seq1 = pF1KB5086.tfa, 1980 bp
seq2 = pF1KB5086/gi568815576f_38605983.tfa (gi568815576f:38605983_38830701), 224719 bp

>pF1KB5086 1980
>gi568815576f:38605983_38830701 (Chr22)

1-165  (100001-100165)   100% ->
166-277  (102863-102974)   100% ->
278-458  (109925-110105)   100% ->
459-807  (110670-111018)   100% ->
808-931  (115760-115883)   100% ->
932-1046  (118315-118429)   100% ->
1047-1191  (120024-120168)   100% ->
1192-1374  (120276-120458)   100% ->
1375-1510  (121231-121366)   100% ->
1511-1689  (122001-122179)   100% ->
1690-1890  (123480-123680)   100% ->
1891-1980  (124630-124719)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTCGCCGGTCCCGGCCTCTATGTTCGCCCCCGAGCCCAGCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACTCGCCGGTCCCGGCCTCTATGTTCGCCCCCGAGCCCAGCTCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGGCGGCCAGGGCCGCGGCGGCCGCCGCCCGACTCCACGGCGGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGGCGGCCAGGGCCGCGGCGGCCGCCGCCCGACTCCACGGCGGCTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTCGGACTGCAGCGAGGACGGCGAGGCGCTCAACGGCGAGCCAGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTCGGACTGCAGCGAGGACGGCGAGGCGCTCAACGGCGAGCCAGAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACCTCACCAGCAAG         CTGGTTCTAGTGAGCCCTACATCAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACCTCACCAGCAAGGTA...TAGCTGGTTCTAGTGAGCCCTACATCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGTATGACAGCCTACTTCGGCAGATGTGGGAGAGGATGGACGAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102889 GCAGTATGACAGCCTACTTCGGCAGATGTGGGAGAGGATGGACGAGGGAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCGGAGAGACCATATATGTCATTGGGCAGGGATCAG         ATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102939 GCGGAGAGACCATATATGTCATTGGGCAGGGATCAGGTG...CAGATGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACTGAGTATGGGCTGAGTGAAGCTGACATGGAGGCCTCCTACGCCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109930 ACTGAGTATGGGCTGAGTGAAGCTGACATGGAGGCCTCCTACGCCACAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGAGCATGGCGGAACAGATAGAGGCCGATGTCATCCTTCTGCGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109980 GAAGAGCATGGCGGAACAGATAGAGGCCGATGTCATCCTTCTGCGGGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGCAAGAAGCTGGGGGCCGCGTGCGTGATTACCTGGTCCGGAAACGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110030 GGCAAGAAGCTGGGGGCCGCGTGCGTGATTACCTGGTCCGGAAACGAGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGAGACAATGACTTCCTGGAGGTCAG         GGTAGCAGTGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 110080 GGAGACAATGACTTCCTGGAGGTCAGGTG...CAGGGTAGCAGTGGTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAACGTGGATGCTGGCAAAAGCACGCTTCTGGGGGTCCTGACACATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110685 CAACGTGGATGCTGGCAAAAGCACGCTTCTGGGGGTCCTGACACATGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCTGGACAATGGCCGAGGCTTTGCCCGCCAGAAACTCTTCCGCCACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110735 AGCTGGACAATGGCCGAGGCTTTGCCCGCCAGAAACTCTTCCGCCACAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CATGAAATTGAATCTGGTCGCACCAGCAGTGTGGGCAACGACATTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110785 CATGAAATTGAATCTGGTCGCACCAGCAGTGTGGGCAACGACATTCTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTTTGACAGTGAAGGCAATGTAGTGAACAAGCCTGACAGCCACGGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110835 CTTTGACAGTGAAGGCAATGTAGTGAACAAGCCTGACAGCCACGGCGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCCTGGAGTGGACCAAGATCTGTGAGAAGTCCACGAAAGTCATTACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110885 GCCTGGAGTGGACCAAGATCTGTGAGAAGTCCACGAAAGTCATTACCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATCGACTTGGCTGGTCATGAGAAGTACCTGAAAACCACTGTCTTCGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110935 ATCGACTTGGCTGGTCATGAGAAGTACCTGAAAACCACTGTCTTCGGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GACAGGCCATCTGCCTGACTTCTGCATGCTCATG         GTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 110985 GACAGGCCATCTGCCTGACTTCTGCATGCTCATGGTG...CAGGTGGGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCAATGCTGGCATCGTGGGGATGACCAAAGAACACCTGGGCTTGGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115767 GCAATGCTGGCATCGTGGGGATGACCAAAGAACACCTGGGCTTGGCACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GCACTCAATGTACCTGTCTTTGTGGTAGTCACCAAGATTGACATGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115817 GCACTCAATGTACCTGTCTTTGTGGTAGTCACCAAGATTGACATGTGTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGCCAACATCCTGCAAG         AAACCCTGAAGCTGTTACAGCGCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 115867 TGCCAACATCCTGCAAGGTA...AAGAAACCCTGAAGCTGTTACAGCGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGCTGAAGTCACCAGGCTGCCGGAAGATCCCCGTGCTGGTGCAGAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118339 TGCTGAAGTCACCAGGCTGCCGGAAGATCCCCGTGCTGGTGCAGAGCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GATGATGTGATTGTCACAGCCTCCAACTTCAGCTCTGAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 118389 GATGATGTGATTGTCACAGCCTCCAACTTCAGCTCTGAAAGGTA...TAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GATGTGCCCGATATTCCAGATCTCCAACGTTACAGGCGAGAACCTAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120024 GATGTGCCCGATATTCCAGATCTCCAACGTTACAGGCGAGAACCTAGATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGCTGAAGATGTTCCTCAACCTCCTCTCCCCCCGCACCAGCTACAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120074 TGCTGAAGATGTTCCTCAACCTCCTCTCCCCCCGCACCAGCTACAGGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GAGGAGCCTGCTGAGTTTCAGATTGATGACACCTACTCCGTCCCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 120124 GAGGAGCCTGCTGAGTTTCAGATTGATGACACCTACTCCGTCCCGGTA..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192     GGTGTGGGGACAGTGGTTTCGGGGACAACACTGAGAGGCCTGATCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120174 .CAGGGTGTGGGGACAGTGGTTTCGGGGACAACACTGAGAGGCCTGATCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGCTGAATGACACGCTGCTGCTGGGCCCAGACCCCTTGGGTAACTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120322 AGCTGAATGACACGCTGCTGCTGGGCCCAGACCCCTTGGGTAACTTCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TCCATTGCTGTCAAATCCATCCATCGCAAGCGCATGCCTGTCAAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120372 TCCATTGCTGTCAAATCCATCCATCGCAAGCGCATGCCTGTCAAGGAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GCGGGGTGGCCAGACAGCATCCTTTGCGCTGAAGAAG         ATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 120422 GCGGGGTGGCCAGACAGCATCCTTTGCGCTGAAGAAGGTG...CAGATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AGCGCTCGTCCATCCGGAAGGGCATGGTGATGGTTTCCCCACGTTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121235 AGCGCTCGTCCATCCGGAAGGGCATGGTGATGGTTTCCCCACGTTTGAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CCCCAAGCCTCCTGGGAGTTTGAGGCCGAGATTCTCGTCCTCCACCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121285 CCCCAAGCCTCCTGGGAGTTTGAGGCCGAGATTCTCGTCCTCCACCACCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CACCACAATTAGCCCGCGCTACCAGGCCATGG         TGCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 121335 CACCACAATTAGCCCGCGCTACCAGGCCATGGGTA...CAGTGCACTGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GGAGCATCAGGCAGACAGCCACCATTCTGAGCATGGACAAGGACTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122010 GGAGCATCAGGCAGACAGCCACCATTCTGAGCATGGACAAGGACTGTCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CGCACTGGGGACAAGGCCACTGTACACTTCCGCTTCATCAAGACCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122060 CGCACTGGGGACAAGGCCACTGTACACTTCCGCTTCATCAAGACCCCTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GTACCTGCACATAGACCAGCGGCTGGTGTTCCGGGAAGGCCGCACCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122110 GTACCTGCACATAGACCAGCGGCTGGTGTTCCGGGAAGGCCGCACCAAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CTGTCGGCACCATCACCAAG         CTCCTCCAGACCACCAACAAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 122160 CTGTCGGCACCATCACCAAGGTA...CAGCTCCTCCAGACCACCAACAAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 TCCCCAATGAACTCCAAGCCGCAGCAGATTAAAATGCAGTCGACGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123501 TCCCCAATGAACTCCAAGCCGCAGCAGATTAAAATGCAGTCGACGAAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GGGCCCCCTGACGAAACGAGACGAGGGGGGCCCGTCTGGTGGGCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123551 GGGCCCCCTGACGAAACGAGACGAGGGGGGCCCGTCTGGTGGGCCAGCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 TAGGAGCACCCCCACCTGGAGATGAAGCCTCCTCTGTAGGGGCAGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123601 TAGGAGCACCCCCACCTGGAGATGAAGCCTCCTCTGTAGGGGCAGGGCAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 CCAGCTGCGTCCAGCAATCTCCAGCCTCAG         CCTAAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 123651 CCAGCTGCGTCCAGCAATCTCCAGCCTCAGGTG...CAGCCTAAGCCCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 CAGTGGAGGCCGGCGACGAGGGGGCCAGCGCCACAAGGTGAAGTCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124641 CAGTGGAGGCCGGCGACGAGGGGGCCAGCGCCACAAGGTGAAGTCCCAGG

   2050     .    :    .    :    .
   1952 GGGCCTGTGTGACTCCTGCCAGCGGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 124691 GGGCCTGTGTGACTCCTGCCAGCGGCTGC