seq1 = pF1KB5026.tfa, 1344 bp
seq2 = pF1KB5026/gi568815583f_67443336.tfa (gi568815583f:67443336_67906747), 463412 bp

>pF1KB5026 1344
>gi568815583f:67443336_67906747 (Chr15)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-184  (106699-106747)   100% ->
185-252  (119948-120015)   100% ->
253-322  (137419-137488)   100% ->
323-363  (142555-142595)   100% ->
364-431  (143511-143578)   100% ->
432-480  (149591-149639)   100% ->
481-545  (157350-157414)   100% ->
546-585  (187553-187592)   100% ->
586-654  (202896-202964)   100% ->
655-736  (203053-203134)   100% ->
737-798  (215218-215279)   100% ->
799-847  (221262-221310)   100% ->
848-921  (249144-249217)   100% ->
922-972  (250183-250233)   100% ->
973-1044  (260002-260073)   100% ->
1045-1074  (284581-284610)   100% ->
1075-1101  (304896-304922)   100% ->
1102-1134  (305234-305266)   100% ->
1135-1196  (326267-326328)   100% ->
1197-1242  (329372-329417)   100% ->
1243-1344  (363311-363412)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTGGCTAGCCCTTGGCCCCTTTCCTGCCATGGAGAACCAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTGGCTAGCCCTTGGCCCCTTTCCTGCCATGGAGAACCAGGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTAATTCGCATCAAGATCCCAAATAGTGGCGCGGTGGACTGGACAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTAATTCGCATCAAGATCCCAAATAGTGGCGCGGTGGACTGGACAGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTCCGGGCCGCAGTTACTCTTCAGGGATGTGCTG         GATGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 ACTCCGGGCCGCAGTTACTCTTCAGGGATGTGCTGGTG...TAGGATGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATAGGCCAGGTTCTGCCTGAAGCAACAACTACAGCATTTGAAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 106705 ATAGGCCAGGTTCTGCCTGAAGCAACAACTACAGCATTTGAATGTA...C

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    185   ATGAAGATGAAGATGGTGATCGAATTACAGTGAGAAGTGATGAGGAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119946 AGATGAAGATGAAGATGGTGATCGAATTACAGTGAGAAGTGATGAGGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGAAGGCAATGCTGTCATAT         TATTATTCCACAGTAATGGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 119996 TGAAGGCAATGCTGTCATATGTA...CAGTATTATTCCACAGTAATGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAGCAAGTAAATGGACAGTTAATAGAGCCTCTGCAGATATTTCCAAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 137440 CAGCAAGTAAATGGACAGTTAATAGAGCCTCTGCAGATATTTCCAAGAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    323         CCTGCAAGCCTCCTGGGGAACGGAACATACATGGCCTGAAG 
        >>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 137490 TA...CAGCCTGCAAGCCTCCTGGGGAACGGAACATACATGGCCTGAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    364         GTGAATACTCGGGCCGGACCCTCTCAACACAGCAGCCCAGCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142597 TA...TAGGTGAATACTCGGGCCGGACCCTCTCAACACAGCAGCCCAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GTCTCAGATTCACTTCCAAGCAATAG         CTTAAAGAAGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 143553 GTCTCAGATTCACTTCCAAGCAATAGGTG...CAGCTTAAAGAAGTCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TGCTGAACTGAAAAAAATACTAGCCAATGGCCAG         ATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 149606 TGCTGAACTGAAAAAAATACTAGCCAATGGCCAGGTA...GAGATGAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 AACAAGACATACGATATCGGGACACTCTTGGTCATGGCAACGGAGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157357 AACAAGACATACGATATCGGGACACTCTTGGTCATGGCAACGGAGGCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 GTCTACAA         AGCATATCATGTCCCGAGTGGGAAAATATTAGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 157407 GTCTACAAGTG...TAGAGCATATCATGTCCCGAGTGGGAAAATATTAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 TGTAAAG         GTCATACTACTAGATATTACACTGGAACTTCAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187586 TGTAAAGGTA...TAGGTCATACTACTAGATATTACACTGGAACTTCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 AGCAAATTATGTCTGAATTGGAAATTCTTTATAAG         TGCGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 202930 AGCAAATTATGTCTGAATTGGAAATTCTTTATAAGGTA...CAGTGCGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661 TCATCATATATCATTGGATTTTATGGAGCATTTTTTGTAGAAAACAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203059 TCATCATATATCATTGGATTTTATGGAGCATTTTTTGTAGAAAACAGGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 TTCAATATGTACAGAATTCATGGATG         GGGGATCTTTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 203109 TTCAATATGTACAGAATTCATGGATGGTG...CAGGGGGATCTTTGGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    752 TATATAGGAAAATGCCAGAACATGTCCTTGGAAGAATTGCAGTAGCA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 215233 TATATAGGAAAATGCCAGAACATGTCCTTGGAAGAATTGCAGTAGCAGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    799       GTTGTTAAAGGCCTTACTTATTTGTGGAGTTTAAAGATTTTACA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215283 ...TAGGTTGTTAAAGGCCTTACTTATTTGTGGAGTTTAAAGATTTTACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    843 TAGAG         ACGTGAAGCCCTCCAATATGCTAGTAAACACAAGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221306 TAGAGGTA...TAGACGTGAAGCCCTCCAATATGCTAGTAAACACAAGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    884 GACAGGTTAAGCTGTGTGATTTTGGAGTTAGCACTCAG         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 249180 GACAGGTTAAGCTGTGTGATTTTGGAGTTAGCACTCAGGTA...TAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    925 GTGAATTCTATAGCCAAGACGTATGTTGGAACAAATGCTTATATGGCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 250186 GTGAATTCTATAGCCAAGACGTATGTTGGAACAAATGCTTATATGGCGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    973        CCTGAAAGGATTTCAGGGGAGCAGTATGGAATTCATTCTGATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250236 A...CAGCCTGAAAGGATTTCAGGGGAGCAGTATGGAATTCATTCTGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1016 TCTGGAGCTTAGGAATCTCTTTTATGGAG         CTTGCTCTTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 260045 TCTGGAGCTTAGGAATCTCTTTTATGGAGGTA...CAGCTTGCTCTTGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1057 AGGTTTCCATATCCTCAG         ATTCAGAAAAACCAGGGATCTTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 284593 AGGTTTCCATATCCTCAGGTA...CAGATTCAGAAAAACCAGGGATCTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1098 AATG         CCTCTCCAGCTTCTGCAGTGCATTGTTGATGAG    
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 304919 AATGGTA...CAGCCTCTCCAGCTTCTGCAGTGCATTGTTGATGAGGTG.

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1135      GATTCGCCCGTCCTTCCAGTTGGAGAGTTCTCGGAGCCATTTGTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 305271 ..CAGGATTCGCCCGTCCTTCCAGTTGGAGAGTTCTCGGAGCCATTTGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1180 CATTTCATCACTCAGTG         TATGCGAAAACAGCCAAAAGAAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 326312 CATTTCATCACTCAGTGGTG...TAGTATGCGAAAACAGCCAAAAGAAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1221 GCCAGCACCTGAAGAATTGATG         GGCCACCCGTTCATCGTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 329396 GCCAGCACCTGAAGAATTGATGGTA...CAGGGCCACCCGTTCATCGTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1262 AGTTCAATGATGGAAATGCCGCCGTGGTGTCCATGTGGGTGTGCCGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363330 AGTTCAATGATGGAAATGCCGCCGTGGTGTCCATGTGGGTGTGCCGGGCG

   1500     .    :    .    :    .    :
   1312 CTGGAGGAGAGGCGGAGCCAGCAGGGGCCCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 363380 CTGGAGGAGAGGCGGAGCCAGCAGGGGCCCCCG