seq1 = pF1KB5199.tfa, 1356 bp
seq2 = pF1KB5199/gi568815597f_1919424.tfa (gi568815597f:1919424_2130279), 210856 bp

>pF1KB5199 1356
>gi568815597f:1919424_2130279 (Chr1)

1-68  (100001-100068)   100% ->
69-181  (105519-105631)   100% ->
182-249  (105911-105978)   100% ->
250-470  (106095-106315)   99% ->
471-553  (108154-108236)   100% ->
554-691  (108732-108869)   100% ->
692-847  (109688-109843)   100% ->
848-1059  (110128-110339)   100% ->
1060-1356  (110560-110856)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGCGCCCGCCCGGCTGCTGGCCCCGCTCCTGCTCCTCTGCGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGCGCCCGCCCGGCTGCTGGCCCCGCTCCTGCTCCTCTGCGCGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCTCCGCGGCACCAG         AGCGATGAATGACATCGGCGACT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCTCCGCGGCACCAGGTG...CAGAGCGATGAATGACATCGGCGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACGTGGGCTCCAACCTGGAGATCTCCTGGCTCCCCAACCTGGACGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105542 ACGTGGGCTCCAACCTGGAGATCTCCTGGCTCCCCAACCTGGACGGGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATAGCCGGCTACGCCCGCAACTTCCGGCCTGGCATCGGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105592 ATAGCCGGCTACGCCCGCAACTTCCGGCCTGGCATCGGAGGTG...CAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCCCCCCGTGAATGTGGCCCTTGCCCTGGAGGTGGCCAGCATCGACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105912 CCCCCCCGTGAATGTGGCCCTTGCCCTGGAGGTGGCCAGCATCGACCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTCAGAGGCCAACATG         GAGTACACCATGACGGTGTTCCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105962 TCTCAGAGGCCAACATGGTA...CAGGAGTACACCATGACGGTGTTCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CACCAGAGCTGGCGGGACAGCAGGCTCTCCTACAACCACACCAACGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106119 CACCAGAGCTGGCGGGACAGCAGGCTCTCCTACAACCACACCAACGAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTGGGCCTGGACAGCCGCTTCGTGGACAAGCTGTGGCTGCCCGACACCT
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106169 CCTGGGTCTGGACAGCCGCTTCGTGGACAAGCTGTGGCTGCCCGACACCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCATCGTGAACGCCAAGTCGGCCTGGTTCCACGACGTGACGGTGGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106219 TCATCGTGAACGCCAAGTCGGCCTGGTTCCACGACGTGACGGTGGAGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGCTCATCCGGCTGCAGCCCGACGGCGTGATCCTGTACAGCATCCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 106269 AAGCTCATCCGGCTGCAGCCCGACGGCGTGATCCTGTACAGCATCCGGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    471       AATCACCTCCACTGTGGCCTGCGACATGGACCTGGCCAAATACC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106319 ...CAGAATCACCTCCACTGTGGCCTGCGACATGGACCTGGCCAAATACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCATGGACGAGCAGGAGTGCATGCTGGACCTGGAGAGCT         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108198 CCATGGACGAGCAGGAGTGCATGCTGGACCTGGAGAGCTGTG...CAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGTTACTCATCGGAGGACATCGTCTACTACTGGTCGGAGAGCCAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108734 GGTTACTCATCGGAGGACATCGTCTACTACTGGTCGGAGAGCCAGGAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATCCACGGGCTGGACAAGCTGCAGCTGGCGCAGTTCACCATCACCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108784 CATCCACGGGCTGGACAAGCTGCAGCTGGCGCAGTTCACCATCACCAGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACCGCTTCACCACGGAGCTGATGAACTTCAAGTCCG         CTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 108834 ACCGCTTCACCACGGAGCTGATGAACTTCAAGTCCGGTA...CAGCTGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGTTCCCACGGCTCAGCCTGCACTTCCACCTGCGGAGGAACCGCGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109693 CAGTTCCCACGGCTCAGCCTGCACTTCCACCTGCGGAGGAACCGCGGCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTACATCATCCAATCCTACATGCCCTCCGTCCTGCTGGTCGCCATGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109743 GTACATCATCCAATCCTACATGCCCTCCGTCCTGCTGGTCGCCATGTCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGGTCTCCTTCTGGATCAGCCAGGCGGCGGTGCCCGCCAGGGTGTCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109793 GGGTCTCCTTCTGGATCAGCCAGGCGGCGGTGCCCGCCAGGGTGTCTCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 G         GCATCACCACGGTGCTGACGATGACCACGCTCATGGTCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109843 GGTA...CAGGCATCACCACGGTGCTGACGATGACCACGCTCATGGTCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGCCCGCTCCTCCCTGCCACGGGCATCAGCCATCAAGGCACTGGACGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110168 TGCCCGCTCCTCCCTGCCACGGGCATCAGCCATCAAGGCACTGGACGTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACTTCTGGATCTGCTATGTCTTCGTGTTTGCCGCCCTGGTGGAGTACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110218 ACTTCTGGATCTGCTATGTCTTCGTGTTTGCCGCCCTGGTGGAGTACGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTTGCTCATTTCAACGCCGACTACAGGAAGAAGCAGAAGGCCAAGGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110268 TTTGCTCATTTCAACGCCGACTACAGGAAGAAGCAGAAGGCCAAGGTCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGTCTCCAGGCCGAGGGCAGAG         ATGGACGTGAGGAACGCCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 110318 GGTCTCCAGGCCGAGGGCAGAGGTG...CAGATGGACGTGAGGAACGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTGTCCTCTTCTCCCTCTCTGCTGCCGGCGTCACGCAGGAGCTGGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110579 TTGTCCTCTTCTCCCTCTCTGCTGCCGGCGTCACGCAGGAGCTGGCCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCCCGCCGGCAGCGCCGCGTCCCGGGGAACCTGATGGGCTCCTACAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110629 TCCCGCCGGCAGCGCCGCGTCCCGGGGAACCTGATGGGCTCCTACAGGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGTGGGGGTGGAGACAGGGGAGACGAAGAAGGAGGGGGCAGCCCGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110679 GGTGGGGGTGGAGACAGGGGAGACGAAGAAGGAGGGGGCAGCCCGCTCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GAGGCCAGGGGGGCATCCGTGCCCGGCTCAGGCCCATCGACGCAGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110729 GAGGCCAGGGGGGCATCCGTGCCCGGCTCAGGCCCATCGACGCAGACACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ATTGACATTTACGCCCGCGCTGTGTTCCCTGCGGCGTTTGCGGCCGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110779 ATTGACATTTACGCCCGCGCTGTGTTCCCTGCGGCGTTTGCGGCCGTCAA

   1400     .    :    .    :    .
   1329 TGTCATCTACTGGGCGGCATACGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 110829 TGTCATCTACTGGGCGGCATACGCCATG