seq1 = pF1KB5012.tfa, 1629 bp
seq2 = pF1KB5012/gi568815587f_64093075.tfa (gi568815587f:64093075_64304123), 211049 bp

>pF1KB5012 1629
>gi568815587f:64093075_64304123 (Chr11)

7-219  (100001-100213)   100% ->
220-361  (101115-101256)   100% ->
362-503  (101405-101546)   100% ->
504-672  (102571-102739)   100% ->
673-799  (104197-104323)   100% ->
800-902  (104419-104521)   100% ->
903-1023  (104780-104900)   100% ->
1024-1120  (106866-106962)   100% ->
1121-1245  (107095-107219)   100% ->
1246-1282  (109802-109838)   100% ->
1283-1386  (110051-110154)   100% ->
1387-1559  (110376-110548)   100% ->
1560-1629  (110980-111049)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 CAGGTCAATGAGCTGAAGGAGAAAGGCAACAAGGCCCTGAGCGTGGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 CAGGTCAATGAGCTGAAGGAGAAAGGCAACAAGGCCCTGAGCGTGGGTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     57 CATCGATGATGCCTTACAGTGCTACTCCGAAGCTATTAAGCTGGATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCGATGATGCCTTACAGTGCTACTCCGAAGCTATTAAGCTGGATCCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    107 ACAACCACGTGCTGTACAGCAACCGTTCTGCTGCCTATGCCAAGAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAACCACGTGCTGTACAGCAACCGTTCTGCTGCCTATGCCAAGAAAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    157 GACTACCAGAAGGCTTATGAGGATGGCTGCAAGACTGTCGACCTAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACTACCAGAAGGCTTATGAGGATGGCTGCAAGACTGTCGACCTAAAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    207 TGACTGGGGCAAG         GGCTATTCACGAAAAGCAGCAGCTCTAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGACTGGGGCAAGGTC...AAGGGCTATTCACGAAAAGCAGCAGCTCTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    248 AGTTCTTAAACCGCTTTGAAGAAGCCAAGCGAACCTATGAGGAGGGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101143 AGTTCTTAAACCGCTTTGAAGAAGCCAAGCGAACCTATGAGGAGGGCTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    298 AAACACGAGGCAAATAACCCTCAACTGAAAGAGGGTTTACAGAATATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101193 AAACACGAGGCAAATAACCCTCAACTGAAAGAGGGTTTACAGAATATGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    348 GGCCAGGTTGGCAG         AGAGAAAATTCATGAACCCTTTCAACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101243 GGCCAGGTTGGCAGGTA...CAGAGAGAAAATTCATGAACCCTTTCAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    389 TGCCTAATCTGTATCAGAAGTTGGAGAGTGATCCCAGGACAAGGACACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101432 TGCCTAATCTGTATCAGAAGTTGGAGAGTGATCCCAGGACAAGGACACTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    439 CTCAGTGATCCTACCTACCGGGAGCTGATAGAGCAGCTACGAAACAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101482 CTCAGTGATCCTACCTACCGGGAGCTGATAGAGCAGCTACGAAACAAGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    489 TTCTGACCTGGGCAC         GAAACTACAAGATCCCCGGATCATGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101532 TTCTGACCTGGGCACGTA...TAGGAAACTACAAGATCCCCGGATCATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    530 CCACTCTCAGCGTCCTCCTTGGGGTCGATCTGGGCAGTATGGATGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102597 CCACTCTCAGCGTCCTCCTTGGGGTCGATCTGGGCAGTATGGATGAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    580 GAAGAGATTGCAACACCTCCACCACCACCCCCTCCCAAAAAGGAGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102647 GAAGAGATTGCAACACCTCCACCACCACCCCCTCCCAAAAAGGAGACCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    630 GCCAGAGCCAATGGAAGAAGATCTTCCAGAGAATAAGAAGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102697 GCCAGAGCCAATGGAAGAAGATCTTCCAGAGAATAAGAAGCAGGTC...T

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    673   GCACTGAAAGAAAAAGAGCTGGGGAACGATGCCTACAAGAAGAAAGAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104195 AGGCACTGAAAGAAAAAGAGCTGGGGAACGATGCCTACAAGAAGAAAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    721 TTTGACACAGCCTTGAAGCATTACGACAAAGCCAAGGAGCTGGACCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104245 TTTGACACAGCCTTGAAGCATTACGACAAAGCCAAGGAGCTGGACCCCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    771 TAACATGACTTACATTACCAATCAAGCAG         CGGTATACTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104295 TAACATGACTTACATTACCAATCAAGCAGGTG...CAGCGGTATACTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    812 AAAAGGGCGACTACAATAAGTGCCGGGAGCTTTGTGAGAAGGCCATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104431 AAAAGGGCGACTACAATAAGTGCCGGGAGCTTTGTGAGAAGGCCATTGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    862 GTGGGGAGAGAAAACCGAGAAGACTATCGACAGATTGCCAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104481 GTGGGGAGAGAAAACCGAGAAGACTATCGACAGATTGCCAAGTA...CAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    903 AGCATATGCTCGAATTGGCAACTCCTACTTCAAAGAAGAAAAGTACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104780 AGCATATGCTCGAATTGGCAACTCCTACTTCAAAGAAGAAAAGTACAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    953 ATGCCATCCATTTCTATAACAAGTCTCTGGCAGAGCACCGAACCCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104830 ATGCCATCCATTTCTATAACAAGTCTCTGGCAGAGCACCGAACCCCAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1003 GTGCTCAAGAAATGCCAGCAG         GCAGAGAAAATCCTGAAGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 104880 GTGCTCAAGAAATGCCAGCAGGTG...TAGGCAGAGAAAATCCTGAAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1044 GCAAGAGCGGCTGGCCTACATAAACCCCGACCTGGCTTTGGAGGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106886 GCAAGAGCGGCTGGCCTACATAAACCCCGACCTGGCTTTGGAGGAGAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1094 ACAAAGGCAACGAGTGTTTTCAGAAAG         GGGACTATCCCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106936 ACAAAGGCAACGAGTGTTTTCAGAAAGGTA...CAGGGGACTATCCCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1135 GCCATGAAGCATTATACAGAAGCCATCAAAAGGAACCCGAAAGATGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107109 GCCATGAAGCATTATACAGAAGCCATCAAAAGGAACCCGAAAGATGCCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1185 ATTATACAGCAATCGAGCTGCCTGCTACACCAAACTCCTGGAGTTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107159 ATTATACAGCAATCGAGCTGCCTGCTACACCAAACTCCTGGAGTTCCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1235 TGGCACTCAAG         GACTGTGAGGAATGTATCCAGCTGGAGCCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 107209 TGGCACTCAAGGTG...TAGGACTGTGAGGAATGTATCCAGCTGGAGCCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1276 ACCTTCA         TCAAGGGTTATACACGGAAAGCCGCTGCGCTGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109832 ACCTTCAGTA...TAGTCAAGGGTTATACACGGAAAGCCGCTGCGCTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1317 AGCGATGAAGGACTACACCAAAGCCATGGATGTGTACCAGAAGGCGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110085 AGCGATGAAGGACTACACCAAAGCCATGGATGTGTACCAGAAGGCGCTAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1367 ACCTGGACTCCAGCTGTAAG         GAGGCGGCAGACGGCTACCAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 110135 ACCTGGACTCCAGCTGTAAGGTG...CAGGAGGCGGCAGACGGCTACCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1408 CGCTGTATGATGGCGCAGTACAACCGGCACGACAGCCCCGAAGATGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110397 CGCTGTATGATGGCGCAGTACAACCGGCACGACAGCCCCGAAGATGTGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1458 GCGACGAGCCATGGCCGACCCTGAGGTGCAGCAGATCATGAGTGACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110447 GCGACGAGCCATGGCCGACCCTGAGGTGCAGCAGATCATGAGTGACCCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1508 CCATGCGCCTTATCCTGGAACAGATGCAGAAGGACCCCCAGGCACTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110497 CCATGCGCCTTATCCTGGAACAGATGCAGAAGGACCCCCAGGCACTCAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1558 GA         ACACTTAAAGAATCCTGTAATAGCACAGAAGATCCAGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110547 GAGTA...TAGACACTTAAAGAATCCTGTAATAGCACAGAAGATCCAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :
   1599 GCTGATGGATGTGGGTCTGATTGCAATTCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 111019 GCTGATGGATGTGGGTCTGATTGCAATTCGG