120941 GAAGGGAGGCAGTGATAGTGATGCTTCTCTGGTCATCACAGACCTCACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGAAGATTATGGGAGATATAAGTGTGAGGTGATTGAAGGATTAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120991 TGGAAGATTATGGGAGATATAAGTGTGAGGTGATTGAAGGATTAGAAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GATACTGTTGTGGTAGCACTGGACTTACAAG         GTGTGGTATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 121041 GATACTGTTGTGGTAGCACTGGACTTACAAGGTA...CAGGTGTGGTATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCCTTACTTTCCACGACTGGGGCGCTACAATCTCAATTTTCACGAGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128869 CCCTTACTTTCCACGACTGGGGCGCTACAATCTCAATTTTCACGAGGCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGCAGGCGTGTCTGGACCAGGATGCTGTGATCGCCTCCTTCGACCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128919 AGCAGGCGTGTCTGGACCAGGATGCTGTGATCGCCTCCTTCGACCAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TACGACGCCTGGCGGGGCGGGCTGGACTGGTGCAATGCCGGCTGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128969 TACGACGCCTGGCGGGGCGGGCTGGACTGGTGCAATGCCGGCTGGCTCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGATGGCTCTGTGCAATATCCCATCACAAAGCCCAGAGAGCCCTGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129019 TGATGGCTCTGTGCAATATCCCATCACAAAGCCCAGAGAGCCCTGTGGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GGCAGAACACAGTGCCCGGAGTCAGGAACTACGGATTTTGGGATAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129069 GGCAGAACACAGTGCCCGGAGTCAGGAACTACGGATTTTGGGATAAAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAAAGCAGATATGATGTTTTCTGTTTTACATCCAATTTCAATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 129119 AAAAGCAGATATGATGTTTTCTGTTTTACATCCAATTTCAATGGTA...C

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    776   GCCGTTTTTACTATCTGATCCACCCCACCAAACTGACCTATGATGAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131737 AGGCCGTTTTTACTATCTGATCCACCCCACCAAACTGACCTATGATGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CGGTGCAAGCTTGTCTCAATGATGGTGCTCAGATTGCAAAAGTGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131787 CGGTGCAAGCTTGTCTCAATGATGGTGCTCAGATTGCAAAAGTGGGCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ATATTTGCTGCCTGGAAAATTCTCGGATATGACCGCTGTGATGCGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131837 ATATTTGCTGCCTGGAAAATTCTCGGATATGACCGCTGTGATGCGGGCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GTTGGCGGATGGCAGCGTCCGCTACCCCATCTCTAGGCCAAGAAGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131887 GTTGGCGGATGGCAGCGTCCGCTACCCCATCTCTAGGCCAAGAAGGCGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GCAGTCCTACTGAGGCTGCAGTGCGCTTCGTGGGTTTCCCAGATAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131937 GCAGTCCTACTGAGGCTGCAGTGCGCTTCGTGGGTTTCCCAGATAAAAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .
   1024 CATAAGCTGTATGGTGTCTACTGCTTCAGAGCATACAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131987 CATAAGCTGTATGGTGTCTACTGCTTCAGAGCATACAAC