seq1 = pF1KB5121.tfa, 1422 bp
seq2 = pF1KB5121/gi568815594f_46931652.tfa (gi568815594f:46931652_47526015), 594364 bp

>pF1KB5121 1422
>gi568815594f:46931652_47526015 (Chr4)

1-80  (100001-100080)   100% ->
81-172  (100263-100354)   100% ->
173-240  (100766-100833)   100% ->
241-461  (229598-229818)   100% ->
462-544  (388476-388558)   98% ->
545-682  (471667-471804)   100% ->
683-835  (471908-472060)   100% ->
836-1080  (475031-475275)   100% ->
1081-1422  (494023-494364)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGACAGTACAAAATCGAGAGAGTCTGGGGCTTCTCTCTTTCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGACAGTACAAAATCGAGAGAGTCTGGGGCTTCTCTCTTTCCCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGATTACCATGGTCTGTTGTGCACACAG         CACCAATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100051 GATGATTACCATGGTCTGTTGTGCACACAGGTG...TAGCACCAATGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAGCAACATGTCATACGTGAAAGAGACAGTGGACAGATTGCTCAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100274 CCAGCAACATGTCATACGTGAAAGAGACAGTGGACAGATTGCTCAAAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATGACATTCGCTTGCGGCCGGACTTCGGAG         GGCCCCCCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100324 TATGACATTCGCTTGCGGCCGGACTTCGGAGGTA...CAGGGCCCCCCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGACGTTGGGATGCGGATCGATGTCGCCAGCATAGACATGGTCTCCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100776 CGACGTTGGGATGCGGATCGATGTCGCCAGCATAGACATGGTCTCCGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGAATATG         GATTATACACTCACCATGTATTTCCAGCAGTCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100826 TGAATATGGTG...CAGGATTATACACTCACCATGTATTTCCAGCAGTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TGGAAAGACAAAAGGCTTTCTTATTCTGGAATCCCACTGAACCTCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229631 TGGAAAGACAAAAGGCTTTCTTATTCTGGAATCCCACTGAACCTCACCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGACAATAGGGTAGCTGACCAACTCTGGGTACCAGACACCTACTTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229681 AGACAATAGGGTAGCTGACCAACTCTGGGTACCAGACACCTACTTTCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGACAAGAAATCATTTGTGCATGGGGTCACAGTGAAAAATCGAATGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229731 ATGACAAGAAATCATTTGTGCATGGGGTCACAGTGAAAAATCGAATGATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGACTGCATCCTGATGGAACAGTTCTCTATGGACTCCG         AAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 229781 CGACTGCATCCTGATGGAACAGTTCTCTATGGACTCCGGTA...CAGAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CACAACCACAGCTGCATGTATGATGGATCTTCGAAGATATCCACTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 388479 CACAACCACAGCTGCATGTATGATGGATCTTCGAAGATATCCATTGGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCAGAACTGCACCCTGGAGATCGAAAGTT         ATGGCTATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 388529 AGCAGAACTGCACCCTGGAGATCGAAAGTTGTG...CAGATGGCTATACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACTGATGACATTGAATTTTACTGGAATGGAGGAGAAGGGGCAGTCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 471678 ACTGATGACATTGAATTTTACTGGAATGGAGGAGAAGGGGCAGTCACTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGTTAATAAAATCGAACTTCCTCAATTTTCAATTGTTGACTACAAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 471728 TGTTAATAAAATCGAACTTCCTCAATTTTCAATTGTTGACTACAAGATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGTCTAAGAAGGTGGAGTTCACAACAG         GAGCGTATCCACGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 471778 TGTCTAAGAAGGTGGAGTTCACAACAGGTG...CAGGAGCGTATCCACGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTGTCACTAAGTTTTCGTCTAAAGAGAAACATTGGTTACTTCATTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 471922 CTGTCACTAAGTTTTCGTCTAAAGAGAAACATTGGTTACTTCATTTTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AACCTACATGCCTTCTACACTGATTACAATTCTGTCCTGGGTGTCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 471972 AACCTACATGCCTTCTACACTGATTACAATTCTGTCCTGGGTGTCTTTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGATCAACTATGATGCATCTGCAGCCAGAGTCGCACTAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 472022 GGATCAACTATGATGCATCTGCAGCCAGAGTCGCACTAGGTA...CAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATCACGACAGTGCTTACAATGACAACCATCAGCACCCACCTCAGGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 475033 ATCACGACAGTGCTTACAATGACAACCATCAGCACCCACCTCAGGGAGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCTGCCAAAGATCCCTTATGTCAAAGCGATTGATATTTATCTGATGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 475083 CCTGCCAAAGATCCCTTATGTCAAAGCGATTGATATTTATCTGATGGGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCTTTGTGTTTGTGTTCCTGGCTCTGCTGGAGTATGCCTTTGTAAATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 475133 GCTTTGTGTTTGTGTTCCTGGCTCTGCTGGAGTATGCCTTTGTAAATTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATCTTCTTTGGGAAAGGCCCTCAGAAAAAGGGAGCTAGCAAACAAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 475183 ATCTTCTTTGGGAAAGGCCCTCAGAAAAAGGGAGCTAGCAAACAAGACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAGTGCCAATGAGAAGAATAAACTGGAGATGAATAAAGTCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 475233 GAGTGCCAATGAGAAGAATAAACTGGAGATGAATAAAGTCCAGGTA...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1081   GTCGACGCCCACGGTAACATTCTCCTCAGCACCCTGGAAATCCGGAAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 494021 AGGTCGACGCCCACGGTAACATTCTCCTCAGCACCCTGGAAATCCGGAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGACGAGTGGCTCGGAAGTGCTCACGAGCGTGAGCGACCCCAAGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 494071 GAGACGAGTGGCTCGGAAGTGCTCACGAGCGTGAGCGACCCCAAGGCCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CATGTACTCCTATGACAGCGCCAGCATCCAGTACCGCAAGCCCCTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 494121 CATGTACTCCTATGACAGCGCCAGCATCCAGTACCGCAAGCCCCTGAGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GCCGCGAGGCCTACGGGCGCGCCCTGGACCGGCACGGGGTACCCAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 494171 GCCGCGAGGCCTACGGGCGCGCCCTGGACCGGCACGGGGTACCCAGCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GGGCGCATCCGCAGGCGTGCCTCCCAGCTCAAAGTCAAGATCCCCGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 494221 GGGCGCATCCGCAGGCGTGCCTCCCAGCTCAAAGTCAAGATCCCCGACTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GACTGATGTGAATTCCATAGACAAGTGGTCCCGAATGTTTTTCCCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 494271 GACTGATGTGAATTCCATAGACAAGTGGTCCCGAATGTTTTTCCCCATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CCTTTTCTCTTTTTAATGTCGTCTATTGGCTTTACTATGTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 494321 CCTTTTCTCTTTTTAATGTCGTCTATTGGCTTTACTATGTACAC