seq1 = pF1KB5234.tfa, 1602 bp
seq2 = pF1KB5234/gi568815581f_39880971.tfa (gi568815581f:39880971_40097578), 216608 bp

>pF1KB5234 1602
>gi568815581f:39880971_40097578 (Chr17)

1-220  (100001-100220)   99% ->
221-411  (103324-103514)   100% ->
412-549  (105605-105742)   100% ->
550-686  (107713-107849)   100% ->
687-877  (108769-108959)   100% ->
878-981  (109124-109227)   100% ->
982-1096  (113984-114098)   100% ->
1097-1216  (114206-114325)   100% ->
1217-1320  (114454-114557)   100% ->
1321-1476  (115213-115368)   100% ->
1477-1527  (116360-116410)   100% ->
1528-1602  (116534-116608)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCAGGAGGGCTCGGCGCGGCGCCGCGGCGCGGACAAGGCGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCAGGAGGGCTCGGCGCGGCGCCGCGGCGCGGACAAGGCGAAACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGCCCGGCGGAGGAGAACAAGAACCCCCACCGCCGCCGGCCCCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGCCCGGCGGAGGAGAACAAGAACCCCCACCGCCGCCGGCCCCCCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGTGGAGATGAAAGAGGAGGCAGCGACGGGTGGCGGGTCAACGGGGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100101 ATGTGGAGATGAAAGAGGAGGCAGCGACGGGTGGCGGGTCGACGGGGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAGACGGCAAGACGGCGGCGGCAGCGGCTGAGCACTCCCAGCGAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCAGACGGCAAGACGGCGGCGGCAGCGGCTGAGCACTCCCAGCGAGAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGACACAGTCACCTTGGAGG         ACATCAAGGAGCACGTGAAAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100201 GGACACAGTCACCTTGGAGGGTA...CAGACATCAAGGAGCACGTGAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCTAGAGAAAGCGGTTTCAGGCAAGGAGCCGAGATTCGTGCTGCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103345 AGCTAGAGAAAGCGGTTTCAGGCAAGGAGCCGAGATTCGTGCTGCGGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGCGGATGCTGCCTTCCACATCACGCCGCCTCAACCACTATGTTCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103395 CTGCGGATGCTGCCTTCCACATCACGCCGCCTCAACCACTATGTTCTGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TAAGGCTGTGCAGGGCTTCTTCACTTCAAATAATGCCACTCGAGACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103445 TAAGGCTGTGCAGGGCTTCTTCACTTCAAATAATGCCACTCGAGACTTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGCTCCCCTTCCTGGAAGAG         CCCATGGACACAGAGGCTGAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103495 TGCTCCCCTTCCTGGAAGAGGTG...TAGCCCATGGACACAGAGGCTGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTACAGTTCCGTCCCCGCACGGGAAAAGCTGCGTCGACACCCCTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105626 TTACAGTTCCGTCCCCGCACGGGAAAAGCTGCGTCGACACCCCTCCTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGAAGTGGAAGCCTATCTCCAACTCCTCGTGGTCATCTTCATGATGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105676 TGAAGTGGAAGCCTATCTCCAACTCCTCGTGGTCATCTTCATGATGAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCAAGCGCTACAAAGAG         GCACAGAAGATCTCTGATGATCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105726 GCAAGCGCTACAAAGAGGTA...CAGGCACAGAAGATCTCTGATGATCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATGCAGAAGATCAGTACTCAGAACCGCCGGGCCCTAGACCTTGTAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107737 ATGCAGAAGATCAGTACTCAGAACCGCCGGGCCCTAGACCTTGTAGCCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AAAGTGTTACTATTATCACGCCCGGGTCTATGAGTTCCTGGACAAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107787 AAAGTGTTACTATTATCACGCCCGGGTCTATGAGTTCCTGGACAAGCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATGTGGTGCGCAG         CTTCTTGCATGCTCGGCTCCGGACAGCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107837 ATGTGGTGCGCAGGTA...AAGCTTCTTGCATGCTCGGCTCCGGACAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACGCTTCGGCATGACGCAGACGGGCAGGCCACCCTGTTGAACCTCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108797 ACGCTTCGGCATGACGCAGACGGGCAGGCCACCCTGTTGAACCTCCTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCGGAATTACCTACACTACAGCTTGTACGACCAGGCTGAGAAGCTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108847 GCGGAATTACCTACACTACAGCTTGTACGACCAGGCTGAGAAGCTGGTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCAAGTCTGTGTTCCCAGAGCAGGCCAACAACAATGAGTGGGCCAGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108897 CCAAGTCTGTGTTCCCAGAGCAGGCCAACAACAATGAGTGGGCCAGGTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTCTACTACACAG         GGCGAATCAAAGCCATCCAGCTGGAGTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108947 CTCTACTACACAGGTG...CAGGGCGAATCAAAGCCATCCAGCTGGAGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTCAGAGGCCCGGAGAACGATGACCAACGCCCTTCGCAAGGCCCCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109152 CTCAGAGGCCCGGAGAACGATGACCAACGCCCTTCGCAAGGCCCCTCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACACAGCTGTCGGCTTCAAACAGACG         GTGCACAAGCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 109202 ACACAGCTGTCGGCTTCAAACAGACGGTG...CAGGTGCACAAGCTTCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATCGTGGTGGAGCTGTTGCTGGGGGAGATCCCTGACCGGCTGCAGTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113999 ATCGTGGTGGAGCTGTTGCTGGGGGAGATCCCTGACCGGCTGCAGTTCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCAGCCCTCCCTCAAGCGCTCACTCATGCCCTATTTCCTTCTGACTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114049 CCAGCCCTCCCTCAAGCGCTCACTCATGCCCTATTTCCTTCTGACTCAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097          CTGTCAGGACAGGAAACCTAGCCAAGTTCAACCAGGTCCTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114099 GTA...CAGCTGTCAGGACAGGAAACCTAGCCAAGTTCAACCAGGTCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GATCAGTTTGGGGAGAAGTTTCAAGCAGATGGGACCTACACCCTAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114247 GATCAGTTTGGGGAGAAGTTTCAAGCAGATGGGACCTACACCCTAATTAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCGGCTGCGGCACAACGTGATTAAGACAG         GTGTACGCATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 114297 CCGGCTGCGGCACAACGTGATTAAGACAGGTG...CAGGTGTACGCATGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCAGCCTCTCCTATTCCCGAATCTCCTTGGCTGACATCGCCCAGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114466 TCAGCCTCTCCTATTCCCGAATCTCCTTGGCTGACATCGCCCAGAAGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CAGTTGGATAGCCCCGAAGATGCAGAGTTCATTGTTGCCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 114516 CAGTTGGATAGCCCCGAAGATGCAGAGTTCATTGTTGCCAAGGTG...CA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1321  GCCATCCGGGATGGTGTCATTGAGGCCAGCATCAACCACGAGAAGGGCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115212 GGCCATCCGGGATGGTGTCATTGAGGCCAGCATCAACCACGAGAAGGGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ATGTCCAATCCAAGGAGATGATTGACATCTATTCCACCCGAGAGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115262 ATGTCCAATCCAAGGAGATGATTGACATCTATTCCACCCGAGAGCCCCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CTAGCCTTCCACCAGCGCATCTCCTTCTGCCTAGATATCCACAACATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115312 CTAGCCTTCCACCAGCGCATCTCCTTCTGCCTAGATATCCACAACATGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TGTCAAG         GCCATGAGGTTTCCTCCCAAATCGTACAACAAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115362 TGTCAAGGTG...CAGGCCATGAGGTTTCCTCCCAAATCGTACAACAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ACTTGGAGTCTGCAGAG         GAACGGCGTGAGCGAGAACAGCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 116394 ACTTGGAGTCTGCAGAGGTA...CAGGAACGGCGTGAGCGAGAACAGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GACTTGGAGTTTGCCAAGGAGATGGCAGAAGATGATGATGACAGCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116558 GACTTGGAGTTTGCCAAGGAGATGGCAGAAGATGATGATGACAGCTTCCC

   1700 
   1602 T
        |
 116608 T