seq1 = pF1KB5024.tfa, 1284 bp
seq2 = pF1KB5024/gi568815581r_28780564.tfa (gi568815581r:28780564_28997574), 217011 bp

>pF1KB5024 1284
>gi568815581r:28780564_28997574 (Chr17)

(complement)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-131  (108549-108630)   100% ->
132-222  (113260-113350)   100% ->
223-346  (114344-114467)   100% ->
347-465  (114884-115002)   100% ->
466-579  (115125-115238)   100% ->
580-699  (115338-115457)   100% ->
700-914  (115547-115761)   100% ->
915-1098  (116200-116383)   100% ->
1099-1248  (116713-116862)   100% ->
1249-1284  (116976-117011)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAATTGCCACACGGTGGGGCCCAACGAGGCGCTGGTGGTTTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGGGCAATTGCCACACGGTGGGGCCCAACGAGGCGCTGGTGGTTTCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         GGGGCTGTTGTGGTTCCGACTATAAACAGTACGTGTTTGGCG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TG...CAGGGGGCTGTTGTGGTTCCGACTATAAACAGTACGTGTTTGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCTGGGCCTGGGCCTGGTGGTGTATCTCCGACACTCAGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 108591 GCTGGGCCTGGGCCTGGTGGTGTATCTCCGACACTCAGAGGTA...CAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATTTCCCTAGAGATTATGACGTTGCAGCCCCGCTGCGAGGACGTAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113261 ATTTCCCTAGAGATTATGACGTTGCAGCCCCGCTGCGAGGACGTAGAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCCGAGGGGGTAGCTTTAACTGTGACGGGTGTCGCCCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 113311 GGCCGAGGGGGTAGCTTTAACTGTGACGGGTGTCGCCCAGGTA...CAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGAAGATCATGACGGAGAAGGAACTCCTGGCCGTGGCTTGTGAGCAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114345 TGAAGATCATGACGGAGAAGGAACTCCTGGCCGTGGCTTGTGAGCAGTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGGGTAAGAATGTGCAGGACATCAAAAACGTCGTCCTGCAGACCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114395 CTGGGTAAGAATGTGCAGGACATCAAAAACGTCGTCCTGCAGACCCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGGACATCTGCGCTCCATCCTCG         GGACCCTGACAGTGGAGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114445 GGGACATCTGCGCTCCATCCTCGGTG...CAGGGACCCTGACAGTGGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGATTTATCAGGACCGGGACCAGTTTGCCAAGCTGGTGCGGGAGGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114902 AGATTTATCAGGACCGGGACCAGTTTGCCAAGCTGGTGCGGGAGGTGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCCCTGATGTTGGCCGCATGGGCATTGAGATCCTCAGCTTCACCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114952 GCCCCTGATGTTGGCCGCATGGGCATTGAGATCCTCAGCTTCACCATCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 G         GACGTGTATGACAAAGTGGACTATCTGAGCTCCCTGGGCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115002 GGTA...CAGGACGTGTATGACAAAGTGGACTATCTGAGCTCCCTGGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGACGCAGACTGCCGTGGTGCAGAGAGATGCTGACATTGGCGTGGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115165 AGACGCAGACTGCCGTGGTGCAGAGAGATGCTGACATTGGCGTGGCCGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCTGAACGGGACGCAGGCATCCGG         GAAGCTGAGTGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 115215 GCTGAACGGGACGCAGGCATCCGGGTA...CAGGAAGCTGAGTGCAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGAGATGCTGGATGTGAAGTTCATGGCAGACACCAAGATTGCTGACTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115355 GGAGATGCTGGATGTGAAGTTCATGGCAGACACCAAGATTGCTGACTCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGCGAGCCTTCGAGCTGCAAAAGTCAGCCTTCAGTGAGGAGGTTAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115405 AGCGAGCCTTCGAGCTGCAAAAGTCAGCCTTCAGTGAGGAGGTTAACATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAG         ACAGCTGAGGCCCAGTTGGCCTATGAGCTGCAGGGGGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115455 AAGGTG...CAGACAGCTGAGGCCCAGTTGGCCTATGAGCTGCAGGGGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCGTGAACAGCAGAAGATCCGGCAGGAAGAGATTGAGATTGAGGTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115585 CCGTGAACAGCAGAAGATCCGGCAGGAAGAGATTGAGATTGAGGTTGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGCGCAAGAAACAGATTGCCGTGGAGGCACAGGAGATCCTGCGTACGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115635 AGCGCAAGAAACAGATTGCCGTGGAGGCACAGGAGATCCTGCGTACGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGGAGCTCATCGCTACAGTGCGCCGGCCTGCCGAGGCCGAGGCCCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115685 AAGGAGCTCATCGCTACAGTGCGCCGGCCTGCCGAGGCCGAGGCCCACCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATCCAGCAGATTGCCGAGGGTGAAAA         GGTGAAGCAGGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 115735 CATCCAGCAGATTGCCGAGGGTGAAAAGTG...CAGGGTGAAGCAGGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCTTGGCACAGGCAGAGGCTGAGAAGATCCGCAAAATCGGGGAGGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116214 TCTTGGCACAGGCAGAGGCTGAGAAGATCCGCAAAATCGGGGAGGCGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCGGCAGTCATCGAGGCGATGGGCAAGGCAGAGGCTGAGCGGATGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116264 GCGGCAGTCATCGAGGCGATGGGCAAGGCAGAGGCTGAGCGGATGAAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAAGGCAGAAGCCTACCAGAAATACGGGGATGCAGCCAAGATGGCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116314 CAAGGCAGAAGCCTACCAGAAATACGGGGATGCAGCCAAGATGGCCTTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGCTAGAGGCCCTGCCCCAG         ATTGCTGCCAAAATCGCTGCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 116364 TGCTAGAGGCCCTGCCCCAGGTG...TAGATTGCTGCCAAAATCGCTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CCACTTACCAAGGTCGATGAGATTGTGGTCCTCAGTGGAGACAACAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116734 CCACTTACCAAGGTCGATGAGATTGTGGTCCTCAGTGGAGACAACAGTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGTCACATCAGAAGTGAACCGACTGCTGGCCGAGCTGCCTGCCTCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116784 GGTCACATCAGAAGTGAACCGACTGCTGGCCGAGCTGCCTGCCTCTGTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ATGCCCTCACAGGCGTGGACCTGTCTAAG         ATACCCCTGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 116834 ATGCCCTCACAGGCGTGGACCTGTCTAAGGTA...CAGATACCCCTGATC

   1350     .    :    .    :
   1261 AAGAAGGCCACTGGTGTGCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||
 116988 AAGAAGGCCACTGGTGTGCAGGTG