seq1 = pF1KB4959.tfa, 1704 bp
seq2 = pF1KB4959/gi568815584f_102770202.tfa (gi568815584f:102770202_103005781), 235580 bp

>pF1KB4959 1704
>gi568815584f:102770202_103005781 (Chr14)

1-245  (100001-100245)   100% ->
246-297  (101716-101767)   100% ->
298-402  (105423-105527)   100% ->
403-570  (106157-106324)   100% ->
571-651  (115988-116068)   100% ->
652-726  (119359-119433)   100% ->
727-819  (121124-121216)   100% ->
820-960  (127060-127200)   100% ->
961-1135  (133054-133228)   100% ->
1136-1704  (135012-135580)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTCGAGTAAAAAGATGGACTCTCCTGGCGCGCTGCAGACTAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTCGAGTAAAAAGATGGACTCTCCTGGCGCGCTGCAGACTAACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGCTAAAGCTGCACACTGACCGCAGTGCTGGGACGCCAGTTTTTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGCTAAAGCTGCACACTGACCGCAGTGCTGGGACGCCAGTTTTTGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGAACAAGGAGGTTACAAGGAAAAGTTTGTGAAGACCGTGGAGGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGAACAAGGAGGTTACAAGGAAAAGTTTGTGAAGACCGTGGAGGACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACAAGTGTGAGAAGTGCCACCTGGTGCTGTGCAGCCCGAAGCAGACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TACAAGTGTGAGAAGTGCCACCTGGTGCTGTGCAGCCCGAAGCAGACCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTGTGGGCACCGCTTCTGCGAGAGCTGCATGGCGGCCCTGCTGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100201 GTGTGGGCACCGCTTCTGCGAGAGCTGCATGGCGGCCCTGCTGAGGTA..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    246     CTCTTCAAGTCCAAAATGTACAGCGTGTCAAGAGAGCATCGTTAAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 .CAGCTCTTCAAGTCCAAAATGTACAGCGTGTCAAGAGAGCATCGTTAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATAAG         GTGTTTAAGGATAATTGCTGCAAGAGAGAAATTCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101762 GATAAGGTA...CAGGTGTTTAAGGATAATTGCTGCAAGAGAGAAATTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCTCTTCAGATCTATTGTCGGAATGAAAGCAGAGGTTGTGCAGAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105458 GGCTCTTCAGATCTATTGTCGGAATGAAAGCAGAGGTTGTGCAGAGCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAATGCTGGGACATCTGCTG         GTGCATTTAAAAAATGATTGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 105508 TAATGCTGGGACATCTGCTGGTG...CAGGTGCATTTAAAAAATGATTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATTTTGAAGAACTTCCATGTGTGCGTCCTGACTGCAAAGAAAAGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106178 CATTTTGAAGAACTTCCATGTGTGCGTCCTGACTGCAAAGAAAAGGTCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAGGAAAGACCTGCGAGACCACGTGGAGAAGGCGTGTAAATACCGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106228 GAGGAAAGACCTGCGAGACCACGTGGAGAAGGCGTGTAAATACCGGGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCACATGCAGCCACTGCAAGAGTCAGGTTCCGATGATCGCGCTGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 106278 CCACATGCAGCCACTGCAAGAGTCAGGTTCCGATGATCGCGCTGCAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    571       AAACACGAAGACACCGACTGTCCCTGCGTGGTGGTGTCCTGCCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106328 ...TAGAAACACGAAGACACCGACTGTCCCTGCGTGGTGGTGTCCTGCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCACAAGTGCAGCGTCCAGACTCTCCTGAGGAGCGAG         TTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 116032 TCACAAGTGCAGCGTCCAGACTCTCCTGAGGAGCGAGGTA...CAGTTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTGCACACTTGTCAGAGTGTGTCAATGCCCCCAGCACCTGTAGTTTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119363 GTGCACACTTGTCAGAGTGTGTCAATGCCCCCAGCACCTGTAGTTTTAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGCTATGGCTGCGTTTTTCAG         GGGACAAACCAGCAGATCAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 119413 CGCTATGGCTGCGTTTTTCAGGTC...CAGGGGACAAACCAGCAGATCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGCCCACGAGGCCAGCTCCGCCGTGCAGCACGTCAACCTGCTGAAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121144 GGCCCACGAGGCCAGCTCCGCCGTGCAGCACGTCAACCTGCTGAAGGAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGAGCAACTCGCTCGAAAAGAAG         GTTTCCTTGTTGCAGAAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 121194 GGAGCAACTCGCTCGAAAAGAAGGTG...TAGGTTTCCTTGTTGCAGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAAAGTGTAGAAAAAAACAAGAGCATACAAAGTTTGCACAATCAGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127078 GAAAGTGTAGAAAAAAACAAGAGCATACAAAGTTTGCACAATCAGATATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TAGCTTTGAAATTGAAATTGAGAGACAAAAGGAAATGCTTCGAAATAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127128 TAGCTTTGAAATTGAAATTGAGAGACAAAAGGAAATGCTTCGAAATAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AATCCAAAATCCTTCATTTACAG         CGAGTGATAGACAGCCAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 127178 AATCCAAAATCCTTCATTTACAGGTA...AAGCGAGTGATAGACAGCCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCAGAGAAACTGAAGGAGCTTGACAAGGAGATCCGGCCCTTCCGGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133072 GCAGAGAAACTGAAGGAGCTTGACAAGGAGATCCGGCCCTTCCGGCAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTGGGAGGAAGCAGACAGCATGAAGAGCAGCGTGGAGTCCCTCCAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133122 CTGGGAGGAAGCAGACAGCATGAAGAGCAGCGTGGAGTCCCTCCAGAACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCGTGACCGAGCTGGAGAGCGTGGACAAGAGCGCGGGGCAAGTGGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133172 GCGTGACCGAGCTGGAGAGCGTGGACAAGAGCGCGGGGCAAGTGGCTCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AACACAG         GCCTGCTGGAGTCCCAGCTGAGCCGGCATGACCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133222 AACACAGGTG...CAGGCCTGCTGGAGTCCCAGCTGAGCCGGCATGACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GATGCTGAGTGTGCACGACATCCGCCTAGCCGACATGGACCTGCGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135046 GATGCTGAGTGTGCACGACATCCGCCTAGCCGACATGGACCTGCGCTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGGTCCTGGAGACCGCCAGCTACAATGGAGTGCTCATCTGGAAGATTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135096 AGGTCCTGGAGACCGCCAGCTACAATGGAGTGCTCATCTGGAAGATTCGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GACTACAAGCGGCGGAAGCAGGAGGCCGTCATGGGGAAGACCCTGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135146 GACTACAAGCGGCGGAAGCAGGAGGCCGTCATGGGGAAGACCCTGTCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TTACAGCCAGCCTTTCTACACTGGTTACTTTGGCTATAAGATGTGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135196 TTACAGCCAGCCTTTCTACACTGGTTACTTTGGCTATAAGATGTGTGCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GGGTCTACCTGAACGGGGACGGGATGGGGAAGGGGACGCACTTGTCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135246 GGGTCTACCTGAACGGGGACGGGATGGGGAAGGGGACGCACTTGTCGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TTTTTTGTCATCATGCGTGGAGAATATGATGCCCTGCTTCCTTGGCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135296 TTTTTTGTCATCATGCGTGGAGAATATGATGCCCTGCTTCCTTGGCCGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TAAGCAGAAAGTGACACTCATGCTGATGGATCAGGGGTCCTCTCGACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135346 TAAGCAGAAAGTGACACTCATGCTGATGGATCAGGGGTCCTCTCGACGTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ATTTGGGAGATGCATTCAAGCCCGACCCCAACAGCAGCAGCTTCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135396 ATTTGGGAGATGCATTCAAGCCCGACCCCAACAGCAGCAGCTTCAAGAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CCCACTGGAGAGATGAATATCGCCTCTGGCTGCCCAGTCTTTGTGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135446 CCCACTGGAGAGATGAATATCGCCTCTGGCTGCCCAGTCTTTGTGGCCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 AACTGTTCTAGAAAATGGGACATATATTAAAGATGATACAATTTTTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135496 AACTGTTCTAGAAAATGGGACATATATTAAAGATGATACAATTTTTATTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .
   1670 AAGTCATAGTGGATACTTCGGATCTGCCCGATCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135546 AAGTCATAGTGGATACTTCGGATCTGCCCGATCCC