seq1 = pF1KB5103.tfa, 2100 bp
seq2 = pF1KB5103/gi568815594f_144546676.tfa (gi568815594f:144546676_144837954), 291279 bp

>pF1KB5103 2100
>gi568815594f:144546676_144837954 (Chr4)

1-279  (100001-100279)   100% ->
280-472  (105930-106122)   100% ->
473-629  (112115-112271)   100% ->
630-831  (112962-113163)   100% ->
832-983  (159856-160007)   100% ->
984-1157  (160412-160585)   100% ->
1158-1301  (161493-161636)   100% ->
1302-1423  (165275-165396)   100% ->
1424-1547  (167550-167673)   100% ->
1548-1678  (168625-168755)   100% ->
1679-1760  (172200-172281)   100% ->
1761-1909  (188066-188214)   100% ->
1910-2100  (191089-191279)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAAGATGCTCTCCTTTAAGCTGCTGCTGCTGGCCGTGGCTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGAAGATGCTCTCCTTTAAGCTGCTGCTGCTGGCCGTGGCTCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCTTTGAAGGAGATGCTAAGTTTGGGGAAAGAAACGAAGGGAGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCTTTGAAGGAGATGCTAAGTTTGGGGAAAGAAACGAAGGGAGCGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAAGGAGGAGAAGGTGCCTGAATGGGAACCCCCCGAAGCGCCTGAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAAGGAGGAGAAGGTGCCTGAATGGGAACCCCCCGAAGCGCCTGAAAAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGAGACAGGAGGATGATGTCCCAGCTGGAGCTGCTGAGTGGGGGAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGAGACAGGAGGATGATGTCCCAGCTGGAGCTGCTGAGTGGGGGAGAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGTGCGGTGGCTTCTACCCTCGGCTGTCCTGCTGCCTGCGGAGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTGTGCGGTGGCTTCTACCCTCGGCTGTCCTGCTGCCTGCGGAGTGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCCGGGGCTAGGGCGCCTGGAGAATAAG         ATATTTTCTGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100251 GCCCGGGGCTAGGGCGCCTGGAGAATAAGGTA...CAGATATTTTCTGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCAACAACACAGAATGTGGGAAGTTACTGGAGGAAATCAAATGTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105942 ACCAACAACACAGAATGTGGGAAGTTACTGGAGGAAATCAAATGTGCACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTGCTCTCCACATTCTCAAAGCCTGTTCCACTCACCTGAGAGAGAAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105992 TTGCTCTCCACATTCTCAAAGCCTGTTCCACTCACCTGAGAGAGAAGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGAAAGAGACCTAGTACTTCCTCTGCTCTGCAAAGACTATTGCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106042 TGGAAAGAGACCTAGTACTTCCTCTGCTCTGCAAAGACTATTGCAAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTCTTTTACACTTGCCGAGGCCATATTCCAG         GTTTCCTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 106092 TTCTTTTACACTTGCCGAGGCCATATTCCAGGTA...AAGGTTTCCTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AACAACTGCGGATGAGTTTTGCTTTTACTATGCAAGAAAAGATGGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112125 AACAACTGCGGATGAGTTTTGCTTTTACTATGCAAGAAAAGATGGTGGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGTGCTTTCCAGATTTTCCAAGAAAACAAGTCAGAGGACCAGCATCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112175 TGTGCTTTCCAGATTTTCCAAGAAAACAAGTCAGAGGACCAGCATCTAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TACTTGGACCAGATGGAAGAATATGACAAAGTGGAAGAGATCAGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 112225 TACTTGGACCAGATGGAAGAATATGACAAAGTGGAAGAGATCAGCAGGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    630       AAAGCACAAACACAACTGCTTCTGTATTCAGGAGGTTGTGAGTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112275 ...TAGAAAGCACAAACACAACTGCTTCTGTATTCAGGAGGTTGTGAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGCTGCGGCAGCCCGTTGGTGCCCTGCATAGTGGGGATGGCTCGCAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113006 GGCTGCGGCAGCCCGTTGGTGCCCTGCATAGTGGGGATGGCTCGCAACGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTCTTCATTCTGGAAAAAGAAGGTTATGTGAAGATACTTACCCCTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113056 CTCTTCATTCTGGAAAAAGAAGGTTATGTGAAGATACTTACCCCTGAAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGAAATTTTCAAGGAGCCTTATTTGGACATTCACAAACTTGTTCAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113106 AGAAATTTTCAAGGAGCCTTATTTGGACATTCACAAACTTGTTCAAAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GAATAAAG         GGAGGAGATGAAAGAGGACTGCTAAGCCTCGCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 113156 GAATAAAGGTT...CAGGGAGGAGATGAAAGAGGACTGCTAAGCCTCGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTCCATCCCAATTACAAGAAAAATGGAAAGTTGTATGTGTCCTATACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159889 TTCCATCCCAATTACAAGAAAAATGGAAAGTTGTATGTGTCCTATACCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CAACCAAGAACGGTGGGCTATCGGGCCTCATGACCACATTCTTAGGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159939 CAACCAAGAACGGTGGGCTATCGGGCCTCATGACCACATTCTTAGGGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGGAATACACAGTATCCAG         AAAAAATCCACACCAAGTTGAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 159989 TGGAATACACAGTATCCAGGTA...TAGAAAAAATCCACACCAAGTTGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTGAGAACAGCCAGAGTCTTTCTTGAAGTTGCAGAACTCCACAGAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160434 TTGAGAACAGCCAGAGTCTTTCTTGAAGTTGCAGAACTCCACAGAAAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TCTGGGAGGACAACTGCTCTTTGGCCCTGACGGCTTTTTGTACATCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160484 TCTGGGAGGACAACTGCTCTTTGGCCCTGACGGCTTTTTGTACATCATTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TTGGTGATGGGATGATTACACTGGATGATATGGAAGAAATGGATGGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160534 TTGGTGATGGGATGATTACACTGGATGATATGGAAGAAATGGATGGGTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AG         TGATTTCACAGGCTCAGTGCTACGGCTGGATGTGGACAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160584 AGGTA...CAGTGATTTCACAGGCTCAGTGCTACGGCTGGATGTGGACAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AGACATGTGCAACGTGCCTTATTCCATACCAAGGAGCAACCCACACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161532 AGACATGTGCAACGTGCCTTATTCCATACCAAGGAGCAACCCACACTTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ACAGCACCAACCAGCCCCCCGAAGTGTTTGCTCATGGGCTCCACGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161582 ACAGCACCAACCAGCCCCCCGAAGTGTTTGCTCATGGGCTCCACGATCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GGCAG         ATGTGCTGTGGATAGACATCCCACTGATATAAACAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161632 GGCAGGTG...CAGATGTGCTGTGGATAGACATCCCACTGATATAAACAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CAATTTAACGATACTGTGTTCAGACTCCAATGGAAAAAACAGATCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165311 CAATTTAACGATACTGTGTTCAGACTCCAATGGAAAAAACAGATCATCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CCAGAATTCTACAGATAATAAAGGGGAAAGATTATG         AAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 165361 CCAGAATTCTACAGATAATAAAGGGGAAAGATTATGGTA...CAGAAAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GAGCCATCACTTTTAGAATTCAAGCCATTCAGTAATGGTCCTTTGGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167555 GAGCCATCACTTTTAGAATTCAAGCCATTCAGTAATGGTCCTTTGGTTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TGGATTTGTATACCGGGGCTGCCAGTCAGAAAGATTGTATGGAAGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167605 TGGATTTGTATACCGGGGCTGCCAGTCAGAAAGATTGTATGGAAGCTACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TGTTTGGAGATCGTAATGG         GAATTTCCTAACTCTCCAGCAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 167655 TGTTTGGAGATCGTAATGGGTA...TAGGAATTTCCTAACTCTCCAGCAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AGTCCTGTGACAAAGCAGTGGCAAGAAAAACCACTCTGTCTCGGCACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168647 AGTCCTGTGACAAAGCAGTGGCAAGAAAAACCACTCTGTCTCGGCACTAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TGGGTCCTGTAGAGGCTACTTTTCCGGTCACATCTTGGGATTTGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168697 TGGGTCCTGTAGAGGCTACTTTTCCGGTCACATCTTGGGATTTGGAGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ATGAACTAG         GTGAAGTTTACATTTTATCAAGCAGTAAAAGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 168747 ATGAACTAGGTA...CAGGTGAAGTTTACATTTTATCAAGCAGTAAAAGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 ATGACCCAGACTCACAATGGAAAACTCTACAAAATTGTAGATCCCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172232 ATGACCCAGACTCACAATGGAAAACTCTACAAAATTGTAGATCCCAAAAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761          ACCTTTAATGCCTGAGGAATGCAGAGCCACGGTACAACCTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172282 GTG...TAGACCTTTAATGCCTGAGGAATGCAGAGCCACGGTACAACCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CACAGACACTGACTTCAGAGTGCTCCAGGCTCTGTCGAAACGGCTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188107 CACAGACACTGACTTCAGAGTGCTCCAGGCTCTGTCGAAACGGCTACTGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 ACCCCCACGGGAAAGTGCTGCTGCAGTCCAGGCTGGGAGGGGGACTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188157 ACCCCCACGGGAAAGTGCTGCTGCAGTCCAGGCTGGGAGGGGGACTTCTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 CAGAACTG         CAAAATGTGAGCCAGCATGTCGTCATGGAGGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 188207 CAGAACTGGTT...CAGCAAAATGTGAGCCAGCATGTCGTCATGGAGGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TCTGTGTTAGACCGAACAAGTGCCTCTGTAAAAAAGGATATCTTGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191122 TCTGTGTTAGACCGAACAAGTGCCTCTGTAAAAAAGGATATCTTGGTCCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 CAATGTGAACAAGTGGACAGAAACATCCGCAGAGTGACCAGGGCAGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191172 CAATGTGAACAAGTGGACAGAAACATCCGCAGAGTGACCAGGGCAGGTAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TCTTGATCAGATCATTGACATGACATCTTACTTGCTGGATCTAACAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191222 TCTTGATCAGATCATTGACATGACATCTTACTTGCTGGATCTAACAAGTT

   2200     .
   2093 ACATTGTA
        ||||||||
 191272 ACATTGTA