seq1 = pF1KB5105.tfa, 1851 bp
seq2 = pF1KB5105/gi568815595f_113678754.tfa (gi568815595f:113678754_113909424), 230671 bp

>pF1KB5105 1851
>gi568815595f:113678754_113909424 (Chr3)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-211  (102297-102425)   100% ->
212-426  (105471-105685)   100% ->
427-564  (105943-106080)   100% ->
565-716  (107479-107630)   100% ->
717-879  (109960-110122)   100% ->
880-988  (110979-111087)   100% ->
989-1111  (116119-116241)   100% ->
1112-1226  (116337-116451)   100% ->
1227-1290  (117123-117186)   100% ->
1291-1494  (119490-119693)   100% ->
1495-1589  (124830-124924)   100% ->
1590-1761  (126601-126772)   100% ->
1762-1851  (130582-130671)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTTTTCCAAGCTACCCAAAATACTCGATGAAGATAAAGAAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTTTTCCAAGCTACCCAAAATACTCGATGAAGATAAAGAAAGCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTTGGTTATGTGCATGGGGTCTCAGGACCTG         TGGTTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 ATTTGGTTATGTGCATGGGGTCTCAGGACCTGGTA...CAGTGGTTACAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTGTGACATGGCGGGTGCAGCCATGTATGAGCTGGTGAGAGTGGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102306 CCTGTGACATGGCGGGTGCAGCCATGTATGAGCTGGTGAGAGTGGGCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCGAATTGGTTGGAGAGATTATTCGATTGGAGGGTGACATGGCTACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102356 AGCGAATTGGTTGGAGAGATTATTCGATTGGAGGGTGACATGGCTACTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAGGTGTATGAAGAAACTT         CTGGTGTGTCTGTTGGAGATC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102406 TCAGGTGTATGAAGAAACTTGTA...TAGCTGGTGTGTCTGTTGGAGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGTACTTCGCACTGGTAAACCCCTCTCTGTAGAGCTTGGTCCTGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105492 CTGTACTTCGCACTGGTAAACCCCTCTCTGTAGAGCTTGGTCCTGGCATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGGGAGCCATTTTTGATGGTATTCAAAGACCTTTGTCGGATATCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105542 ATGGGAGCCATTTTTGATGGTATTCAAAGACCTTTGTCGGATATCAGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCAGACCCAAAGCATCTACATCCCCAGAGGAGTAAACGTGTCTGCTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105592 TCAGACCCAAAGCATCTACATCCCCAGAGGAGTAAACGTGTCTGCTCTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCAGAGATATCAAATGGGACTTTACACCTTGCAAAAACCTACGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105642 GCAGAGATATCAAATGGGACTTTACACCTTGCAAAAACCTACGGGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    427    GTTGGTAGTCATATCACTGGCGGAGACATTTATGGAATTGTCAGTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105940 TAGGTTGGTAGTCATATCACTGGCGGAGACATTTATGGAATTGTCAGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAACTCGCTTATCAAACACAAAATCATGTTACCCCCACGAAACAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105990 GAACTCGCTTATCAAACACAAAATCATGTTACCCCCACGAAACAGAGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGTAACTTACATTGCTCCACCTGGGAATTATGATACCTCT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106040 CTGTAACTTACATTGCTCCACCTGGGAATTATGATACCTCTGTA...TAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GATGTTGTCTTGGAGCTTGAATTTGAAGGTGTAAAGGAGAAGTTCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107479 GATGTTGTCTTGGAGCTTGAATTTGAAGGTGTAAAGGAGAAGTTCACCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGTGCAAGTATGGCCTGTACGTCAAGTTCGACCTGTCACTGAGAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107529 GGTGCAAGTATGGCCTGTACGTCAAGTTCGACCTGTCACTGAGAAGCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAGCCAATCATCCTCTGTTGACTGGCCAGAGAGTCCTTGATGCCCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107579 CAGCCAATCATCCTCTGTTGACTGGCCAGAGAGTCCTTGATGCCCTTTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CC         GTGTGTCCAGGGAGGAACTACTGCTATCCCTGGAGCCTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107629 CCGTA...TAGGTGTGTCCAGGGAGGAACTACTGCTATCCCTGGAGCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGCTGTGGAAAGACAGTGATATCACAGTCTCTATCCAAGTATTCTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109999 TGGCTGTGGAAAGACAGTGATATCACAGTCTCTATCCAAGTATTCTAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTGATGTAATCATCTATGTAGGATGTGGTGAAAGAGGAAATGAGATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110049 GTGATGTAATCATCTATGTAGGATGTGGTGAAAGAGGAAATGAGATGTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAAGTCCTCCGGGACTTCCCAGAG         CTCACAATGGAGGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 110099 GAAGTCCTCCGGGACTTCCCAGAGGTC...TAGCTCACAATGGAGGTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGGTAAGGTAGAGTCAATTATGAAGAGGACAGCTTTGGTAGCCAATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110996 TGGTAAGGTAGAGTCAATTATGAAGAGGACAGCTTTGGTAGCCAATACCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCAATATGCCTGTTGCTGCTAGAGAAGCCTCTATTTATACTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 111046 CCAATATGCCTGTTGCTGCTAGAGAAGCCTCTATTTATACTGGTG...TA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    989  GAATCACACTGTCAGAGTACTTCCGTGACATGGGCTATCATGTCAGTAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116118 GGAATCACACTGTCAGAGTACTTCCGTGACATGGGCTATCATGTCAGTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GATGGCTGACTCTACCTCTAGATGGGCTGAGGCCCTTAGAGAAATCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116168 GATGGCTGACTCTACCTCTAGATGGGCTGAGGCCCTTAGAGAAATCTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GTCGTTTAGCTGAAATGCCTGCAG         ATAGTGGATATCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 116218 GTCGTTTAGCTGAAATGCCTGCAGGTA...CAGATAGTGGATATCCAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TATCTTGGTGCCCGTCTGGCCTCGTTTTATGAACGAGCAGGCAGGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116354 TATCTTGGTGCCCGTCTGGCCTCGTTTTATGAACGAGCAGGCAGGGTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 ATGTCTTGGAAATCCTGAAAGAGAAGGGAGTGTCAGCATTGTAGGAGC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 116404 ATGTCTTGGAAATCCTGAAAGAGAAGGGAGTGTCAGCATTGTAGGAGCGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1227        AGTTTCTCCACCTGGTGGTGATTTTTCTGATCCAGTTACATCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116454 A...TAGAGTTTCTCCACCTGGTGGTGATTTTTCTGATCCAGTTACATCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GCCACTCTTGGTATCGTTCAG         GTGTTCTGGGGCTTAGATAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 117166 GCCACTCTTGGTATCGTTCAGGTA...CAGGTGTTCTGGGGCTTAGATAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAAACTAGCTCAACGTAAGCATTTCCCCTCTGTCAATTGGCTCATCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119510 GAAACTAGCTCAACGTAAGCATTTCCCCTCTGTCAATTGGCTCATCAGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACAGCAAGTATATGCGTGCCTTGGATGAATACTATGACAAACACTTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119560 ACAGCAAGTATATGCGTGCCTTGGATGAATACTATGACAAACACTTCACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GAGTTCGTTCCTCTGAGGACGAAAGCTAAGGAAATTCTGCAGGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119610 GAGTTCGTTCCTCTGAGGACGAAAGCTAAGGAAATTCTGCAGGAAGAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AGACCTGGCAGAAATTGTACAGCTTGTGGGAAAG         GCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 119660 AGACCTGGCAGAAATTGTACAGCTTGTGGGAAAGGTG...TAGGCTTCTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGGCAGAAACAGATAAAATCACTCTGGAGGTAGCAAAACTTATCAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124837 TGGCAGAAACAGATAAAATCACTCTGGAGGTAGCAAAACTTATCAAAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GATTTCCTACAACAAAATGGATATACTCCTTATGACAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 124887 GATTTCCTACAACAAAATGGATATACTCCTTATGACAGGTA...TAGGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CTGCCCATTCTACAAGACAGTAGGGATGCTGTCCAACATGATTGCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126604 CTGCCCATTCTACAAGACAGTAGGGATGCTGTCCAACATGATTGCATTTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 ATGATATGGCTCGTAGAGCTGTTGAAACCACTGCCCAGAGTGACAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126654 ATGATATGGCTCGTAGAGCTGTTGAAACCACTGCCCAGAGTGACAATAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 ATCACATGGTCCATTATTCGTGAGCACATGGGAGACATCCTCTATAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126704 ATCACATGGTCCATTATTCGTGAGCACATGGGAGACATCCTCTATAAACT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 TTCCTCCATGAAATTCAAG         GATCCACTGAAAGATGGTGAGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 126754 TTCCTCCATGAAATTCAAGGTA...CAGGATCCACTGAAAGATGGTGAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CAAAGATCAAAAGCGACTATGCACAACTTCTTGAAGACATGCAGAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130604 CAAAGATCAAAAGCGACTATGCACAACTTCTTGAAGACATGCAGAATGCA

   1950     .    :    .
   1834 TTCCGTAGCCTTGAAGAT
        ||||||||||||||||||
 130654 TTCCGTAGCCTTGAAGAT