seq1 = pF1KB5025.tfa, 717 bp
seq2 = pF1KB5025/gi568815596f_232533705.tfa (gi568815596f:232533705_232781716), 248012 bp

>pF1KB5025 717
>gi568815596f:232533705_232781716 (Chr2)

1-302  (100001-100302)   100% ->
303-450  (129098-129245)   100% ->
451-585  (138605-138739)   100% ->
586-717  (147881-148012)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGTGAGGAGCTGGCGTGCAAGCTGGAGCGCCGGCTGCGGCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAGTGAGGAGCTGGCGTGCAAGCTGGAGCGCCGGCTGCGGCGCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGGCCGAGGAGAGTGGCCCCCAGCTGGCTCCCCTCGGCGCCCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGGCCGAGGAGAGTGGCCCCCAGCTGGCTCCCCTCGGCGCCCCAGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGAGCCCAAGCCCGAGCCCGAGCCTCCCGCCCGTGCGCCCACGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGAGCCCAAGCCCGAGCCCGAGCCTCCCGCCCGTGCGCCCACGGCCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCGACGCGGAGCTGAGCGCCCAGCTGAGCCGGCGGCTGGACATCAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCGACGCGGAGCTGAGCGCCCAGCTGAGCCGGCGGCTGGACATCAACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCGCTGCGCGGCCCCGGCGCTGCAGGGTCTTCAACCCCTACACGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGCGCTGCGCGGCCCCGGCGCTGCAGGGTCTTCAACCCCTACACGGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCCGGAGTTCAGCCGCCGCCTCATCAAGGACCTGGAGAGCATGTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCCGGAGTTCAGCCGCCGCCTCATCAAGGACCTGGAGAGCATGTTCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CT         GTATGACGCTGGGCGGGATGGCTTCATCGACCTGATGGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGTG...CAGGTATGACGCTGGGCGGGATGGCTTCATCGACCTGATGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCTGAAGCTGATGATGGAGAAGCTGGGGGCCCCCCAGACCCACCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129137 GCTGAAGCTGATGATGGAGAAGCTGGGGGCCCCCCAGACCCACCTGGGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGAAGAGCATGATCAAGGAGGTGGATGAGGACTTCGATGGCAAGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129187 TGAAGAGCATGATCAAGGAGGTGGATGAGGACTTCGATGGCAAGCTCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTCCGGGAG         TTCCTGCTCATTTTCCACAAGGCCGCGGCAGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 129237 TTCCGGGAGGTA...TAGTTCCTGCTCATTTTCCACAAGGCCGCGGCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGAGCTGCAGGAGGACAGTGGGCTGATGGCGCTGGCAAAGCTTTCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138637 GGAGCTGCAGGAGGACAGTGGGCTGATGGCGCTGGCAAAGCTTTCTGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCGATGTGGCCCTGGAGGGTGTCAAAGGTGCCAAGAACTTCTTTGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138687 TCGATGTGGCCCTGGAGGGTGTCAAAGGTGCCAAGAACTTCTTTGAAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAG         GTCCAAGCCTTGTCATCGGCCAGTAAGTTTGAAGCAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138737 AAGGTA...CAGGTCCAAGCCTTGTCATCGGCCAGTAAGTTTGAAGCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTTGAAAGCTGAGCAAGATGAGCGGAAGCGGGAGGAGGAGGAGAGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147919 GTTGAAAGCTGAGCAAGATGAGCGGAAGCGGGAGGAGGAGGAGAGGCGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCCGCCAGGCAGCCTTCCAGAAACTCAAGGCCAACTTCAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147969 TCCGCCAGGCAGCCTTCCAGAAACTCAAGGCCAACTTCAATACA