seq1 = pF1KB4848.tfa, 1257 bp
seq2 = pF1KB4848/gi568815587f_128811274.tfa (gi568815587f:128811274_129016728), 205455 bp

>pF1KB4848 1257
>gi568815587f:128811274_129016728 (Chr11)

1-937  (100001-100937)   99% ->
938-1257  (105136-105455)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGCGATTCTAGGAATGCCATGAACCAGGACATGGAGATTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGGCGATTCTAGGAATGCCATGAACCAGGACATGGAGATTGGAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACTCCCTGGGACCCCAAGAAGATTCCAAAACAGGCCCGCGATTATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACTCCCTGGGACCCCAAGAAGATTCCAAAACAGGCCCGCGATTATGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCATTGCCACAGACCGTACGCGCCTGCTGGCCGAGGGCAAGAAGCCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCATTGCCACAGACCGTACGCGCCTGCTGGCCGAGGGCAAGAAGCCACGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCGCTACATGGAGAAGAGCGGCAAGTGCAACGTGCACCACGGCAACGT
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCGCTACATGGAGAAGAGTGGCAAGTGCAACGTGCACCACGGCAACGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAGGAGACCTACCGGTACCTGAGTGACCTCTTCACCACCCTGGTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCAGGAGACCTACCGGTACCTGAGTGACCTCTTCACCACCCTGGTGGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAAGTGGCGCTTCAACTTGCTCGTCTTCACCATGGTTTACACTGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAAGTGGCGCTTCAACTTGCTCGTCTTCACCATGGTTTACACTGTCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGGCTGTTCTTCGGCTTCATTTGGTGGCTCATTGCTTATATCCGGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGGCTGTTCTTCGGCTTCATTTGGTGGCTCATTGCTTATATCCGGGGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGGACCATGTTGGCGACCAAGAGTGGATTCCTTGTGTTGAAAACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTGGACCATGTTGGCGACCAAGAGTGGATTCCTTGTGTTGAAAACCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTGGCTTCGTGTCCGCTTTCCTGTTCTCCATTGAGACCGAAACAACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTGGCTTCGTGTCCGCTTTCCTGTTCTCCATTGAGACCGAAACAACCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGTATGGCTTCCGAGTCATCACAGAGAAGTGTCCAGAGGGGATTATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGTATGGCTTCCGAGTCATCACAGAGAAGTGTCCAGAGGGGATTATACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCTCTTGGTCCAGGCCATCCTGGGCTCCATCGTCAATGCCTTCATGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTCTTGGTCCAGGCCATCCTGGGCTCCATCGTCAATGCCTTCATGGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGTGCATGTTTGTCAAGATCAGCCAGCCCAAGAAGAGAGCGGAGACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGTGCATGTTTGTCAAGATCAGCCAGCCCAAGAAGAGAGCGGAGACCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATGTTTTCCAACAACGCAGTCATCTCCATGCGGGACGAGAAGCTGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATGTTTTCCAACAACGCAGTCATCTCCATGCGGGACGAGAAGCTGTGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATGTTCCGGGTGGGCGACCTCCGCAACTCCCACATCGTGGAGGCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATGTTCCGGGTGGGCGACCTCCGCAACTCCCACATCGTGGAGGCCTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCCGGGCCAAGCTCATCAAGTCCCGGCAGACCAAAGAGGGGGAGTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCCGGGCCAAGCTCATCAAGTCCCGGCAGACCAAAGAGGGGGAGTTCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCCCTGAACCAGACAGACATCAACGTGGGCTTTGACACGGGCGACGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCCCTGAACCAGACAGACATCAACGTGGGCTTTGACACGGGCGACGACCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCTCTTCCTGGTGTCTCCTCTGATCATCTCCCACGAGATCAACGAGAAGA
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
 100801 CCTCTTCCTTGTGTCTCCTCTGATCATCTCCCATGAGATCAACCAGAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCCCTTTCTGGGAGATGTCTCAGGCTCAGCTGCATCAGGAAGAGTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCCCTTTCTGGGAGATGTCTCAGGCTCAGCTGCATCAGGAAGAGTTTGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTTGTGGTCATTCTAGAAGGGATGGTGGAAGCCACAG         GCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100901 GTTGTGGTCATTCTAGAAGGGATGGTGGAAGCCACAGGTA...CAGGCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GACCTGCCAAGCCCGGAGCTCCTACATGGATACAGAGGTGCTCTGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105140 GACCTGCCAAGCCCGGAGCTCCTACATGGATACAGAGGTGCTCTGGGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ACCGATTCACACCAGTCCTCACCTTGGAAAAGGGCTTCTATGAGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105190 ACCGATTCACACCAGTCCTCACCTTGGAAAAGGGCTTCTATGAGGTGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TACAACACCTTCCATGATACCTATGAGACCAACACACCCAGCTGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105240 TACAACACCTTCCATGATACCTATGAGACCAACACACCCAGCTGCTGTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CAAGGAGCTGGCAGAAATGAAGAGGGAAGGCCGGCTCCTCCAGTACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105290 CAAGGAGCTGGCAGAAATGAAGAGGGAAGGCCGGCTCCTCCAGTACCTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CCAGCCCCCCACTGCTGGGGGGCTGTGCTGAGGCAGGGCTGGATGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105340 CCAGCCCCCCACTGCTGGGGGGCTGTGCTGAGGCAGGGCTGGATGCAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GCTGAGCAGAATGAAGAAGATGAGCCCAAGGGGCTGGGTGGGTCCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105390 GCTGAGCAGAATGAAGAAGATGAGCCCAAGGGGCTGGGTGGGTCCAGGGA

   1250     .    :    .
   1242 GGCCAGGGGCTCGGTG
        ||||||||||||||||
 105440 GGCCAGGGGCTCGGTG