seq1 = pF1KB4902.tfa, 2232 bp
seq2 = pF1KB4902/gi568815581f_46306663.tfa (gi568815581f:46306663_46855369), 548707 bp

>pF1KB4902 2232
>gi568815581f:46306663_46855369 (Chr17)

12-98  (317581-317667)   100% ->
99-198  (319951-320050)   100% ->
199-238  (323749-323788)   100% ->
239-405  (330714-330880)   100% ->
406-513  (333392-333499)   100% ->
514-589  (333981-334056)   100% ->
590-745  (336442-336597)   100% ->
746-945  (367752-367951)   100% ->
946-1111  (386241-386406)   100% ->
1112-1186  (387185-387259)   100% ->
1187-1374  (387813-388000)   100% ->
1375-1470  (398097-398192)   100% ->
1471-1627  (404301-404457)   100% ->
1628-1761  (407191-407324)   100% ->
1762-1828  (419887-419953)   100% ->
1829-1908  (422193-422272)   100% ->
1909-2043  (443111-443245)   100% ->
2044-2157  (444841-444954)   100% ->
2158-2213  (448652-448707)   100% ->
2214-2232  (449140-449158)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     12 GAGCATGCAAGCGGCAAGATGTCCTACAGATGAATTATCTTTAACCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 317581 GAGCATGCAAGCGGCAAGATGTCCTACAGATGAATTATCTTTAACCAATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     62 GTGCAGTTGTGAATGAAAAGGATTTCCAGTCTGGCCA         GCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 317631 GTGCAGTTGTGAATGAAAAGGATTTCCAGTCTGGCCAGTG...TAGGCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    103 GTGATTGTGAGGACCTCTCCCAATCACAGGTACACATTTACACTGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319955 GTGATTGTGAGGACCTCTCCCAATCACAGGTACACATTTACACTGAAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    153 ACATCCATCGGTGGTTCCAGGGAGCATTGCATTCAGTTTACCTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 320005 ACATCCATCGGTGGTTCCAGGGAGCATTGCATTCAGTTTACCTCAGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    199      AGAAAATGGGCTGGGCTTTCTATTGGGCAAGAAATAGAAG     
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 320055 ..CAGAGAAAATGGGCTGGGCTTTCTATTGGGCAAGAAATAGAAGGTA..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239     TCTCCTTATATACATTTGACAAAGCCAAACAGTGTATTGGCACAAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 323794 .TAGTCTCCTTATATACATTTGACAAAGCCAAACAGTGTATTGGCACAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    285 GACCATCGAGATTGATTTCCTGCAGAAAAAAAGCATTGACTCCAACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 330760 GACCATCGAGATTGATTTCCTGCAGAAAAAAAGCATTGACTCCAACCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335 ATGACACCGACAAGATGGCAGCAGAATTTATTCAGCAATTCAACAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 330810 ATGACACCGACAAGATGGCAGCAGAATTTATTCAGCAATTCAACAACCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    385 GCCTTCTCAGTGGGACAACAG         CTTGTCTTTAGCTTCAATGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 330860 GCCTTCTCAGTGGGACAACAGGTA...TAGCTTGTCTTTAGCTTCAATGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    426 AAAGCTTTTTGGCTTACTGGTGAAGGACATTGAAGCCATGGATCCTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333412 AAAGCTTTTTGGCTTACTGGTGAAGGACATTGAAGCCATGGATCCTAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    476 TCCTGAAGGGAGAGCCTGCGACAGGGAAAAGGCAGAAG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 333462 TCCTGAAGGGAGAGCCTGCGACAGGGAAAAGGCAGAAGGTA...CAGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517 GAAGTAGGACTGGTTGTTGGAAACAGTCAAGTTGCATTTGAAAAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333984 GAAGTAGGACTGGTTGTTGGAAACAGTCAAGTTGCATTTGAAAAAGCAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    567 AAATTCGTCACTTAATCTTATTG         GCAAAGCTAAAACCAAGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 334034 AAATTCGTCACTTAATCTTATTGGTA...TAGGCAAAGCTAAAACCAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    608 AAAATCGCCAATCAATTATCAATCCTGACTGGAACTTTGAAAAAATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 336460 AAAATCGCCAATCAATTATCAATCCTGACTGGAACTTTGAAAAAATGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    658 ATAGGAGGTCTAGACAAGGAATTTTCAGATATTTTCCGACGAGCATTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 336510 ATAGGAGGTCTAGACAAGGAATTTTCAGATATTTTCCGACGAGCATTTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    708 TTCCCGAGTATTTCCTCCAGAGATTGTGGAGCAGATGG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 336560 TTCCCGAGTATTTCCTCCAGAGATTGTGGAGCAGATGGGTA...CAGGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    749 GTAAACATGTTAAAGGCATCCTGTTATATGGACCCCCAGGTTGTGGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367755 GTAAACATGTTAAAGGCATCCTGTTATATGGACCCCCAGGTTGTGGTAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    799 ACTCTCTTGGCTCGACAGATTGGCAAGATGTTGAATGCAAGAGAGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367805 ACTCTCTTGGCTCGACAGATTGGCAAGATGTTGAATGCAAGAGAGCCCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    849 AGTGGTCAATGGGCCAGAAATCCTTAACAAATATGTGGGAGAATCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367855 AGTGGTCAATGGGCCAGAAATCCTTAACAAATATGTGGGAGAATCAGAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    899 CTAACATTCGCAAACTTTTTGCTGATGCTGAAGAGGAGCAAAGGAGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 367905 CTAACATTCGCAAACTTTTTGCTGATGCTGAAGAGGAGCAAAGGAGGGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    946       CTTGGTGCTAACAGTGGTTTGCACATCATCATCTTTGATGAAAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367955 ...TAGCTTGGTGCTAACAGTGGTTTGCACATCATCATCTTTGATGAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    990 TGATGCCATCTGCAAGCAGAGAGGGAGCATGGCTGGTAGCACGGGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 386285 TGATGCCATCTGCAAGCAGAGAGGGAGCATGGCTGGTAGCACGGGAGTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1040 ATGACACTGTTGTCAACCAGTTGCTGTCCAAAATTGATGGCGTGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 386335 ATGACACTGTTGTCAACCAGTTGCTGTCCAAAATTGATGGCGTGGAGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1090 CTAAACAACATCCTAGTCATTG         GAATGACCAATAGACCAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 386385 CTAAACAACATCCTAGTCATTGGTA...CAGGAATGACCAATAGACCAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1131 TCTGATAGATGAGGCTCTTCTTAGACCTGGAAGACTGGAAGTTAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 387204 TCTGATAGATGAGGCTCTTCTTAGACCTGGAAGACTGGAAGTTAAAATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1181 AGATAG         GCTTGCCAGATGAGAAAGGCCGACTACAGATTCTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 387254 AGATAGGTA...CAGGCTTGCCAGATGAGAAAGGCCGACTACAGATTCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1222 CACATCCACACAGCAAGAATGAGAGGGCATCAGTTACTCTCTGCTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 387848 CACATCCACACAGCAAGAATGAGAGGGCATCAGTTACTCTCTGCTGATGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1272 AGACATTAAAGAACTGGCCGTGGAGACCAAGAATTTCAGTGGTGCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 387898 AGACATTAAAGAACTGGCCGTGGAGACCAAGAATTTCAGTGGTGCTGAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1322 TGGAGGGTCTGGTGCGAGCAGCCCAGTCCACTGCTATGAATAGACACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 387948 TGGAGGGTCTGGTGCGAGCAGCCCAGTCCACTGCTATGAATAGACACATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1372 AAG         GCCAGTACTAAAGTGGAAGTGGACATGGAGAAAGCAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 387998 AAGGTC...TAGGCCAGTACTAAAGTGGAAGTGGACATGGAGAAAGCAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1413 AAGCCTGCAAGTGACGAGAGGAGACTTCCTTGCTTCTTTGGAGAATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 398135 AAGCCTGCAAGTGACGAGAGGAGACTTCCTTGCTTCTTTGGAGAATGATA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1463 TCAAACCA         GCCTTTGGCACAAACCAAGAAGATTATGCAAGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 398185 TCAAACCAGTG...TAGGCCTTTGGCACAAACCAAGAAGATTATGCAAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1504 TACATTATGAACGGTATCATCAAATGGGGTGACCCAGTTACTCGAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 404334 TACATTATGAACGGTATCATCAAATGGGGTGACCCAGTTACTCGAGTTCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1554 AGATGATGGGGAGCTGCTGGTGCAGCAGACTAAGAACAGTGACCGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 404384 AGATGATGGGGAGCTGCTGGTGCAGCAGACTAAGAACAGTGACCGCACAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1604 CATTGGTCAGCGTGCTTCTGGAAG         GCCCTCCTCACAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 404434 CATTGGTCAGCGTGCTTCTGGAAGGTG...CAGGCCCTCCTCACAGTGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1645 AAGACTGCTTTAGCTGCAAAAATTGCAGAGGAATCCAACTTCCCGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 407208 AAGACTGCTTTAGCTGCAAAAATTGCAGAGGAATCCAACTTCCCGTTCAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1695 CAAGATCTGTTCTCCTGATAAAATGATTGGCTTTTCTGAAACAGCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 407258 CAAGATCTGTTCTCCTGATAAAATGATTGGCTTTTCTGAAACAGCCAAAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1745 GTCAGGCCATGAAGAAG         ATCTTTGATGATGCGTACAAATCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 407308 GTCAGGCCATGAAGAAGGTA...CAGATCTTTGATGATGCGTACAAATCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1786 CAGCTCAGTTGTGTGGTTGTGGATGACATTGAGAGATTGCTTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 419911 CAGCTCAGTTGTGTGGTTGTGGATGACATTGAGAGATTGCTTGGTG...C

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829   ATTACGTCCCTATTGGCCCTCGATTTTCAAATCTTGTATTACAGGCTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 422191 AGATTACGTCCCTATTGGCCCTCGATTTTCAAATCTTGTATTACAGGCTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1877 TTCTCGTTTTACTGAAAAAGGCACCTCCTCAG         GGCCGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 422241 TTCTCGTTTTACTGAAAAAGGCACCTCCTCAGGTA...CAGGGCCGCAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1918 CTTCTTATCATTGGGACCACTAGCCGCAAAGATGTCCTTCAGGAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 443120 CTTCTTATCATTGGGACCACTAGCCGCAAAGATGTCCTTCAGGAGATGGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1968 AATGCTTAACGCTTTCAGCACCACCATCCACGTGCCCAACATTGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 443170 AATGCTTAACGCTTTCAGCACCACCATCCACGTGCCCAACATTGCCACAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2018 GAGAGCAGCTGTTGGAAGCTTTGGAG         CTTTTGGGCAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 443220 GAGAGCAGCTGTTGGAAGCTTTGGAGGTA...TAGCTTTTGGGCAACTTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2059 AAGGATAAGGAACGCACCACAATTGCACAGCAAGTCAAAGGGAAGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 444856 AAGGATAAGGAACGCACCACAATTGCACAGCAAGTCAAAGGGAAGAAGGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2109 CTGGATAGGAATCAAGAAGTTACTAATGCTGATCGAGATGTCCCTACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 444906 CTGGATAGGAATCAAGAAGTTACTAATGCTGATCGAGATGTCCCTACAGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2158         ATGGATCCTGAATACCGTGTGAGAAAATTCTTGGCCCTCTTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 444956 TA...TAGATGGATCCTGAATACCGTGTGAGAAAATTCTTGGCCCTCTTA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :
   2200 AGAGAAGAAGGAGC         TAGCCCCCTTGATTTTGAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 448694 AGAGAAGAAGGAGCGTA...CAGTAGCCCCCTTGATTTTGAT