seq1 = pF1KB5120.tfa, 1260 bp
seq2 = pF1KB5120/gi568815595r_119726791.tfa (gi568815595r:119726791_120193434), 466644 bp

>pF1KB5120 1260
>gi568815595r:119726791_120193434 (Chr3)

(complement)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-282  (191196-191389)   100% ->
283-366  (246084-246167)   100% ->
367-477  (269952-270062)   100% ->
478-608  (277261-277391)   100% ->
609-715  (280625-280731)   100% ->
716-813  (287583-287680)   100% ->
814-909  (316927-317022)   100% ->
910-1096  (329830-330016)   100% ->
1097-1195  (350082-350180)   100% ->
1196-1260  (366580-366644)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGGGCGGCCCAGAACCACCTCCTTTGCGGAGAGCTGCAAGCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGGGCGGCCCAGAACCACCTCCTTTGCGGAGAGCTGCAAGCCGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCAGCCTTCAGCTTTTGGCAGCATGAAAGTTAGCA         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 GCAGCAGCCTTCAGCTTTTGGCAGCATGAAAGTTAGCAGTG...TAGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAAGGACGGCAGCAAGGTGACAACAGTGGTGGCAACTCCTGGGCAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191199 ACAAGGACGGCAGCAAGGTGACAACAGTGGTGGCAACTCCTGGGCAGGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGACAGGCCACAAGAAGTCAGCTATACAGACACTAAAGTGATTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191249 CCAGACAGGCCACAAGAAGTCAGCTATACAGACACTAAAGTGATTGGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGATCATTTGGTGTGGTATATCAAGCCAAACTTTGTGATTCAGGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191299 TGGATCATTTGGTGTGGTATATCAAGCCAAACTTTGTGATTCAGGAGAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGTCGCCATCAAGAAAGTATTGCAGGACAAGAGATTTAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 191349 TGGTCGCCATCAAGAAAGTATTGCAGGACAAGAGATTTAAGGTA...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATCGAGAGCTCCAGATCATGAGAAAGCTAGATCACTGTAACATAGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246084 AATCGAGAGCTCCAGATCATGAGAAAGCTAGATCACTGTAACATAGTCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATTGCGTTATTTCTTCTACTCCAGTGGTGAGAAG         AAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 246134 ATTGCGTTATTTCTTCTACTCCAGTGGTGAGAAGGTA...CAGAAAGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGTCTATCTTAATCTGGTGCTGGACTATGTTCCGGAAACAGTATACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269959 AGGTCTATCTTAATCTGGTGCTGGACTATGTTCCGGAAACAGTATACAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTGCCAGACACTATAGTCGAGCCAAACAGACGCTCCCTGTGATTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270009 GTTGCCAGACACTATAGTCGAGCCAAACAGACGCTCCCTGTGATTTATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAG         TTGTATATGTATCAGCTGTTCCGAAGTTTAGCCTATA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270059 CAAGGTA...CAGTTGTATATGTATCAGCTGTTCCGAAGTTTAGCCTATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCATTCCTTTGGAATCTGCCATCGGGATATTAAACCGCAGAACCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277298 TCCATTCCTTTGGAATCTGCCATCGGGATATTAAACCGCAGAACCTCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTGGATCCTGATACTGCTGTATTAAAACTCTGTGACTTTGGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 277348 TTGGATCCTGATACTGCTGTATTAAAACTCTGTGACTTTGGAAGGTA...

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    609    TGCAAAGCAGCTGGTCCGAGGAGAACCCAATGTTTCGTATATCTGTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280622 TAGTGCAAAGCAGCTGGTCCGAGGAGAACCCAATGTTTCGTATATCTGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTCGGTACTATAGGGCACCAGAGTTGATCTTTGGAGCCACTGATTATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280672 CTCGGTACTATAGGGCACCAGAGTTGATCTTTGGAGCCACTGATTATACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCTAGTATAG         ATGTATGGTCTGCTGGCTGTGTGTTGGCTGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 280722 TCTAGTATAGGTA...TAGATGTATGGTCTGCTGGCTGTGTGTTGGCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTGTTACTAGGACAACCAATATTTCCAGGGGATAGTGGTGTGGATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287614 GCTGTTACTAGGACAACCAATATTTCCAGGGGATAGTGGTGTGGATCAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGTAGAAATAATCAAG         GTCCTGGGAACTCCAACAAGGGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 287664 TGGTAGAAATAATCAAGGTG...TAGGTCCTGGGAACTCCAACAAGGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAAATCAGAGAAATGAACCCAAACTACACAGAATTTAAATTCCCTCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316951 CAAATCAGAGAAATGAACCCAAACTACACAGAATTTAAATTCCCTCAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TAAGGCACATCCTTGGACTAAG         GTCTTCCGACCCCGAACTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 317001 TAAGGCACATCCTTGGACTAAGGTG...CAGGTCTTCCGACCCCGAACTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CACCGGAGGCAATTGCACTGTGTAGCCGTCTGCTGGAGTATACACCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329849 CACCGGAGGCAATTGCACTGTGTAGCCGTCTGCTGGAGTATACACCAACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCCCGACTAACACCACTGGAAGCTTGTGCACATTCATTTTTTGATGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329899 GCCCGACTAACACCACTGGAAGCTTGTGCACATTCATTTTTTGATGAATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ACGGGACCCAAATGTCAAACTACCAAATGGGCGAGACACACCTGCACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329949 ACGGGACCCAAATGTCAAACTACCAAATGGGCGAGACACACCTGCACTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCAACTTCACCACTCAAG         AACTGTCAAGTAATCCACCTCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 329999 TCAACTTCACCACTCAAGGTA...TAGAACTGTCAAGTAATCCACCTCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCTACCATCCTTATTCCTCCTCATGCTCGGATTCAAGCAGCTGCTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 350105 GCTACCATCCTTATTCCTCCTCATGCTCGGATTCAAGCAGCTGCTTCAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCCCACAAATGCCACAGCAGCGTCAG         ATGCTAATACTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 350155 CCCCACAAATGCCACAGCAGCGTCAGGTA...CAGATGCTAATACTGGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACCGTGGACAGACCAATAATGCTGCTTCTGCATCAGCTTCCAACTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 366595 ACCGTGGACAGACCAATAATGCTGCTTCTGCATCAGCTTCCAACTCCACC