seq1 = pF1KB5000.tfa, 612 bp
seq2 = pF1KB5000/gi568815592f_12414110.tfa (gi568815592f:12414110_12614721), 200612 bp

>pF1KB5000 612
>gi568815592f:12414110_12614721 (Chr6)

1-612  (100001-100612)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGCATACAAGTACATCCAGGAGCTATGGAGAAAGAAGCAGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGCATACAAGTACATCCAGGAGCTATGGAGAAAGAAGCAGTCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTCATGCGCTTTCTTCTGAGGGTCCGCTGCTGGCAGTACCGCCAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTCATGCGCTTTCTTCTGAGGGTCCGCTGCTGGCAGTACCGCCAGCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCTCTCCACAGGGCTCCCCGCCCCACCCGGCCTGATAAAGCGCGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCTCTCCACAGGGCTCCCCGCCCCACCCGGCCTGATAAAGCGCGCCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGGCTACAAGGCCAAGCAAGGTTACGTTATATATAGGATTCGTGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGGCTACAAGGCCAAGCAAGGTTACGTTATATATAGGATTCGTGTTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGTGGTGGCCGAAAACGCCCAGTTCCTAAGGGTGCAACTTACGGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGTGGTGGCCGAAAACGCCCAGTTCCTAAGGGTGCAACTTACGGCAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGTCCATCATGGTGTTAACCAGCTAAAGTTTGCTCGAAGCCTTCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGTCCATCATGGTGTTAACCAGCTAAAGTTTGCTCGAAGCCTTCAGTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTTGCAGAGGAGCGAGCTGGACGCCACTGTGGGGCTCTGAGAGTCCTGAA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100301 GTTGCAGAGGAGCGAGTTGGACGCCACTGTGGGGCTCTGAGGGTCCTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTCTTACTGGGTTGGTGAAGATTCCACATACAAATTTTTTGAGGTTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTCTTACTGGGTTGGTGAAGATTCCACATACAAATTTTTTGAGGTTATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCATTGATCCATTCCATAAAGCTATCAGAAGAAATCCTGACACCCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCATTGATCCATTCCATAAAGCTATCAGAAGAAATCCTGACACCCAGTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCACCAAACCAGTCCACAAGCACAGGGAGATGCGTGGGCTGACATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATCACCAAACCAGTCCACAAGCACAGGGAGATGCGTGGGCTGACATCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGGCCGAAAGAGCCGTGGCCTTGGAAAGGGCCACAAGTTCCACCACACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100501 AGGCCGAAAGAGCCGTGGCCTTGGAAAGGGCCATAAGTTCCACCACACTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTGGTGGCTCTCGCCGGGCAGCTTGGAGAAGGCGCAATACTCTCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTGGTGGCTCTCGCCGGGCAGCTTGGAGAAGGCGCAATACTCTCCAGCTC

    600     .    :
    601 CACCGTTACCGC
        ||||||||||||
 100601 CACCGTTACCGC