seq1 = pF1KB5211.tfa, 1134 bp
seq2 = pF1KB5211/gi568815574f_1241766.tfa (gi568815574f:1241766_1482462), 240697 bp

>pF1KB5211 1134
>gi568815574f:1241766_1482462 (ChrY)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-183  (103551-103669)   100% ->
184-298  (106666-106780)   100% ->
299-431  (110335-110467)   100% ->
432-616  (110557-110741)   100% ->
617-732  (114456-114571)   100% ->
733-759  (117096-117122)   100% ->
760-874  (123373-123487)   100% ->
875-980  (136894-136999)   100% ->
981-1062  (139258-139339)   100% ->
1063-1134  (140626-140697)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCCTCCTTTGGCTCACGCTGCTCCTGATCGCCCTGCCCTGTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCCTCCTTTGGCTCACGCTGCTCCTGATCGCCCTGCCCTGTCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAAACGAAGGAAG         ATCCAAACCCACCAATCACGAACCTAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAAACGAAGGAAGGTA...TAGATCCAAACCCACCAATCACGAACCTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGATGAAAGCAAAGGCTCAGCAGTTGACCTGGGACCTTAACAGAAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103578 GGATGAAAGCAAAGGCTCAGCAGTTGACCTGGGACCTTAACAGAAATGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCGATATCGAGTGTGTTAAAGACGCCGACTATTCTATGCCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103628 ACCGATATCGAGTGTGTTAAAGACGCCGACTATTCTATGCCGGTA...TA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  GCAGTGAACAATAGCTATTGCCAGTTTGGAGCAATTTCCTTATGTGAAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106665 GGCAGTGAACAATAGCTATTGCCAGTTTGGAGCAATTTCCTTATGTGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGACCAACTACACCGTCCGAGTGGCCAACCCACCATTCTCCACGTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106715 TGACCAACTACACCGTCCGAGTGGCCAACCCACCATTCTCCACGTGGATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCTTCCCTGAGAACA         GTGGGAAGCCTTGGGCAGGTGCGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106765 CTCTTCCCTGAGAACAGTG...CAGGTGGGAAGCCTTGGGCAGGTGCGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAATCTGACCTGCTGGATTCATGACGTGGATTTCTTGAGCTGCAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110360 GAATCTGACCTGCTGGATTCATGACGTGGATTTCTTGAGCTGCAGCTGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGGTAGGCCCGGGGGCCCCCGCGGACGTCCAGTACGACCTGTACTTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110410 CGGTAGGCCCGGGGGCCCCCGCGGACGTCCAGTACGACCTGTACTTGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTGCCAA         CAGGCGTCAACAGTACGAGTGTCTTCACTACAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 110460 GTTGCCAAGTA...CAGCAGGCGTCAACAGTACGAGTGTCTTCACTACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AACGGATGCTCAGGGAACACGTATCGGGTGTCGTTTCGATGACATCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110590 AACGGATGCTCAGGGAACACGTATCGGGTGTCGTTTCGATGACATCTCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GACTCTCCAGCGGTTCTCAAAGTTCCCACATCCTGGTGCGGGGCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110640 GACTCTCCAGCGGTTCTCAAAGTTCCCACATCCTGGTGCGGGGCAGGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCAGCCTTCGGTATCCCCTGCACAGATAAGTTTGTCGTCTTTTCACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110690 GCAGCCTTCGGTATCCCCTGCACAGATAAGTTTGTCGTCTTTTCACAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TG         AGATATTAACTCCACCCAACATGACTGCAAAGTGTAATA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110740 TGGTG...TAGAGATATTAACTCCACCCAACATGACTGCAAAGTGTAATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGACACATTCCTTTATGCACTGGAAAATGAGAAGTCATTTCAATCGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114495 AGACACATTCCTTTATGCACTGGAAAATGAGAAGTCATTTCAATCGCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTTCGCTATGAGCTTCAGATACAAAAG         AGAATGCAGCCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 114545 TTTCGCTATGAGCTTCAGATACAAAAGGTA...CAGAGAATGCAGCCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AATCACAGAACAG         GTCAGAGACAGAACCTCCTTCCAGCTAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 117110 AATCACAGAACAGGTG...CAGGTCAGAGACAGAACCTCCTTCCAGCTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCAATCCTGGAACGTACACAGTACAAATAAGAGCCCGGGAAAGAGTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123401 TCAATCCTGGAACGTACACAGTACAAATAAGAGCCCGGGAAAGAGTGTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAATTCTTGAGCGCCTGGAGCACCCCCCAGCGCTTCG         AGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 123451 GAATTCTTGAGCGCCTGGAGCACCCCCCAGCGCTTCGGTG...TAGAGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CGACCAGGAGGAGGGCGCAAACACACGTGCCTGGCGGACGTCGCTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136898 CGACCAGGAGGAGGGCGCAAACACACGTGCCTGGCGGACGTCGCTGCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCGCGCTGGGGACGCTGCTGGCCCTGGTCTGTGTCTTCGTGATCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136948 TCGCGCTGGGGACGCTGCTGGCCCTGGTCTGTGTCTTCGTGATCTGCAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AG         GTATCTGGTGATGCAGAGACTCTTTCCCCGCATCCCTCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136998 AGGTG...GAGGTATCTGGTGATGCAGAGACTCTTTCCCCGCATCCCTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CATGAAAGACCCCATCGGTGACAGCTTCCAAAACGACAAGCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 139297 CATGAAAGACCCCATCGGTGACAGCTTCCAAAACGACAAGCTGGTA...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1063   GTGGTCTGGGAGGCGGGCAAAGCCGGCCTGGAGGAGTGTCTGGTGACT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140624 AGGTGGTCTGGGAGGCGGGCAAAGCCGGCCTGGAGGAGTGTCTGGTGACT

   1200     .    :    .    :
   1111 GAAGTACAGGTCGTGCAGAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||
 140674 GAAGTACAGGTCGTGCAGAAAACT