seq1 = pF1KB5020.tfa, 1665 bp
seq2 = pF1KB5020/gi568815590f_27391209.tfa (gi568815590f:27391209_27644519), 253311 bp

>pF1KB5020 1665
>gi568815590f:27391209_27644519 (Chr8)

1-101  (100001-100101)   100% ->
102-186  (109718-109802)   100% ->
187-346  (112396-112555)   100% ->
347-537  (113748-113938)   100% ->
538-660  (115664-115786)   100% ->
661-735  (120628-120702)   100% ->
736-831  (124510-124605)   100% ->
832-910  (125112-125190)   100% ->
911-945  (126830-126864)   100% ->
946-972  (129675-129701)   100% ->
973-1058  (131215-131300)   100% ->
1059-1170  (134154-134265)   100% ->
1171-1242  (145576-145647)   100% ->
1243-1276  (147451-147484)   100% ->
1277-1379  (149346-149448)   100% ->
1380-1449  (150265-150334)   100% ->
1450-1530  (152541-152621)   100% ->
1531-1589  (152978-153036)   100% ->
1590-1665  (153236-153311)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGCTGCGCGCGGCCGTCTTCGACCTTGACGGGGTGCTGGCGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGCTGCGCGCGGCCGTCTTCGACCTTGACGGGGTGCTGGCGCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCGGTGTTCGGCGTCCTCGGCCGCACGGAGGAGGCCCTGGCGCTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCGGTGTTCGGCGTCCTCGGCCGCACGGAGGAGGCCCTGGCGCTGCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 G         AGGACTTCTGAATGATGCTTTCCAGAAAGGGGGACCAGAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTA...CAGAGGACTTCTGAATGATGCTTTCCAGAAAGGGGGACCAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTGCCACTACCCGGCTTATGAAAGGAGAGATCACACTTTCCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 109758 GGTGCCACTACCCGGCTTATGAAAGGAGAGATCACACTTTCCCAGGTG..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     TGGATACCACTCATGGAAGAAAACTGCAGGAAGTGCTCCGAGACCG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109808 .CAGTGGATACCACTCATGGAAGAAAACTGCAGGAAGTGCTCCGAGACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTAAAGTCTGCCTCCCCAAGAATTTCTCCATAAAAGAAATCTTTGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112442 CTAAAGTCTGCCTCCCCAAGAATTTCTCCATAAAAGAAATCTTTGACAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCGATTTCAGCCAGAAAGATCAACCGCCCCATGCTCCAGGCAGCTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112492 GCGATTTCAGCCAGAAAGATCAACCGCCCCATGCTCCAGGCAGCTCTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTCAGGAAGAAAG         GATTCACTACTGCCATCCTCACCAACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112542 GCTCAGGAAGAAAGGTA...CAGGATTCACTACTGCCATCCTCACCAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTGGCTGGACGACCGTGCTGAGAGAGATGGCCTGGCCCAGCTGATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113775 CCTGGCTGGACGACCGTGCTGAGAGAGATGGCCTGGCCCAGCTGATGTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGCTGAAGATGCACTTTGACTTCCTGATAGAGTCGTGTCAGGTGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113825 GAGCTGAAGATGCACTTTGACTTCCTGATAGAGTCGTGTCAGGTGGGAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGTCAAACCTGAACCTCAGATCTACAAGTTTCTGCTGGACACCCTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113875 GGTCAAACCTGAACCTCAGATCTACAAGTTTCTGCTGGACACCCTGAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCAGCCCCAGTGAG         GTCGTTTTTTTGGATGACATCGGGGCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 113925 CCAGCCCCAGTGAGGTA...CAGGTCGTTTTTTTGGATGACATCGGGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATCTGAAGCCAGCCCGTGACTTGGGAATGGTCACCATCCTGGTCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115691 AATCTGAAGCCAGCCCGTGACTTGGGAATGGTCACCATCCTGGTCCAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACTGACACGGCCCTGAAAGAACTGGAGAAAGTGACCGGAATCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 115741 CACTGACACGGCCCTGAAAGAACTGGAGAAAGTGACCGGAATCCAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661      CTTCTCAATACCCCGGCCCCTCTGCCGACCTCTTGCAATCCAAGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115791 ..CAGCTTCTCAATACCCCGGCCCCTCTGCCGACCTCTTGCAATCCAAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GACATGAGCCATGGGTACGTGACAGTAAAG         CCCAGGGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 120673 GACATGAGCCATGGGTACGTGACAGTAAAGGTG...CAGCCCAGGGTCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCTGCATTTTGTGGAGCTGGGCTCCGGCCCTGCTGTGTGCCTCTGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124521 TCTGCATTTTGTGGAGCTGGGCTCCGGCCCTGCTGTGTGCCTCTGCCATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GATTTCCCGAGAGTTGGTATTCTTGGAGGTACCAG         ATCCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 124571 GATTTCCCGAGAGTTGGTATTCTTGGAGGTACCAGGTG...TAGATCCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCTCTGGCCCAGGCAGGTTACCGGGTCCTAGCTATGGACATGAAAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125118 GCTCTGGCCCAGGCAGGTTACCGGGTCCTAGCTATGGACATGAAAGGCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGGAGAGTCATCTGCTCCTCCCG         AAATAGAAGAATATTGCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 125168 TGGAGAGTCATCTGCTCCTCCCGGTG...CAGAAATAGAAGAATATTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGGAAGTGTTATGTAAG         GAGATGGTAACCTTCCTGGATAAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 126848 TGGAAGTGTTATGTAAGGTA...TAGGAGATGGTAACCTTCCTGGATAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTG         GGCCTCTCTCAAGCAGTGTTCATTGGCCATGACTGGGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129699 CTGGTA...TAGGGCCTCTCTCAAGCAGTGTTCATTGGCCATGACTGGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TGGCATGCTGGTGTGGTACATGGCTCTCTTCTACCCCGAGAGAGTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 131253 TGGCATGCTGGTGTGGTACATGGCTCTCTTCTACCCCGAGAGAGTGAGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1059        GGCGGTGGCCAGTTTGAATACTCCCTTCATACCAGCAAATCCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131303 A...TAGGGCGGTGGCCAGTTTGAATACTCCCTTCATACCAGCAAATCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AACATGTCCCCTTTGGAGAGTATCAAAGCCAACCCAGTATTTGATTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134197 AACATGTCCCCTTTGGAGAGTATCAAAGCCAACCCAGTATTTGATTACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GCTCTACTTCCAAGAACCA         GGAGTGGCTGAGGCTGAACTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 134247 GCTCTACTTCCAAGAACCAGTA...TAGGGAGTGGCTGAGGCTGAACTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AACAGAACCTGAGTCGGACTTTCAAAAGCCTCTTCAGAGCAAGCGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145598 AACAGAACCTGAGTCGGACTTTCAAAAGCCTCTTCAGAGCAAGCGATGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243          AGTGTTTTATCCATGCATAAAGTCTGTGAAGCGG       
        >>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 145648 GTG...CAGAGTGTTTTATCCATGCATAAAGTCTGTGAAGCGGGTA...C

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1277   GAGGACTTTTTGTAAATAGCCCAGAAGAGCCCAGCCTCAGCAGGATGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149344 AGGAGGACTTTTTGTAAATAGCCCAGAAGAGCCCAGCCTCAGCAGGATGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TCACTGAGGAGGAAATCCAGTTCTATGTGCAGCAGTTCAAGAAGTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149394 TCACTGAGGAGGAAATCCAGTTCTATGTGCAGCAGTTCAAGAAGTCTGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 TTCAG         AGGTCCTCTAAACTGGTACCGAAACATGGAAAGGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149444 TTCAGGTA...CAGAGGTCCTCTAAACTGGTACCGAAACATGGAAAGGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CTGGAAGTGGGCTTGCAAAAGCTTGGGACGGAAG         ATCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 150301 CTGGAAGTGGGCTTGCAAAAGCTTGGGACGGAAGGTG...CAGATCCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 TTCCGGCCCTGATGGTCACGGCGGAGAAGGACTTCGTGCTCGTTCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152548 TTCCGGCCCTGATGGTCACGGCGGAGAAGGACTTCGTGCTCGTTCCTCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 ATGTCCCAGCACATGGAGGACTGG         ATTCCCCACCTGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 152598 ATGTCCCAGCACATGGAGGACTGGGTG...CAGATTCCCCACCTGAAAAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 GGGACACATTGAGGACTGTGGGCACTGGACACAGATGGACAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 152995 GGGACACATTGAGGACTGTGGGCACTGGACACAGATGGACAAGTA...CA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1590  GCCAACCGAGGTGAATCAGATCCTCATTAAGTGGCTGGATTCTGATGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153235 GGCCAACCGAGGTGAATCAGATCCTCATTAAGTGGCTGGATTCTGATGCC

   1800     .    :    .    :    .
   1639 CGGAACCCACCGGTGGTCTCAAAGATG
        |||||||||||||||||||||||||||
 153285 CGGAACCCACCGGTGGTCTCAAAGATG