seq1 = pF1KB4823.tfa, 2223 bp
seq2 = pF1KB4823/gi568815577f_45075730.tfa (gi568815577f:45075730_45322194), 246465 bp

>pF1KB4823 2223
>gi568815577f:45075730_45322194 (Chr21)

1-28  (95928-95955)   100% ->
29-963  (100001-100935)   100% ->
964-1078  (104601-104715)   100% ->
1079-1247  (106856-107024)   100% ->
1248-1396  (107633-107781)   100% ->
1397-1516  (108745-108864)   100% ->
1517-1685  (109194-109362)   100% ->
1686-1867  (128826-129007)   100% ->
1868-2046  (145107-145285)   100% ->
2047-2223  (146289-146465)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATATAGAAGATGAAGAAAACATGA         GTTCCAGCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  95928 ATGGATATAGAAGATGAAGAAAACATGAGTA...CAGGTTCCAGCAGCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGATGTGAAGGAAAACCGCAATCTGGACAACGTGTCCCCCAAGGATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100014 TGATGTGAAGGAAAACCGCAATCTGGACAACGTGTCCCCCAAGGATGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCACACCTGGGCCTGGCGAGGGCTCTCAGCTCTCCAATGGGGGTGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100064 GCACACCTGGGCCTGGCGAGGGCTCTCAGCTCTCCAATGGGGGTGGTGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCCCCGGCAGAAAGCGGCCCCTGGAGGAGGGCAGCAATGGCCACTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100114 GGCCCCGGCAGAAAGCGGCCCCTGGAGGAGGGCAGCAATGGCCACTCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTACCGCCTGAAGAAAAGGAGGAAAACACCAGGGCCCGTCCTCCCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100164 GTACCGCCTGAAGAAAAGGAGGAAAACACCAGGGCCCGTCCTCCCCAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGCCCTGATGCAGCTGAATGAGATCAAGCCTGGTTTGCAGTACACACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100214 ACGCCCTGATGCAGCTGAATGAGATCAAGCCTGGTTTGCAGTACACACTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGTCCCAGACTGGGCCCGTGCACGCGCCTTTGTTTGTCATGTCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100264 CTGTCCCAGACTGGGCCCGTGCACGCGCCTTTGTTTGTCATGTCTGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGTGAATGGCCAGGTTTTTGAGGGCTCTGGTCCCACAAAGAAAAAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100314 GGTGAATGGCCAGGTTTTTGAGGGCTCTGGTCCCACAAAGAAAAAGGCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AACTCCATGCTGCTGAGAAGGCCTTGAGGTCTTTCGTTCAGTTTCCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100364 AACTCCATGCTGCTGAGAAGGCCTTGAGGTCTTTCGTTCAGTTTCCTAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCCTCTGAGGCCCACCTGGCCATGGGGAGGACCCTGTCTGTCAACACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100414 GCCTCTGAGGCCCACCTGGCCATGGGGAGGACCCTGTCTGTCAACACGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTTCACATCTGACCAGGCCGACTTCCCTGACACGCTCTTCAATGGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100464 CTTCACATCTGACCAGGCCGACTTCCCTGACACGCTCTTCAATGGTTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AAACTCCTGACAAGGCGGAGCCTCCCTTTTACGTGGGCTCCAATGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100514 AAACTCCTGACAAGGCGGAGCCTCCCTTTTACGTGGGCTCCAATGGGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GACTCCTTCAGTTCCAGCGGGGACCTCAGCTTGTCTGCTTCCCCGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100564 GACTCCTTCAGTTCCAGCGGGGACCTCAGCTTGTCTGCTTCCCCGGTGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGCCAGCCTAGCCCAGCCTCCTCTCCCTGTCTTACCACCATTCCCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100614 TGCCAGCCTAGCCCAGCCTCCTCTCCCTGTCTTACCACCATTCCCACCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CGAGTGGGAAGAATCCCGTGATGATCTTGAACGAACTGCGCCCAGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100664 CGAGTGGGAAGAATCCCGTGATGATCTTGAACGAACTGCGCCCAGGACTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AAGTATGACTTCCTCTCCGAGAGCGGGGAGAGCCATGCCAAGAGCTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100714 AAGTATGACTTCCTCTCCGAGAGCGGGGAGAGCCATGCCAAGAGCTTCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CATGTCTGTGGTCGTGGATGGTCAGTTCTTTGAAGGCTCGGGGAGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100764 CATGTCTGTGGTCGTGGATGGTCAGTTCTTTGAAGGCTCGGGGAGAAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGAAGCTTGCCAAGGCCCGGGCTGCGCAGTCTGCCCTGGCCGCCATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100814 AGAAGCTTGCCAAGGCCCGGGCTGCGCAGTCTGCCCTGGCCGCCATTTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AACTTGCACTTGGATCAGACGCCATCTCGCCAGCCTATTCCCAGTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100864 AACTTGCACTTGGATCAGACGCCATCTCGCCAGCCTATTCCCAGTGAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TCTTCAGCTGCATTTACCGCAG         GTTTTAGCTGACGCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100914 TCTTCAGCTGCATTTACCGCAGGTG...CAGGTTTTAGCTGACGCTGTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CACGCCTGGTCCTGGGTAAGTTTGGTGACCTGACCGACAACTTCTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104620 CACGCCTGGTCCTGGGTAAGTTTGGTGACCTGACCGACAACTTCTCCTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CCTCACGCTCGCAGAAAAGTGCTGGCTGGAGTCGTCATGACAACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104670 CCTCACGCTCGCAGAAAAGTGCTGGCTGGAGTCGTCATGACAACAGGTA.

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079      GCACAGATGTTAAAGATGCCAAGGTGATAAGTGTTTCTACAGGAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104720 ..CAGGCACAGATGTTAAAGATGCCAAGGTGATAAGTGTTTCTACAGGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CAAAATGTATTAATGGTGAATACATGAGTGATCGTGGCCTTGCATTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106901 CAAAATGTATTAATGGTGAATACATGAGTGATCGTGGCCTTGCATTAAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GACTGCCATGCAGAAATAATATCTCGGAGATCCTTGCTCAGATTTCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106951 GACTGCCATGCAGAAATAATATCTCGGAGATCCTTGCTCAGATTTCTTTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TACACAACTTGAGCTTTACTTAAA         TAACAAAGATGATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107001 TACACAACTTGAGCTTTACTTAAAGTA...CAGTAACAAAGATGATCAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 AAAGATCCATCTTTCAGAAATCAGAGCGAGGGGGGTTTAGGCTGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107650 AAAGATCCATCTTTCAGAAATCAGAGCGAGGGGGGTTTAGGCTGAAGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 AATGTCCAGTTTCATCTGTACATCAGCACCTCTCCCTGTGGAGATGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107700 AATGTCCAGTTTCATCTGTACATCAGCACCTCTCCCTGTGGAGATGCCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 AATCTTCTCACCACATGAGCCAATCCTGGAAG         GGTCTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107750 AATCTTCTCACCACATGAGCCAATCCTGGAAGGTA...CAGGGTCTCGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 CTTACACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCATGGCTCACTGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108754 CTTACACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCATGGCTCACTGCAGCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 CGACCTCCTGGGCTCTTAAGCGATCCTTCCACCTCAACCTTCCAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108804 CGACCTCCTGGGCTCTTAAGCGATCCTTCCACCTCAACCTTCCAAGGAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 TGGGACTACAG         AACCAGCAGATAGACACCCAAATCGTAAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108854 TGGGACTACAGGCA...TAGAACCAGCAGATAGACACCCAAATCGTAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 CAAGAGGACAGCTACGGACCAAAATAGAGTCTGGTGAGGGGACGATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109224 CAAGAGGACAGCTACGGACCAAAATAGAGTCTGGTGAGGGGACGATTCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 GTGCGCTCCAATGCGAGCATCCAAACGTGGGACGGGGTGCTGCAAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109274 GTGCGCTCCAATGCGAGCATCCAAACGTGGGACGGGGTGCTGCAAGGGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 GCGGCTGCTCACCATGTCCTGCAGTGACAAGATTGCACG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 109324 GCGGCTGCTCACCATGTCCTGCAGTGACAAGATTGCACGGTA...CAGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 GGAACGTGGTGGGCATCCAGGGATCCCTGCTCAGCATTTTCGTGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128828 GGAACGTGGTGGGCATCCAGGGATCCCTGCTCAGCATTTTCGTGGAGCCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 ATTTACTTCTCGAGCATCATCCTGGGCAGCCTTTACCACGGGGACCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128878 ATTTACTTCTCGAGCATCATCCTGGGCAGCCTTTACCACGGGGACCACCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 TTCCAGGGCCATGTACCAGCGGATCTCCAACATAGAGGACCTGCCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128928 TTCCAGGGCCATGTACCAGCGGATCTCCAACATAGAGGACCTGCCACCTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 TCTACACCCTCAACAAGCCTTTGCTCAGTG         GCATCAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 128978 TCTACACCCTCAACAAGCCTTTGCTCAGTGGCA...CAGGCATCAGCAAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 GCAGAAGCACGGCAGCCAGGGAAGGCCCCCAACTTCAGTGTCAACTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145118 GCAGAAGCACGGCAGCCAGGGAAGGCCCCCAACTTCAGTGTCAACTGGAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 GGTAGGCGACTCCGCTATTGAGGTCATCAACGCCACGACTGGGAAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145168 GGTAGGCGACTCCGCTATTGAGGTCATCAACGCCACGACTGGGAAGGATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 AGCTGGGCCGCGCGTCCCGCCTGTGTAAGCACGCGTTGTACTGTCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145218 AGCTGGGCCGCGCGTCCCGCCTGTGTAAGCACGCGTTGTACTGTCGCTGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 ATGCGTGTGCACGGCAAG         GTTCCCTCCCACTTACTACGCTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 145268 ATGCGTGTGCACGGCAAGGTA...CAGGTTCCCTCCCACTTACTACGCTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 CAAGATTACCAAGCCCAACGTGTACCATGAGTCCAAGCTGGCGGCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146312 CAAGATTACCAAGCCCAACGTGTACCATGAGTCCAAGCTGGCGGCAAAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 AGTACCAGGCCGCCAAGGCGCGTCTGTTCACAGCCTTCATCAAGGCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146362 AGTACCAGGCCGCCAAGGCGCGTCTGTTCACAGCCTTCATCAAGGCGGGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 CTGGGGGCCTGGGTGGAGAAGCCCACCGAGCAGGACCAGTTCTCACTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146412 CTGGGGGCCTGGGTGGAGAAGCCCACCGAGCAGGACCAGTTCTCACTCAC

   2300 
   2220 GCCC
        ||||
 146462 GCCC