seq1 = pF1KB5000.tfa, 612 bp
seq2 = pF1KB5000/gi568815595f_23817860.tfa (gi568815595f:23817860_24019498), 201639 bp

>pF1KB5000 612
>gi568815595f:23817860_24019498 (Chr3)

1-172  (100001-100172)   100% ->
173-309  (100581-100717)   100% ->
310-612  (101337-101639)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGCATACAAGTACATCCAGGAGCTATGGAGAAAGAAGCAGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGCATACAAGTACATCCAGGAGCTATGGAGAAAGAAGCAGTCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTCATGCGCTTTCTTCTGAGGGTCCGCTGCTGGCAGTACCGCCAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTCATGCGCTTTCTTCTGAGGGTCCGCTGCTGGCAGTACCGCCAGCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCTCTCCACAGGGCTCCCCGCCCCACCCGGCCTGATAAAGCGCGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCTCTCCACAGGGCTCCCCGCCCCACCCGGCCTGATAAAGCGCGCCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGGCTACAAGGCCAAGCAAG         GTTACGTTATATATAGGAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100151 CTGGGCTACAAGGCCAAGCAAGGTA...TAGGTTACGTTATATATAGGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCGTGTTCGCCGTGGTGGCCGAAAACGCCCAGTTCCTAAGGGTGCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100600 TCGTGTTCGCCGTGGTGGCCGAAAACGCCCAGTTCCTAAGGGTGCAACTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGGCAAGCCTGTCCATCATGGTGTTAACCAGCTAAAGTTTGCTCGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100650 ACGGCAAGCCTGTCCATCATGGTGTTAACCAGCTAAAGTTTGCTCGAAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTTCAGTCCGTTGCAGAG         GAGCGAGCTGGACGCCACTGTGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100700 CTTCAGTCCGTTGCAGAGGTA...TAGGAGCGAGCTGGACGCCACTGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCTCTGAGAGTCCTGAATTCTTACTGGGTTGGTGAAGATTCCACATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101360 GGCTCTGAGAGTCCTGAATTCTTACTGGGTTGGTGAAGATTCCACATACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AATTTTTTGAGGTTATCCTCATTGATCCATTCCATAAAGCTATCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101410 AATTTTTTGAGGTTATCCTCATTGATCCATTCCATAAAGCTATCAGAAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AATCCTGACACCCAGTGGATCACCAAACCAGTCCACAAGCACAGGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101460 AATCCTGACACCCAGTGGATCACCAAACCAGTCCACAAGCACAGGGAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCGTGGGCTGACATCTGCAGGCCGAAAGAGCCGTGGCCTTGGAAAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101510 GCGTGGGCTGACATCTGCAGGCCGAAAGAGCCGTGGCCTTGGAAAGGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACAAGTTCCACCACACTATTGGTGGCTCTCGCCGGGCAGCTTGGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101560 ACAAGTTCCACCACACTATTGGTGGCTCTCGCCGGGCAGCTTGGAGAAGG

    600     .    :    .    :    .    :
    583 CGCAATACTCTCCAGCTCCACCGTTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 101610 CGCAATACTCTCCAGCTCCACCGTTACCGC