seq1 = pF1KB5057.tfa, 1599 bp
seq2 = pF1KB5057/gi568815597f_119612023.tfa (gi568815597f:119612023_119844037), 232015 bp

>pF1KB5057 1599
>gi568815597f:119612023_119844037 (Chr1)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-290  (109148-109299)   100% ->
291-356  (111354-111419)   100% ->
357-411  (114829-114883)   100% ->
412-510  (114982-115080)   100% ->
511-643  (122612-122744)   100% ->
644-792  (123273-123421)   100% ->
793-945  (125092-125244)   100% ->
946-1078  (128364-128496)   100% ->
1079-1209  (129745-129875)   100% ->
1210-1447  (130785-131022)   99% ->
1448-1599  (131864-132015)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTTTGCAAATCTGCGGAAAGTGCTCATCAGTGACAGCCTGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTTTGCAAATCTGCGGAAAGTGCTCATCAGTGACAGCCTGGACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTGCTGCCGGAAGATCTTGCAAGATGGAGGGCTGCAGGTGGTGGAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTGCTGCCGGAAGATCTTGCAAGATGGAGGGCTGCAGGTGGTGGAAAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAACCTTAGCAAAGAGGAGCTGATAGCGGAGCTGCAG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 AGAACCTTAGCAAAGAGGAGCTGATAGCGGAGCTGCAGGTA...CAGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGTGAAGGCCTTATTGTTCGCTCTGCCACCAAGGTGACCGCTGATGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109151 TGTGAAGGCCTTATTGTTCGCTCTGCCACCAAGGTGACCGCTGATGTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAACGCAGCTGAGAAACTCCAGGTGGTGGGCAGGGCTGGCACAGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109201 CAACGCAGCTGAGAAACTCCAGGTGGTGGGCAGGGCTGGCACAGGTGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAATGTGGATCTGGAGGCCGCAACAAGGAAGGGCATCTTGGTTATGAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 109251 ACAATGTGGATCTGGAGGCCGCAACAAGGAAGGGCATCTTGGTTATGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291         CACCCCCAATGGGAACAGCCTCAGTGCCGCAGAACTCACTTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109301 TA...TAGCACCCCCAATGGGAACAGCCTCAGTGCCGCAGAACTCACTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGAATGATCATGTGCCTGGCCAG         GCAGATTCCCCAGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 111396 TGGAATGATCATGTGCCTGGCCAGGTA...CAGGCAGATTCCCCAGGCGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGGCTTCGATGAAGGACGGCAAATGGGAGCGGAAGAAG         TTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 114846 CGGCTTCGATGAAGGACGGCAAATGGGAGCGGAAGAAGGTG...CAGTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATGGGAACAGAGCTGAATGGAAAGACCCTGGGAATTCTTGGCCTGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114985 ATGGGAACAGAGCTGAATGGAAAGACCCTGGGAATTCTTGGCCTGGGCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GATTGGGAGAGAGGTAGCTACCCGGATGCAGTCCTTTGGGATGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 115035 GATTGGGAGAGAGGTAGCTACCCGGATGCAGTCCTTTGGGATGAAGGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    511      ACTATAGGGTATGACCCCATCATTTCCCCAGAGGTCTCGGCCTCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115085 ..CAGACTATAGGGTATGACCCCATCATTTCCCCAGAGGTCTCGGCCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTTGGTGTTCAGCAGCTGCCCCTGGAGGAGATCTGGCCTCTCTGTGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122657 TTTGGTGTTCAGCAGCTGCCCCTGGAGGAGATCTGGCCTCTCTGTGATTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATCACTGTGCACACTCCTCTCCTGCCCTCCACGACAG         GCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 122707 CATCACTGTGCACACTCCTCTCCTGCCCTCCACGACAGGTA...CAGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGCTGAATGACAACACCTTTGCCCAGTGCAAGAAGGGGGTGCGTGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123276 TGCTGAATGACAACACCTTTGCCCAGTGCAAGAAGGGGGTGCGTGTGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AACTGTGCCCGTGGAGGGATCGTGGACGAAGGCGCCCTGCTCCGGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123326 AACTGTGCCCGTGGAGGGATCGTGGACGAAGGCGCCCTGCTCCGGGCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCAGTCTGGCCAGTGTGCCGGGGCTGCACTGGACGTGTTTACGGAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 123376 GCAGTCTGGCCAGTGTGCCGGGGCTGCACTGGACGTGTTTACGGAAGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    793      GAGCCGCCACGGGACCGGGCCTTGGTGGACCATGAGAATGTCATC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123426 ..CAGGAGCCGCCACGGGACCGGGCCTTGGTGGACCATGAGAATGTCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGCTGTCCCCACCTGGGTGCCAGCACCAAGGAGGCTCAGAGCCGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125137 AGCTGTCCCCACCTGGGTGCCAGCACCAAGGAGGCTCAGAGCCGCTGTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGAGGAAATTGCTGTTCAGTTCGTGGACATGGTGAAGGGGAAATCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125187 GGAGGAAATTGCTGTTCAGTTCGTGGACATGGTGAAGGGGAAATCTCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CGGGGGTT         GTGAATGCCCAGGCCCTTACCAGTGCCTTCTCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 125237 CGGGGGTTGTA...CAGGTGAATGCCCAGGCCCTTACCAGTGCCTTCTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCACACACCAAGCCTTGGATTGGTCTGGCAGAAGCTCTGGGGACACTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128397 CCACACACCAAGCCTTGGATTGGTCTGGCAGAAGCTCTGGGGACACTGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCGAGCCTGGGCTGGGTCCCCCAAAGGGACCATCCAGGTGATAACACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128447 GCGAGCCTGGGCTGGGTCCCCCAAAGGGACCATCCAGGTGATAACACAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079          GAACATCCCTGAAGAATGCTGGGAACTGCCTAAGCCCCGCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128497 GTG...CAGGAACATCCCTGAAGAATGCTGGGAACTGCCTAAGCCCCGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTCATTGTCGGCCTCCTGAAAGAGGCTTCCAAGCAGGCGGATGTGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129786 GTCATTGTCGGCCTCCTGAAAGAGGCTTCCAAGCAGGCGGATGTGAACTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGTGAACGCTAAGCTGCTGGTGAAAGAGGCTGGCCTCAAT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 129836 GGTGAACGCTAAGCTGCTGGTGAAAGAGGCTGGCCTCAATGTG...CAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCACCACCTCCCACAGCCCTGCTGCACCAGGGGAGCAAGGCTTCGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130786 TCACCACCTCCCACAGCCCTGCTGCACCAGGGGAGCAAGGCTTCGGGGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TGCCTCCTGGCCGTGGCCCTGGCAGGCGCCCCTTACCAGGCTGTGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130836 TGCCTCCTGGCCGTGGCCCTGGCAGGCGCCCCTTACCAGGCTGTGGGCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGTCCAAGGCACTACACCTGTACTGCAGGGGCTCAATGGAGCTGTCTTCA
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130886 GGTCCAAGGCACTACGCCTGTACTGCAGGGGCTCAATGGAGCTGTCTTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GGCCAGAAGTGCCTCTCCGCAGGGACCTGCCCCTGCTCCTATTCCGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130936 GGCCAGAAGTGCCTCTCCGCAGGGACCTGCCCCTGCTCCTATTCCGGACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CAGACCTCTGACCCTGCAATGCTGCCTACCATGATTG         GCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 130986 CAGACCTCTGACCCTGCAATGCTGCCTACCATGATTGGTG...CAGGCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CCTGGCAGAGGCAGGCGTGCGGCTGCTGTCCTACCAGACTTCACTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131868 CCTGGCAGAGGCAGGCGTGCGGCTGCTGTCCTACCAGACTTCACTGGTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CAGATGGGGAGACCTGGCACGTCATGGGCATCTCCTCCTTGCTGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131918 CAGATGGGGAGACCTGGCACGTCATGGGCATCTCCTCCTTGCTGCCCAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1552 CTGGAAGCGTGGAAGCAGCATGTGACTGAAGCCTTCCAGTTCCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131968 CTGGAAGCGTGGAAGCAGCATGTGACTGAAGCCTTCCAGTTCCACTTC