seq1 = pF1KB4886.tfa, 1020 bp
seq2 = pF1KB4886/gi568815591f_100576266.tfa (gi568815591f:100576266_100778798), 202533 bp

>pF1KB4886 1020
>gi568815591f:100576266_100778798 (Chr7)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-96  (100270-100308)   100% ->
97-203  (100428-100534)   100% ->
204-267  (101087-101150)   100% ->
268-430  (101233-101395)   100% ->
431-497  (101487-101553)   100% ->
498-699  (101833-102034)   100% ->
700-916  (102133-102349)   100% ->
917-1020  (102430-102533)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGAGCTGGAGCAACTGAGACAGGAGGCCGAGCAGCTCCGGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGAGCTGGAGCAACTGAGACAGGAGGCCGAGCAGCTCCGGAACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCCGG         GATGCCCGAAAAGCATGTGGGGACTCAACACTGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATCCGGGTG...CAGGATGCCCGAAAAGCATGTGGGGACTCAACACTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCAG         ATCACAGCTGGGCTGGACCCAGTGGGGAGAATCCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100304 CCCAGGTG...CAGATCACAGCTGGGCTGGACCCAGTGGGGAGAATCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATGAGGACCCGGAGGACCCTCCGTGGGCACCTGGCAAAGATCTATGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100464 ATGAGGACCCGGAGGACCCTCCGTGGGCACCTGGCAAAGATCTATGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCACTGGGGGACCGACTCAAG         GCTGCTGGTCAGCGCCTCCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100514 GCACTGGGGGACCGACTCAAGGTG...CAGGCTGCTGGTCAGCGCCTCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGGATGGGAAGCTCATCATCTGGGACAGCTACACCACCAACAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101107 AGGATGGGAAGCTCATCATCTGGGACAGCTACACCACCAACAAGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    268    GTCCACGCCATCCCGCTGCGCTCCTCCTGGGTAATGACCTGTGCCTA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101230 CAGGTCCACGCCATCCCGCTGCGCTCCTCCTGGGTAATGACCTGTGCCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CGCGCCCTCAGGGAACTTTGTGGCCTGTGGGGGGTTGGACAACATCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101280 CGCGCCCTCAGGGAACTTTGTGGCCTGTGGGGGGTTGGACAACATCTGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCATCTACAGCCTCAAGACCCGCGAGGGCAACGTCAGGGTCAGCCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101330 CCATCTACAGCCTCAAGACCCGCGAGGGCAACGTCAGGGTCAGCCGGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGCCTGGCCACACTG         GGTACCTGTCGTGTTGCCGCTTCCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101380 CTGCCTGGCCACACTGGTG...CAGGGTACCTGTCGTGTTGCCGCTTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGATGACAACCAAATCATCACCAGCTCTGGGGATACCACCTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101512 GGATGACAACCAAATCATCACCAGCTCTGGGGATACCACCTGGTG...CA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    498  TGCCCTGTGGGACATTGAGACAGGCCAGCAGACAGTGGGTTTTGCTGGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101832 GTGCCCTGTGGGACATTGAGACAGGCCAGCAGACAGTGGGTTTTGCTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CACAGTGGGGATGTGATGTCCCTGTCCCTGGCCCCCGATGGCCGCACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101882 CACAGTGGGGATGTGATGTCCCTGTCCCTGGCCCCCGATGGCCGCACGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGTGTCAGGCGCCTGTGATGCCTCTATCAAGCTGTGGGACGTGCGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101932 TGTGTCAGGCGCCTGTGATGCCTCTATCAAGCTGTGGGACGTGCGGGATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCATGTGCCGACAGACCTTCATCGGCCATGAATCCGACATCAATGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101982 CCATGTGCCGACAGACCTTCATCGGCCATGAATCCGACATCAATGCAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCT         TTCTTCCCCAACGGCTACGCCTTCACCACCGGCTCTGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102032 GCTGTG...CAGTTCTTCCCCAACGGCTACGCCTTCACCACCGGCTCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGACGCCACGTGCCGCCTCTTCGACCTGCGGGCCGATCAGGAGCTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102171 CGACGCCACGTGCCGCCTCTTCGACCTGCGGGCCGATCAGGAGCTCCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGTACTCCCATGACAACATCATCTGTGGCATCACCTCTGTTGCCTTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102221 TGTACTCCCATGACAACATCATCTGTGGCATCACCTCTGTTGCCTTCTCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CGCAGCGGACGGCTGCTGCTCGCTGGCTACGACGACTTCAACTGCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102271 CGCAGCGGACGGCTGCTGCTCGCTGGCTACGACGACTTCAACTGCAACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTGGGATGCCATGAAGGGCGACCGTGCAG         GAGTCCTCGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102321 CTGGGATGCCATGAAGGGCGACCGTGCAGGTG...CAGGAGTCCTCGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCCACGACAACCGCGTGAGCTGCCTCGGGGTCACCGACGATGGCATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102442 GCCACGACAACCGCGTGAGCTGCCTCGGGGTCACCGACGATGGCATGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTGGCCACGGGCTCCTGGGACTCCTTCCTCAAGATCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102492 GTGGCCACGGGCTCCTGGGACTCCTTCCTCAAGATCTGGAAC