seq1 = pF1KB5224.tfa, 723 bp
seq2 = pF1KB5224/gi568815576r_17638016.tfa (gi568815576r:17638016_17873689), 235674 bp

>pF1KB5224 723
>gi568815576r:17638016_17873689 (Chr22)

(complement)

1-80  (100001-100080)   100% ->
81-150  (123516-123585)   100% ->
151-361  (129677-129887)   100% ->
362-501  (134202-134341)   100% ->
502-723  (135461-135681)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGCAGCGGTGCTGGGGTCATGATGGCTCGGTGGGCAGCGAGGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGCAGCGGTGCTGGGGTCATGATGGCTCGGTGGGCAGCGAGGGGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGGCTGGAGGAGCACAGTGCGGATTCT         GTCGCCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100051 GGCCGGCTGGAGGAGCACAGTGCGGATTCTGTA...CAGGTCGCCACTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GACACTGTGAACCAGGAGTGAGTCGGAGCTGCCGCGCTGCCCAGGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123527 GACACTGTGAACCAGGAGTGAGTCGGAGCTGCCGCGCTGCCCAGGCCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACTGTGAG         GTCAACAACGGTTCCAGCCTCAGGGATGAGTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 123577 GACTGTGAGGTC...CAGGTCAACAACGGTTCCAGCCTCAGGGATGAGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATCACAAACCTACTGGTGTTTGGCTTCCTCCAAAGCTGTTCTGACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129709 CATCACAAACCTACTGGTGTTTGGCTTCCTCCAAAGCTGTTCTGACAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTTCCGCAGAGAGCTGGACGCACTGGGCCACGAGCTGCCAGTGCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129759 GCTTCCGCAGAGAGCTGGACGCACTGGGCCACGAGCTGCCAGTGCTGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCCAGTGGGAGGGCTACGATGAGCTGCAGACTGATGGCAACCGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129809 CCCCAGTGGGAGGGCTACGATGAGCTGCAGACTGATGGCAACCGCAGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCACTCCCGCTTGGGAAGAATAGAGGCAG         ATTCTGAAAGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 129859 CCACTCCCGCTTGGGAAGAATAGAGGCAGGTA...CAGATTCTGAAAGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGAAGACATCATCCGGAATATTGCCAGGCACCTCGCCCAGGTCGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134214 AAGAAGACATCATCCGGAATATTGCCAGGCACCTCGCCCAGGTCGGGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCATGGACCGTAGCATCCCTCCGGGCCTGGTGAACGGCCTGGCCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134264 AGCATGGACCGTAGCATCCCTCCGGGCCTGGTGAACGGCCTGGCCCTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTCAGGAACACCAGCCGGTCGGAGGAG         GACCGGAACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 134314 GCTCAGGAACACCAGCCGGTCGGAGGAGGTG...CAGGACCGGAACAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCTGGCCACTGCCCTGGAGCAGCTGCTGCAGGCCTACCCTAGAGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135474 ACCTGGCCACTGCCCTGGAGCAGCTGCTGCAGGCCTACCCTAGAGACATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGAAGGAGAAGACCATGCTGGTGCTGGCCCTGCTGCTGGCCAAGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135524 GAGAAGGAGAAGACCATGCTGGTGCTGGCCCTGCTGCTGGCCAAGAAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGCCAGTCACACGCCGTCCTTGCTCCGTGATGTCTTTCACACAACAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135574 GGCCAGTCACACGCCGTCCTTGCTCCGTGATGTCTTTCACACAACAGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATTTTATTAACCAGAACCTACGCACCTACGTGAGGAGCTTAGCCAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135624 ATTTTATTAACCAGAACCTACGCACCTACGTGAGGAGCTTAGCCAGAAAT

    750     .
    715 GGGATGGAC
        |  |-| ||
 135674 GTAA GAAC