seq1 = pF1KB5072.tfa, 1848 bp
seq2 = pF1KB5072/gi568815581f_1742802.tfa (gi568815581f:1742802_1997172), 254371 bp

>pF1KB5072 1848
>gi568815581f:1742802_1997172 (Chr17)

1-33  (87293-87325)   96% ->
34-84  (100002-100052)   100% ->
85-163  (101119-101197)   100% ->
164-272  (101777-101885)   100% ->
273-361  (110300-110388)   100% ->
362-454  (129633-129725)   100% ->
455-587  (132860-132992)   100% ->
588-690  (134411-134513)   100% ->
691-759  (136192-136260)   100% ->
760-952  (136414-136606)   100% ->
953-1092  (136759-136898)   99% ->
1093-1241  (137742-137890)   100% ->
1242-1374  (141011-141143)   100% ->
1375-1551  (145874-146050)   100% ->
1552-1659  (149032-149139)   100% ->
1660-1746  (152208-152294)   100% ->
1747-1848  (154270-154371)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCGGCCAGCTGAGCGAGGGGGCCATTGCG         GCCATCAT
        ||||||||||| |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  87293 ATGGTCGGCCAACTGAGCGAGGGGGCCATTGCGGTG...CAGGCCATCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCAGAAGGGGGATACAAACATAAAGCCCATCCTCCAAGTCATC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100010 GCAGAAGGGGGATACAAACATAAAGCCCATCCTCCAAGTCATCGTA...T

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     85   AACATCCGTCCCATTACTACGGGGAATAGTCCGCCGCGTTATCGACTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101117 AGAACATCCGTCCCATTACTACGGGGAATAGTCCGCCGCGTTATCGACTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTCATGAGTGATGGATTGAACACTCTATCCT         CTTTCATGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101167 CTCATGAGTGATGGATTGAACACTCTATCCTGTG...CAGCTTTCATGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GGCGACACAGTTGAACCCTCTCGTGGAGGAAGAACAATTGTCCAGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101787 GGCGACACAGTTGAACCCTCTCGTGGAGGAAGAACAATTGTCCAGCAACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GTGTATGCCAGATTCACAGATTTATTGTGAACACTCTGAAAGACGGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101837 GTGTATGCCAGATTCACAGATTTATTGTGAACACTCTGAAAGACGGAAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    273         GAGAGTAGTTATCTTGATGGAATTAGAAGTTTTGAAGTCAGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101887 TA...CAGGAGAGTAGTTATCTTGATGGAATTAGAAGTTTTGAAGTCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGAAGCAGTTGGAGTGAAGATTGGCAATCCAGTGCCCTATAATGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 110342 TGAAGCAGTTGGAGTGAAGATTGGCAATCCAGTGCCCTATAATGAAGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    362       GACTCGGGCAGCCGCAAGTAGCTCCTCCAGCGCCAGCAGCCAGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110392 ...CAGGACTCGGGCAGCCGCAAGTAGCTCCTCCAGCGCCAGCAGCCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CCAGCAGCAAGCAGCAGGCCCCAGCCGCAGAATGGAAGCTCGGGAATGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 129677 CCAGCAGCAAGCAGCAGGCCCCAGCCGCAGAATGGAAGCTCGGGAATGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    455         GTTCTACTGTTTCTAAGGCTTATGGTGCTTCAAAGACATTTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129727 TG...AAGGTTCTACTGTTTCTAAGGCTTATGGTGCTTCAAAGACATTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GAAAAGCTGCAGGTCCCAGCCTGTCACACACTTCTGGGGGAACACAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132902 GAAAAGCTGCAGGTCCCAGCCTGTCACACACTTCTGGGGGAACACAGTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AAAGTGGTGCCCATTGCCAGCCTCACTCCTTACCAGTCCAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 132952 AAAGTGGTGCCCATTGCCAGCCTCACTCCTTACCAGTCCAAGTG...TAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GTGGACCATTTGTGCTCGTGTTACCAACAAAAGTCAGATCCGTACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134411 GTGGACCATTTGTGCTCGTGTTACCAACAAAAGTCAGATCCGTACCTGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GCAACTCCCGAGGGGAAGGGAAGCTTTTCTCCCTAGAACTGGTTGACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134461 GCAACTCCCGAGGGGAAGGGAAGCTTTTCTCCCTAGAACTGGTTGACGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AGT         GGTGAAATCCGAGCTACAGCTTTCAATGAGCAAGTGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134511 AGTGTG...CAGGGTGAAATCCGAGCTACAGCTTTCAATGAGCAAGTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CAAGTTCTTTCCTCTTATTGAAGTGAACAAG         GTGTATTATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 136230 CAAGTTCTTTCCTCTTATTGAAGTGAACAAGGTA...CAGGTGTATTATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TCTCGAAAGGCACCCTGAAGATTGCTAACAAGCAGTTCACAGCTGTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136424 TCTCGAAAGGCACCCTGAAGATTGCTAACAAGCAGTTCACAGCTGTTAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AATGACTACGAGATGACCTTCAATAACGAGACTTCCGTCATGCCCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136474 AATGACTACGAGATGACCTTCAATAACGAGACTTCCGTCATGCCCTGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GGACGACCATCATTTACCTACGGTTCAGTTTGATTTCACGGGGATTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136524 GGACGACCATCATTTACCTACGGTTCAGTTTGATTTCACGGGGATTGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ACCTCGAGAACAAGTCGAAAGACTCACTTGTAG         ACATCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 136574 ACCTCGAGAACAAGTCGAAAGACTCACTTGTAGGTA...TAGACATCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GGGATCTGCAAGAGCTATGAAGACGCCACTAAAATCACAGTGAGGTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136767 GGGATCTGCAAGAGCTATGAAGACGCCACTAAAATCACAGTGAGGTCTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CAACAGAGAAGTTGCCAAGAGGAATATCTACTTGATGGACGCATCCGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 136817 CAACAGAGAAGTTGCCAAGAGGAATATCTACTTGATGGACACATCCGGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AGGTGGTGACTGCTACACTGTGGGGGGAAGAT         GCTGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 136867 AGGTGGTGACTGCTACACTGTGGGGGGAAGATGTA...CAGGCTGATAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TTTGATGGTTCTAGACAGCCCGTGTTGGCTATCAAAGGAGCCCGAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137751 TTTGATGGTTCTAGACAGCCCGTGTTGGCTATCAAAGGAGCCCGAGTCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TGATTTCGGTGGACGGAGCCTCTCCGTGCTGTCTTCAAGCACTATCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137801 TGATTTCGGTGGACGGAGCCTCTCCGTGCTGTCTTCAAGCACTATCATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CGAATCCTGACATCCCAGAGGCCTATAAGCTTCGTGGATG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 137851 CGAATCCTGACATCCCAGAGGCCTATAAGCTTCGTGGATGGTA...CAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 TTTGACGCAGAAGGACAAGCCTTAGATGGTGTTTCCATCTCTGATCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141012 TTTGACGCAGAAGGACAAGCCTTAGATGGTGTTTCCATCTCTGATCTAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GAGCGGCGGAGTCGGAGGGAGTAACACCAACTGGAAAACCTTGTATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141062 GAGCGGCGGAGTCGGAGGGAGTAACACCAACTGGAAAACCTTGTATGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TCAAATCCGAGAACCTGGGCCAAGGCGACAAG         CCGGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 141112 TCAAATCCGAGAACCTGGGCCAAGGCGACAAGGTA...AAGCCGGACTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 TTTAGTTCTGTGGCCACAGTGGTGTATCTTCGCAAAGAGAACTGCATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145883 TTTAGTTCTGTGGCCACAGTGGTGTATCTTCGCAAAGAGAACTGCATGTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CCAAGCCTGCCCGACTCAGGACTGCAATAAGAAAGTGATTGATCAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145933 CCAAGCCTGCCCGACTCAGGACTGCAATAAGAAAGTGATTGATCAACAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 ATGGATTGTACCGCTGTGAGAAGTGCGACACCGAATTTCCCAATTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145983 ATGGATTGTACCGCTGTGAGAAGTGCGACACCGAATTTCCCAATTTCAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TACCGCATGATCCTGTCA         GTAAATATTGCAGATTTTCAAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 146033 TACCGCATGATCCTGTCAGTA...TAGGTAAATATTGCAGATTTTCAAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GAATCAGTGGGTGACTTGTTTCCAGGAGTCTGCTGAAGCTATCCTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149055 GAATCAGTGGGTGACTTGTTTCCAGGAGTCTGCTGAAGCTATCCTTGGAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 AAAATGCTGCTTATCTTGGGGAATTAAAAGACAAG         AATGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 149105 AAAATGCTGCTTATCTTGGGGAATTAAAAGACAAGGTC...CAGAATGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 CAGGCATTTGAAGAAGTTTTCCAGAATGCCAACTTCCGATCTTTCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152214 CAGGCATTTGAAGAAGTTTTCCAGAATGCCAACTTCCGATCTTTCATATT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CAGAGTCAGGGTCAAAGTGGAGACCTACAAC         GACGAGTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 152264 CAGAGTCAGGGTCAAAGTGGAGACCTACAACGTA...AAGGACGAGTCTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 GAATTAAGGCCACTGTGATGGACGTGAAGCCCGTGGACTACAGAGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154280 GAATTAAGGCCACTGTGATGGACGTGAAGCCCGTGGACTACAGAGAGTAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GGCCGAAGGCTGGTCATGAGCATCAGGAGAAGTGCATTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154330 GGCCGAAGGCTGGTCATGAGCATCAGGAGAAGTGCATTGATG