seq1 = pF1KB5169.tfa, 1311 bp
seq2 = pF1KB5169/gi568815579f_48986415.tfa (gi568815579f:48986415_49208440), 222026 bp

>pF1KB5169 1311
>gi568815579f:48986415_49208440 (Chr19)

1-147  (100001-100147)   100% ->
148-210  (103877-103939)   100% ->
211-265  (104052-104106)   100% ->
266-330  (112013-112077)   100% ->
331-393  (112228-112290)   100% ->
394-475  (114976-115057)   100% ->
476-577  (118220-118321)   100% ->
578-665  (121211-121298)   100% ->
666-1311  (121381-122026)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCCAGTTCCTGCCGCCCAACCTTCTGGCCCTCTTTGCCCCCCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCCAGTTCCTGCCGCCCAACCTTCTGGCCCTCTTTGCCCCCCGTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCTATTCCATACCTGCCACCCCTGGAGAAACTGCCACATGAAAAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCTATTCCATACCTGCCACCCCTGGAGAAACTGCCACATGAAAAACACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAATCAACCTTATTGTGGCATTGCGCCGTACATTCGAGAGTTTGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100101 ACAATCAACCTTATTGTGGCATTGCGCCGTACATTCGAGAGTTTGAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148       GACCCTCGAGATGCCCCTCCTCCAACTCGTGCTGAAACCCGAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ...CAGGACCCTCGAGATGCCCCTCCTCCAACTCGTGCTGAAACCCGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGCGCATGGAGAGGAAA         AGACGGGAAAAGATTGAGCGGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103921 GGAGCGCATGGAGAGGAAAGTA...CAGAGACGGGAAAAGATTGAGCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GACAGCAAGAAGTGGAGACAGAGCTTAAAATGT         GGGACCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104074 GACAGCAAGAAGTGGAGACAGAGCTTAAAATGTGTA...CAGGGGACCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CACAATGATCCCAATGCTCAGGGGGATGCCTTCAAGACTCTCTTCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112021 CACAATGATCCCAATGCTCAGGGGGATGCCTTCAAGACTCTCTTCGTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAGAGTG         AATTATGACACAACAGAATCCAAGCTCCGGAGAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112071 GAGAGTGGTA...TAGAATTATGACACAACAGAATCCAAGCTCCGGAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGTTTGAGGTGTACGGACCTATCAAAAGA         ATACACATGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 112262 AGTTTGAGGTGTACGGACCTATCAAAAGAGTA...CAGATACACATGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TACAGTAAGCGGTCAGGAAAGCCCCGTGGCTATGCCTTCATCGAGTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114988 TACAGTAAGCGGTCAGGAAAGCCCCGTGGCTATGCCTTCATCGAGTACGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ACACGAGCGAGACATGCACT         CCGCTTACAAACACGCAGATG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 115038 ACACGAGCGAGACATGCACTGTG...CAGCCGCTTACAAACACGCAGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GCAAGAAGATTGATGGCAGGAGGGTCCTTGTGGACGTGGAGAGGGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118241 GCAAGAAGATTGATGGCAGGAGGGTCCTTGTGGACGTGGAGAGGGGCCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ACCGTGAAGGGCTGGAGGCCCCGGCGGCTAG         GAGGAGGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 118291 ACCGTGAAGGGCTGGAGGCCCCGGCGGCTAGGTG...CAGGAGGAGGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CGGTGGTACCAGAAGAGGAGGGGCTGATGTGAACATCCGGCATTCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121221 CGGTGGTACCAGAAGAGGAGGGGCTGATGTGAACATCCGGCATTCAGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GCGATGACACCTCCCGCTACGATGAGAG         GCCCGGCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 121271 GCGATGACACCTCCCGCTACGATGAGAGGTA...CAGGCCCGGCCCCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CCGCTTCCGCACAGGGACCGGGACCGGGACCGTGAGCGGGAGCGCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121394 CCGCTTCCGCACAGGGACCGGGACCGGGACCGTGAGCGGGAGCGCAGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GCGGAGCCGGGAGCGAGACAAGGAGCGAGAACGGCGACGCTCCCGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121444 GCGGAGCCGGGAGCGAGACAAGGAGCGAGAACGGCGACGCTCCCGCTCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GGGACCGGCGGAGGCGCTCACGGAGTCGCGACAAGGAGGAGCGGAGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121494 GGGACCGGCGGAGGCGCTCACGGAGTCGCGACAAGGAGGAGCGGAGGCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TCCAGGGAGCGGAGCAAGGACAAGGACCGGGACCGGAAGCGGCGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121544 TCCAGGGAGCGGAGCAAGGACAAGGACCGGGACCGGAAGCGGCGAAGCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCGGAGTCGGGAGCGGGCCCGGCGGGAGCGGGAGCGCAAGGAGGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121594 CCGGAGTCGGGAGCGGGCCCGGCGGGAGCGGGAGCGCAAGGAGGAGCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GTGGCGGCGGTGGCGACATGGCGGAGCCCTCCGAGGCGGGTGACGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121644 GTGGCGGCGGTGGCGACATGGCGGAGCCCTCCGAGGCGGGTGACGCGCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCTGATGATGGGCCTCCAGGGGAGCTCGGGCCTGACGGCCCTGACGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121694 CCTGATGATGGGCCTCCAGGGGAGCTCGGGCCTGACGGCCCTGACGGTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGAGGAAAAGGGCCGGGATCGTGACCGGGAGCGACGGCGGAGCCACCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121744 AGAGGAAAAGGGCCGGGATCGTGACCGGGAGCGACGGCGGAGCCACCGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCGAGCGCGAGCGGCGCCGGGACCGGGATCGTGACCGTGACCGTGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121794 GCGAGCGCGAGCGGCGCCGGGACCGGGATCGTGACCGTGACCGTGACCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGCACAAACGGGGGGAGCGGGGCAGTGAGCGGGGCAGGGATGAGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121844 GAGCACAAACGGGGGGAGCGGGGCAGTGAGCGGGGCAGGGATGAGGCCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGGTGGGGGCGGTGGCCAGGACAACGGGCTGGAGGGTCTGGGCAACGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121894 AGGTGGGGGCGGTGGCCAGGACAACGGGCTGGAGGGTCTGGGCAACGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GCCGAGACATGTACATGGAGTCTGAGGGCGGCGACGGCTACCTGGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121944 GCCGAGACATGTACATGGAGTCTGAGGGCGGCGACGGCTACCTGGCTCCG

   1350     .    :    .    :    .    :
   1279 GAGAATGGGTATTTGATGGAGGCTGCGCCGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 121994 GAGAATGGGTATTTGATGGAGGCTGCGCCGGAG