seq1 = pF1KB5019.tfa, 1515 bp
seq2 = pF1KB5019/gi568815597f_147078118.tfa (gi568815597f:147078118_147279583), 201466 bp

>pF1KB5019 1515
>gi568815597f:147078118_147279583 (Chr1)

1-1515  (99997-101507)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCCTCCGCCGCCTAGCGCTGTTCCCGGGTGTGGCGCTGCTTCTTGC
        ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||
  99997 ATGTGCCTCCGCCGCCCAGCGCTGTTCCCGGGCGTGGCGCTGCTTCTCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGGCCCGCCTCGCCGCTGCCTCCGACGTGCTAGAACTCACGGACGACA
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
 100047 CGCGGCCCGCCTCGCGGCTGCCTCCGACGTGCTAGGACTCAGGGACGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTTCGAGAGTCGCATCTCCGACACGGGCTCTGCGGGCCTCATGCTCGTC
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100097 ACTTGGAGAGTCGCATCTCCGACACGGGCTCTGCGGGCCTCATGCTCGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGTTCTTCGCTCCCTGGTGTGGACACTGCAAGAGACTTGCACCTGAGTA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100147 GAGTTCTTCGCCCCCTGGTGTGGACACTGCAAGAGACTTGCTCCTGAGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAAGCTGCAGCTACCAGATTAAAAGGAATAGTCCCATTAGCAAAGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100197 TGAAGCTGCAGCTACCAGATTAAAAGGAATAGTCCCATTAGCAAAGGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATTGCACTGCCAACACTAACACCTGTAATAAATATGGAGTCAGTGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100247 ATTGCACTGCCAACACTAACACCTGTAATAAATATGGAGTCAGTGGATAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCAACCCTGAAGATATTTAGAGATGGTGAAGAAGCAGGTGCTTATGATGG
        ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100297 CCAACCCTGAATATGTTTAGAGATGGTGAAGAAGCAGGTGCTTATGATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACCTAGGACTGCTGATGGAATTGTCAGCCACTTGAAGAAGCAGGCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
 100347 ACCTAGGACTGCTGATGGAATTGTCAGCCACCTGAAGAAGCAGGCAGGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGCTTCAGTGCCTCTCAGGACTGAGGAAGAATTTAAGAAATTCATTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100397 CAGCTTCAGTGCCTCTCAGGACTGAGGAAGAATTTAAGAAATTCATTAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GATAAAGATGCCTCTATAGTAGGTTTTTTCGATGATTCATTCAGTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100447 GATAAAGATGCCTCTATAGTAGGTTTTTTCGATGATTCATTCAGTGAAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCACTCCGAGTTCCTAAAAGCAGCCAGCAACTTGAGGGATAACTACCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100497 TCACTCCGAGTTCCTAAAAGCAGCCAGCAACTTGAGGGATAACTACCGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTGCACATACGAATGTTGAGTCTCTGGTGAACGAGTATGATGATAATGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100547 TTGCACATACGAATGTTGAGTCTCTGGTGAACGAGTATGATGATAACGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGGGTATCATCTTATTTCGTCCTTCACATCTCACTAACAAGTTTGAGGA
        || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100597 GATGGTATCATCTTATTTCGTCCTTCACATCTCACTAACAAGTTGGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CAAGACTGTGGCATATACAGAGCAAAAAATGACCAGTGGCAAAATTAAAA
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100647 CAAGACTGTGGCATATACAGTGCAAAAAATGACCAGTGGCAAAATTAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGTTTATCCAGGAAAACATTTTTGGTATCTGCCCTCACATGACAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100697 AGTTTATCCAGGAAAACATTTTTGGTATCTGCCCTCACATGACAGAAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AATAAAGATTTGATACAGGGCAAGGACTTACTTATTGCTTACTATGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100747 AATAAAGATTTGATACAGGGCAAGGACTTACTTATTGCTTACTATGATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGACTATGAAAAGAACGCTAAAGGTTCCAACTACTGGAGAAACAGGGTAA
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100797 GGACTATGAAAAGAATGCTAAAGGTTCCAACTACTGGAGAAACAGGGTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGATGGTGGCAAAGAAATTCCTGGATGCTGGGCACAAACTCAACTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100847 TGATGGTGGCAAAGAAATTCCTGGATGCTGGGCACAAACTCAACTTTGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTAGCTAGCCGCAAAACCTTTAGCCATGAACTTTCTGATTTTGGCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100897 GTAGCTAGCCGCAAAACCTTTAGCCATGAACTTTCTGATTTTGGCTTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GAGCACTGCTGGAGAGATTCCTGTTGTTGCTATCAGAACTGCTAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100947 GAGCACTGCTGGAGAGATTCCTGTTGTTGCTATCAGAACTGCTAAAGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGAAGTTTGTCATGCAGGAGGAGTTCTCGCGTGATGGGAAGGCTCTGGAG
        |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
 100997 AGAAGTTTGTCATGCAGGAGGATTTCTCGCGTGATGGGAATGCTCTGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AGGTTCCTGCAGGATTACTTTGATGGCAATCTGAAGAGATACCTGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101047 AGGTTCCTGCAGGATTACTTTGATGGCAATCTGAAGAGATACCTGAAGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TGAACCTATCCCAGAGAGCAATGATGGGCCTGTGAAGGTAGTGGTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101097 TGAACCTATCCCAGAGAGCAATGATGGGCCTGTGAAGGTAGTGGTAGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGAATTTTGATGAAATAGTGAATAATGAAAATAAAGATGTGCTGATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101147 AGAATTTTGATGAAATAGTGAATAATGAAAATAAAGATGTGCTGATTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TTTTATGCCCCTTGGTGTGGTCATTGTAAGAACCTGGAGCCCAAGTATAA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 101197 TTTTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGTAAGAACCTGGAGCCCAAGTATAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 AGAACTTGGCGAGAAGCTCAGCAAAGACCCAAATATCGTCATAGCCAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||
 101247 AGAACTTGGCGAGAAGCTCAGCAAAGACCTGAATATCGTCATAGCCAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TGGATGCCACAGCCAATGATGTGCCTTCTCCATATGAAGTCAGAGGTTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-||||
 101297 TGGATGCCACAGCCAATGATGTGCCTTCTCCATATGAAGTCAGAG TTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CCTACCATATACTTCTCTCCAGCCAACAAGAAGCTAAATCCAAAGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101346 CCTACCATATACTTCTCTCCAGCCAACAAGAAGCTAAATCCAAAGAAATA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 TGAAGGTGGCCGTGAATTAAGTGATTTTATTAGCTATCTACAAAGAGAAG
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 101396 TGAAGGTGGCCATGAATTAAGTGATTTTATTAGCTATCTACAACGAGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CTACAAACCCCCCTGTAATTCAAGAAGAAAAACCCAAGAAGAAGAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||--|
 101446 CTACAAACCCCCCTGTAATTCAAGAAGAAAAACCCAAGAAGAAGAAG  G

   1500     .    :    .
   1501 GCACAGGAGGATCTC
        -||||||||||||||
 101494  CACAGGAGGATCTC