seq1 = pF1KB4879.tfa, 2430 bp
seq2 = pF1KB4879/gi568815597f_28887438.tfa (gi568815597f:28887438_29215794), 328357 bp

>pF1KB4879 2430
>gi568815597f:28887438_29215794 (Chr1)

1-468  (100001-100468)   100% ->
469-681  (105893-106105)   100% ->
682-786  (109778-109882)   100% ->
787-829  (124428-124470)   100% ->
830-905  (128255-128330)   100% ->
906-1124  (130787-131005)   99% ->
1125-1212  (142963-143050)   100% ->
1213-1365  (145656-145808)   100% ->
1366-1463  (148389-148486)   100% ->
1464-1636  (151817-151989)   100% ->
1637-1845  (165667-165875)   100% ->
1846-2022  (177545-177721)   100% ->
2023-2151  (210370-210498)   100% ->
2152-2253  (221899-222000)   100% ->
2254-2334  (224931-225011)   100% ->
2335-2430  (228262-228357)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAACAGAGAAGAGTTTAGTGACTGAGGCCGAAAATTCACAGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAACAGAGAAGAGTTTAGTGACTGAGGCCGAAAATTCACAGCACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAGAAGGAAGAGGGTGAGGAAGCCATAAACTCAGGCCAACAAGAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACAGAAGGAAGAGGGTGAGGAAGCCATAAACTCAGGCCAACAAGAACCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGGAGGAATCTTGTCAAACAGCAGCTGAAGGAGATAATTGGTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGGAGGAATCTTGTCAAACAGCAGCTGAAGGAGATAATTGGTGTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGAAGCTGAAAGCTTCTAATGGAGACACTCCTACACATGAAGACTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGAAGCTGAAAGCTTCTAATGGAGACACTCCTACACATGAAGACTTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAGAACAAGGAGCGGACATCAGAAAGCAGAGGACTTTCACGACTATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGAACAAGGAGCGGACATCAGAAAGCAGAGGACTTTCACGACTATTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTCGTTTCTCAAAAGGCCCAAATCTCAGGTGTCCGAGGAAGAAGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTCGTTTCTCAAAAGGCCCAAATCTCAGGTGTCCGAGGAAGAAGGCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAAGTAGAGTCAGATAAAGAAAAAGGTGAAGGAGGTCAGAAAGAGATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAAGTAGAGTCAGATAAAGAAAAAGGTGAAGGAGGTCAGAAAGAGATAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ATTTGGAACCAGTCTTGATGAAGAGATCATTTTAAAGGCCCCAATTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ATTTGGAACCAGTCTTGATGAAGAGATCATTTTAAAGGCCCCAATTGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTCCTGAACCGGAACTCAAAACAGACCCATCTTTGGATCTTCATTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTCCTGAACCGGAACTCAAAACAGACCCATCTTTGGATCTTCATTCATTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGCAGTGCAGAAACACAG         CCTGCTCAGGAAGAACTCAGAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100451 AGCAGTGCAGAAACACAGGTA...TAGCCTGCTCAGGAAGAACTCAGAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGATCCAGATTTTGAAATTAAGGAAGGAGAAGGACTTGAAGAGTGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105916 AGATCCAGATTTTGAAATTAAGGAAGGAGAAGGACTTGAAGAGTGCTCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AAATAGAAGTAAAAGAAGAAAGCCCTCAATCAAAAGCAGAAACAGAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105966 AAATAGAAGTAAAAGAAGAAAGCCCTCAATCAAAAGCAGAAACAGAATTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAAGCTTCCCAAAAACCAATCAGAAAACACAGGAACATGCACTGCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106016 AAAGCTTCCCAAAAACCAATCAGAAAACACAGGAACATGCACTGCAAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TTCTTTGTTGGATGACACAGTTTATGAATGTGTTGTGGAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 106066 TTCTTTGTTGGATGACACAGTTTATGAATGTGTTGTGGAGGTG...CAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AACATGCTAAGGGACAAGATTTGCTTAAACGAGTATGTGAGCATCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109779 AACATGCTAAGGGACAAGATTTGCTTAAACGAGTATGTGAGCATCTCAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTTTTGGAAGAAGACTATTTTGGTCTAGCCATTTGGGATAACGCAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109829 CTTTTGGAAGAAGACTATTTTGGTCTAGCCATTTGGGATAACGCAACCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TAAG         ACATGGCTGGATTCCGCCAAAGAAATAAAAAAGCAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109879 TAAGGTG...CAGACATGGCTGGATTCCGCCAAAGAAATAAAAAAGCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTCGTG         GTGTCCCTTGGAATTTTACATTTAATGTAAAGTTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124465 TTCGTGGTA...TAGGTGTCCCTTGGAATTTTACATTTAATGTAAAGTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TATCCACCTGACCCAGCACAGTTAACAGAAGACATAACAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 128290 TATCCACCTGACCCAGCACAGTTAACAGAAGACATAACAAGGTA...TAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ATATTATTTATGTCTTCAGCTTCGGCAGGACATAGTTGCAGGACGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130787 ATATTATTTATGTCTTCAGCTTCGGCAGGACATAGTTGCAGGACGTCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCTGTTCCTTTGCAACCTTAGCATTATTAGGTTCTTACACCATCCAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130837 CCTGTTCCTTTGCAACCTTAGCATTATTAGGTTCTTACACCATCCAGTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAACTGGGAGACTACGACCCAGAACTCCATGGCGTGGATTATGTTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130887 GAACTGGGAGACTACGACCCAGAACTCCATGGCGTGGATTATGTTAGTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TTTTAAACTGGCCCCGAATCAGACCAAGGAACTTGAAGAGAAGGTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130937 TTTTAAACTGGCCCCGAATCAGACCAAGGAACTTGAAGAGAAGGTCATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AACTGCATAAGTCATGCAG         GTCCATGACTCCAGCTCAGGCT
        ||||||||||||||| |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 130987 AACTGCATAAGTCATACAGGTG...AAGGTCCATGACTCCAGCTCAGGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GACTTGGAGTTTCTTGAGAATGCCAAAAAGTTGTCTATGTATGGAGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142985 GACTTGGAGTTTCTTGAGAATGCCAAAAAGTTGTCTATGTATGGAGTTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TCTTCATAAAGCAAAG         GACTTGGAAGGAGTAGATATCATCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 143035 TCTTCATAAAGCAAAGGTA...CAGGACTTGGAAGGAGTAGATATCATCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TAGGTGTCTGCTCTAGTGGCCTTCTGGTTTACAAAGATAAGCTGAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145681 TAGGTGTCTGCTCTAGTGGCCTTCTGGTTTACAAAGATAAGCTGAGAATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AACCGCTTCCCTTGGCCCAAAGTGCTGAAGATTTCTTATAAACGTAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145731 AACCGCTTCCCTTGGCCCAAAGTGCTGAAGATTTCTTATAAACGTAGTAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CTTTTTCATCAAGATTCGGCCTGGAGAG         CAAGAGCAGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 145781 CTTTTTCATCAAGATTCGGCCTGGAGAGGTA...TAGCAAGAGCAGTATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AAAGTACCATCGGATTCAAACTTCCCAGTTACCGAGCAGCTAAGAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148402 AAAGTACCATCGGATTCAAACTTCCCAGTTACCGAGCAGCTAAGAAATTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TGGAAAGTCTGTGTAGAACATCACACGTTTTTCAG         ATTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 148452 TGGAAAGTCTGTGTAGAACATCACACGTTTTTCAGGTA...CAGATTGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 ATCTACAGACACCATTCCCAAAAGCAAATTTCTTGCGCTAGGATCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151823 ATCTACAGACACCATTCCCAAAAGCAAATTTCTTGCGCTAGGATCCAAAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TTCGATACAGTGGCCGGACTCAAGCTCAGACCAGGCAAGCTAGTGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151873 TTCGATACAGTGGCCGGACTCAAGCTCAGACCAGGCAAGCTAGTGCTCTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 ATTGACAGGCCTGCCCCACACTTCGAGCGTACAGCAAGTAAACGGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151923 ATTGACAGGCCTGCCCCACACTTCGAGCGTACAGCAAGTAAACGGGCGTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CCGGAGCCTCGATGGAG         CAGCAGCTGTCGATTCGGCAGACC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 151973 CCGGAGCCTCGATGGAGGTT...TAGCAGCAGCTGTCGATTCGGCAGACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GAAGTCCTCGGCCCACTTCTGCACCTGCCATTACTCAGGGTCAGGTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165691 GAAGTCCTCGGCCCACTTCTGCACCTGCCATTACTCAGGGTCAGGTTGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GAAGGTGGCGTCCTAGATGCCTCTGCTAAAAAAACAGTGGTCCCTAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165741 GAAGGTGGCGTCCTAGATGCCTCTGCTAAAAAAACAGTGGTCCCTAAAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 ACAGAAGGAAACAGTGAAGGCTGAAGTGAAAAAGGAAGACGAGCCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165791 ACAGAAGGAAACAGTGAAGGCTGAAGTGAAAAAGGAAGACGAGCCACCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 AGCAAGCTGAGCCAGAGCCCACAGAAGCATGGAAG         GATTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 165841 AGCAAGCTGAGCCAGAGCCCACAGAAGCATGGAAGGTA...TAGGATTTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GACAAGAGTCAAGAGGAGATCAAAAAACATCATGCCAGCATCAGTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177551 GACAAGAGTCAAGAGGAGATCAAAAAACATCATGCCAGCATCAGTGAGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 GAAAAAGAACTTCATGGAGTCTGTACCAGAACCACGGCCTAGTGAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177601 GAAAAAGAACTTCATGGAGTCTGTACCAGAACCACGGCCTAGTGAATGGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 ATAAACGCTTATCCACTCACTCACCCTTCCGAACTCTTAACATCAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177651 ATAAACGCTTATCCACTCACTCACCCTTCCGAACTCTTAACATCAATGGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 CAAATCCCCACAGGAGAAGGA         CCTCCCCTGGTGAAGACACA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 177701 CAAATCCCCACAGGAGAAGGAGTG...CAGCCTCCCCTGGTGAAGACACA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 AACTGTCACCATCTCAGATAATGCCAATGCTGTGAAAAGTGAAATCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210390 AACTGTCACCATCTCAGATAATGCCAATGCTGTGAAAAGTGAAATCCCAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 CCAAAGACGTCCCTATTGTCCACACTGAGACCAAGACCATCACTTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210440 CCAAAGACGTCCCTATTGTCCACACTGAGACCAAGACCATCACTTATGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 GCTGCCCAG         ACTGACGACAACAGTGGAGACTTGGACCCAGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 210490 GCTGCCCAGGTA...CAGACTGACGACAACAGTGGAGACTTGGACCCAGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 AGTCTTGCTGACAGCTCAAACTATCACATCTGAGACCCCAAGCAGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221931 AGTCTTGCTGACAGCTCAAACTATCACATCTGAGACCCCAAGCAGCACCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 CCACAACTCAAATTACCAAG         ACTGTAAAAGGTGGGATTTCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 221981 CCACAACTCAAATTACCAAGGTA...CAGACTGTAAAAGGTGGGATTTCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 GAGACACGTATTGAAAAGAGAATTGTGATCACAGGAGATGCTGATATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224952 GAGACACGTATTGAAAAGAGAATTGTGATCACAGGAGATGCTGATATTGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 CCATGATCAG         GTCCTTGTACAAGCCATCAAGGAGGCAAAGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 225002 CCATGATCAGGTG...TAGGTCCTTGTACAAGCCATCAAGGAGGCAAAGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 AGCAGCACCCAGACATGTCAGTGACCAAGGTGGTCGTCCACCAGGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228293 AGCAGCACCCAGACATGTCAGTGACCAAGGTGGTCGTCCACCAGGAGACC

   2550     .    :    .
   2416 GAGATTGCTGATGAG
        |||||||||||||||
 228343 GAGATTGCTGATGAG