seq1 = pF1KB5078.tfa, 2571 bp
seq2 = pF1KB5078/gi568815597f_35788425.tfa (gi568815597f:35788425_36019604), 231180 bp

>pF1KB5078 2571
>gi568815597f:35788425_36019604 (Chr1)

1-25  (94998-95022)   100% ->
26-209  (100003-100186)   100% ->
210-330  (104133-104253)   100% ->
331-512  (104673-104854)   100% ->
513-649  (105250-105386)   100% ->
650-784  (105613-105747)   100% ->
785-872  (105891-105978)   100% ->
873-1020  (106698-106845)   100% ->
1021-1140  (113050-113169)   100% ->
1141-1263  (113524-113646)   100% ->
1264-1397  (113780-113913)   100% ->
1398-1582  (118511-118695)   100% ->
1583-1742  (125418-125577)   100% ->
1743-1833  (125760-125850)   100% ->
1834-2028  (126924-127118)   100% ->
2029-2163  (129169-129303)   100% ->
2164-2265  (129898-129999)   100% ->
2266-2465  (130631-130830)   100% ->
2466-2571  (131075-131180)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGCGGGACCCTCGGGAGCAG         CTGCGGGCGCTTACCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  94998 ATGGAAGCGGGACCCTCGGGAGCAGGTA...TAGCTGCGGGCGCTTACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCCCCCCCTGCAGCAGGTGTTCCAGGCACCTCGCCGGCCTGGCATTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100019 GCCCCCCCTGCAGCAGGTGTTCCAGGCACCTCGCCGGCCTGGCATTGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGTGGGGAAACCAATCAAGCTCCTGGCCAATTACTTTGAGGTGGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100069 CTGTGGGGAAACCAATCAAGCTCCTGGCCAATTACTTTGAGGTGGACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTAAGATCGACGTGTACCACTACGAGGTGGACATCAAGCCGGATAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100119 CCTAAGATCGACGTGTACCACTACGAGGTGGACATCAAGCCGGATAAGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCCCGTAGAGTCAACCG         GGAAGTGGTGGAATACATGGTCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100169 TCCCCGTAGAGTCAACCGGTA...CAGGGAAGTGGTGGAATACATGGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCATTTCAAGCCTCAGATCTTTGGTGATCGCAAGCCTGTGTATGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104156 AGCATTTCAAGCCTCAGATCTTTGGTGATCGCAAGCCTGTGTATGATGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGAAGAACATTTACACTGTCACAGCACTGCCCATTGGCAACGAACGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104206 AAGAAGAACATTTACACTGTCACAGCACTGCCCATTGGCAACGAACGGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        GTCGACTTTGAGGTGACAATCCCTGGGGAAGGGAAGGATCGAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104256 A...AAGGTCGACTTTGAGGTGACAATCCCTGGGGAAGGGAAGGATCGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCTTTAAGGTCTCCATCAAGTGGCTAGCCATTGTGAGCTGGCGAATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104716 TCTTTAAGGTCTCCATCAAGTGGCTAGCCATTGTGAGCTGGCGAATGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATGAGGCCCTGGTCAGCGGCCAGATCCCTGTTCCCTTGGAGTCTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104766 CATGAGGCCCTGGTCAGCGGCCAGATCCCTGTTCCCTTGGAGTCTGTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGCCCTGGATGTGGCCATGAGGCACCTGGCATCCATGAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104816 AGCCCTGGATGTGGCCATGAGGCACCTGGCATCCATGAGGTA...CAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACACCCCTGTGGGCCGCTCCTTCTTCTCACCGCCTGAGGGCTACTACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105252 ACACCCCTGTGGGCCGCTCCTTCTTCTCACCGCCTGAGGGCTACTACCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCGCTGGGGGGTGGGCGCGAGGTCTGGTTCGGCTTTCACCAGTCTGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105302 CCGCTGGGGGGTGGGCGCGAGGTCTGGTTCGGCTTTCACCAGTCTGTGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCCTGCCATGTGGAAGATGATGCTCAACATTGATG         TCTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105352 CCCTGCCATGTGGAAGATGATGCTCAACATTGATGGTG...CAGTCTCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCACTGCCTTTTATAAGGCACAGCCAGTGATTGAGTTCATGTGTGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105619 CCACTGCCTTTTATAAGGCACAGCCAGTGATTGAGTTCATGTGTGAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGACATCAGGAACATAGATGAGCAGCCCAAGCCCCTCACGGACTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105669 CTGGACATCAGGAACATAGATGAGCAGCCCAAGCCCCTCACGGACTCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCGCGTTCGCTTCACCAAGGAGATCAAGG         GCCTGAAGGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105719 GCGCGTTCGCTTCACCAAGGAGATCAAGGGTG...CAGGCCTGAAGGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAGTCACCCACTGTGGACAGATGAAGAGGAAGTACCGCGTGTGTAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105903 AAGTCACCCACTGTGGACAGATGAAGAGGAAGTACCGCGTGTGTAATGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACCCGTCGCCCTGCTAGCCATCAGAC         ATTCCCCTTACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 105953 ACCCGTCGCCCTGCTAGCCATCAGACGTA...CAGATTCCCCTTACAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGAGAGTGGACAGACTGTGGAGTGCACAGTGGCACAGTATTTCAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106713 GGAGAGTGGACAGACTGTGGAGTGCACAGTGGCACAGTATTTCAAGCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AATATAACCTTCAGCTCAAGTATCCCCATCTGCCCTGCCTACAAGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106763 AATATAACCTTCAGCTCAAGTATCCCCATCTGCCCTGCCTACAAGTTGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAGGAACAAAAGCATACCTACCTTCCCCTAGAG         GTCTGTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106813 CAGGAACAAAAGCATACCTACCTTCCCCTAGAGGTG...CAGGTCTGTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CATTGTGGCTGGGCAGCGCTGTATTAAAAAGCTGACCGACAACCAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113058 CATTGTGGCTGGGCAGCGCTGTATTAAAAAGCTGACCGACAACCAGACCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CGACCATGATAAAGGCCACAGCTAGATCCGCTCCAGACAGACAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113108 CGACCATGATAAAGGCCACAGCTAGATCCGCTCCAGACAGACAGGAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATCAGTCGCCTG         ATGAAGAATGCCAGCTACAACTTAGATCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 113158 ATCAGTCGCCTGGTC...CAGATGAAGAATGCCAGCTACAACTTAGATCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTACATCCAGGAATTTGGGATCAAAGTGAAGGATGACATGACGGAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113553 CTACATCCAGGAATTTGGGATCAAAGTGAAGGATGACATGACGGAGGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CAGGGCGAGTGCTGCCGGCGCCCATCTTGCAGTACGGCGGCCGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113603 CAGGGCGAGTGCTGCCGGCGCCCATCTTGCAGTACGGCGGCCGGGTG...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1264    AACCGGGCCATTGCCACACCCAATCAGGGTGTCTGGGACATGCGGGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113777 CAGAACCGGGCCATTGCCACACCCAATCAGGGTGTCTGGGACATGCGGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAAACAGTTCTACAATGGGATTGAGATCAAAGTCTGGGCCATCGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113827 GAAACAGTTCTACAATGGGATTGAGATCAAAGTCTGGGCCATCGCCTGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCGCACCCCAAAAACAGTGTCGAGAAGAGGTGCTCAA         GAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 113877 TCGCACCCCAAAAACAGTGTCGAGAAGAGGTGCTCAAGTA...CAGGAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TTCACAGACCAGCTGCGGAAGATTTCCAAGGATGCGGGGATGCCTATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118515 TTCACAGACCAGCTGCGGAAGATTTCCAAGGATGCGGGGATGCCTATCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGGTCAACCTTGTTTCTGCAAATATGCACAGGGGGCAGACAGCGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118565 GGGTCAACCTTGTTTCTGCAAATATGCACAGGGGGCAGACAGCGTGGAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CTATGTTCCGGCATCTCAAGAACACCTACTCAGGGCTGCAGCTCATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118615 CTATGTTCCGGCATCTCAAGAACACCTACTCAGGGCTGCAGCTCATTATT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GTCATCCTGCCAGGGAAGACGCCGGTGTATG         CTGAGGTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 118665 GTCATCCTGCCAGGGAAGACGCCGGTGTATGGTA...TAGCTGAGGTGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 ACGTGTCGGAGATACACTCTTGGGAATGGCTACGCAGTGTGTGCAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125428 ACGTGTCGGAGATACACTCTTGGGAATGGCTACGCAGTGTGTGCAGGTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGAACGTGGTCAAGACCTCACCTCAGACTCTGTCCAACCTCTGCCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125478 AGAACGTGGTCAAGACCTCACCTCAGACTCTGTCCAACCTCTGCCTCAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 ATCAATGTCAAACTTGGTGGCATTAACAACATCCTAGTCCCACACCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125528 ATCAATGTCAAACTTGGTGGCATTAACAACATCCTAGTCCCACACCAGCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743          CTCTGCCGTTTTTCAACAGCCAGTGATATTCCTGGGAGCAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125578 GTA...CAGCTCTGCCGTTTTTCAACAGCCAGTGATATTCCTGGGAGCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 ATGTTACACACCCCCCAGCAGGGGATGGGAAAAAACCTTCTATCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125801 ATGTTACACACCCCCCAGCAGGGGATGGGAAAAAACCTTCTATCACAGCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834          GTGGTAGGCAGTATGGATGCCCACCCCAGCCGATACTGTGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125851 GTG...CAGGTGGTAGGCAGTATGGATGCCCACCCCAGCCGATACTGTGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TACTGTGCGGGTACAGCGACCACGGCAAGAGATCATTGAAGACTTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126965 TACTGTGCGGGTACAGCGACCACGGCAAGAGATCATTGAAGACTTGTCCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 ACATGGTGCGTGAGCTCCTCATCCAATTCTACAAGTCCACCCGTTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127015 ACATGGTGCGTGAGCTCCTCATCCAATTCTACAAGTCCACCCGTTTCAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 CCTACCCGCATCATCTTCTACCGAGATGGGGTGCCTGAAGGCCAGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127065 CCTACCCGCATCATCTTCTACCGAGATGGGGTGCCTGAAGGCCAGCTACC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 CCAG         ATACTCCACTATGAGCTACTGGCCATTCGTGATGCCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127115 CCAGGTA...TAGATACTCCACTATGAGCTACTGGCCATTCGTGATGCCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 GCATCAAACTGGAAAAGGACTACCAGCCTGGGATCACTTATATTGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129206 GCATCAAACTGGAAAAGGACTACCAGCCTGGGATCACTTATATTGTGGTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 CAGAAACGCCATCACACCCGCCTTTTCTGTGCTGACAAGAATGAGCGA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 129256 CAGAAACGCCATCACACCCGCCTTTTCTGTGCTGACAAGAATGAGCGAGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2164        ATTGGGAAGAGTGGTAACATCCCAGCTGGGACCACAGTGGACA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129306 G...CAGATTGGGAAGAGTGGTAACATCCCAGCTGGGACCACAGTGGACA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 CCAACATCACCCACCCATTTGAGTTTGACTTCTATCTGTGCAGCCACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129941 CCAACATCACCCACCCATTTGAGTTTGACTTCTATCTGTGCAGCCACGCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 GGCATCCAG         GGCACCAGCCGACCATCCCATTACTATGTTCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 129991 GGCATCCAGGTA...CAGGGCACCAGCCGACCATCCCATTACTATGTTCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 TTGGGATGACAACCGTTTCACAGCAGATGAGCTCCAGATCCTGACGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130663 TTGGGATGACAACCGTTTCACAGCAGATGAGCTCCAGATCCTGACGTACC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 AGCTGTGCCACACTTACGTACGATGCACACGCTCTGTCTCTATCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130713 AGCTGTGCCACACTTACGTACGATGCACACGCTCTGTCTCTATCCCAGCA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 CCTGCCTACTATGCCCGCCTGGTGGCTTTCCGGGCACGATACCACCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130763 CCTGCCTACTATGCCCGCCTGGTGGCTTTCCGGGCACGATACCACCTGGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 GGACAAGGAGCATGACAG         TGGAGAGGGGAGCCACATATCGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 130813 GGACAAGGAGCATGACAGGTG...CAGTGGAGAGGGGAGCCACATATCGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 GGCAGAGCAATGGGCGGGACCCCCAGGCCCTGGCCAAAGCCGTGCAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131098 GGCAGAGCAATGGGCGGGACCCCCAGGCCCTGGCCAAAGCCGTGCAGGTT

   2700     .    :    .    :    .    :
   2539 CACCAGGATACTCTGCGCACCATGTACTTCGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 131148 CACCAGGATACTCTGCGCACCATGTACTTCGCT