seq1 = pF1KB4989.tfa, 783 bp
seq2 = pF1KB4989/gi568815590r_89960176.tfa (gi568815590r:89960176_90182697), 222522 bp

>pF1KB4989 783
>gi568815590r:89960176_90182697 (Chr8)

(complement)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-156  (100596-100672)   100% ->
157-231  (104251-104325)   100% ->
232-315  (113461-113544)   100% ->
316-372  (113644-113700)   100% ->
373-450  (116723-116800)   100% ->
451-506  (119237-119292)   100% ->
507-546  (119378-119417)   100% ->
547-600  (119545-119598)   100% ->
601-672  (121998-122069)   100% ->
673-783  (122412-122522)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAATCCCACCTGCAGTCATCCCTCATCACAGCCTCACAGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAATCCCACCTGCAGTCATCCCTCATCACAGCCTCACAGTTTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGATCTGGCTCCATTTCGACGCTGACG         GAAGTGGTTACC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 CGAGATCTGGCTCCATTTCGACGCTGACGGTG...CAGGAAGTGGTTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAAGGAAAGGAGCTGCAGAACTTGATCCAGGAGCTCCAGCAGGCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100608 TGGAAGGAAAGGAGCTGCAGAACTTGATCCAGGAGCTCCAGCAGGCGCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGAAGGCTGGATTG         GAGTTATCACCTGAAATGAAAACTTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100658 AAGAAGGCTGGATTGGTA...TAGGAGTTATCACCTGAAATGAAAACTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTGGATCAGTATGGGCAAAGAGATGATGGAAAAATAGGAATTGTAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104277 TGTGGATCAGTATGGGCAAAGAGATGATGGAAAAATAGGAATTGTAGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232         TTGGCTCACGTATTACCCACAGAAGAGAATTTCCTGCTGCTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104327 TA...CAGTTGGCTCACGTATTACCCACAGAAGAGAATTTCCTGCTGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTCCGATGCCAGCAGCTGAAGTCCTGTGAGGAATTCATGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 113503 TTCCGATGCCAGCAGCTGAAGTCCTGTGAGGAATTCATGAAGGTA...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    316  ACATGGAGAAAATATGATACTGACCACAGTGGCTTCATAGAAACTGAGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113643 GACATGGAGAAAATATGATACTGACCACAGTGGCTTCATAGAAACTGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGCTTAAG         AACTTTCTAAAGGACCTGCTAGAAAAAGCAAAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 113693 AGCTTAAGGTA...CAGAACTTTCTAAAGGACCTGCTAGAAAAAGCAAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AAGACTGTTGATGACACAAAATTAGCCGAGTATACAGACCTAATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 116756 AAGACTGTTGATGACACAAAATTAGCCGAGTATACAGACCTAATGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451     CTGAAACTATTTGATTCAAATAATGATGGGAAGCTGGAATTAACTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116806 .CAGCTGAAACTATTTGATTCAAATAATGATGGGAAGCTGGAATTAACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGATGGCCAG         GTTACTACCAGTGCAGGAGAATTTTCTTCTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 119283 AGATGGCCAGGTG...AAGGTTACTACCAGTGCAGGAGAATTTTCTTCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 AAATTCCAG         GGAATCAAAATGTGTGGGAAAGAGTTCAATAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 119409 AAATTCCAGGTA...TAGGGAATCAAAATGTGTGGGAAAGAGTTCAATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 GGCTTTTGAGCTGTATGATCAG         GACGGCAATGGATACATAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 119577 GGCTTTTGAGCTGTATGATCAGGTA...CAGGACGGCAATGGATACATAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 ATGAAAATGAACTGGATGCTTTACTGAAGGATCTGTGCGAGAAGAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122017 ATGAAAATGAACTGGATGCTTTACTGAAGGATCTGTGCGAGAAGAATAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 CAG         GATCTGGATATTAATAATATTACAACATACAAGAAGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122067 CAGGTA...CAGGATCTGGATATTAATAATATTACAACATACAAGAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 CATAATGGCTTTGTCGGATGGAGGGAAGCTGTACCGAACGGATCTTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122450 CATAATGGCTTTGTCGGATGGAGGGAAGCTGTACCGAACGGATCTTGCTC

    850     .    :    .    :
    761 TTATTCTCTGTGCTGGGGATAAC
        |||||||||||||||||||||||
 122500 TTATTCTCTGTGCTGGGGATAAC