seq1 = pF1KB4740.tfa, 2610 bp
seq2 = pF1KB4740/gi568815582f_69687011.tfa (gi568815582f:69687011_70039937), 352927 bp

>pF1KB4740 2610
>gi568815582f:69687011_70039937 (Chr16)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-218  (111672-111819)   100% ->
219-340  (112164-112285)   100% ->
341-478  (153116-153253)   100% ->
479-575  (155014-155110)   100% ->
576-703  (184794-184921)   100% ->
704-914  (201029-201239)   100% ->
915-1004  (221751-221840)   100% ->
1005-1179  (230699-230873)   100% ->
1180-1234  (238420-238474)   100% ->
1235-1316  (242438-242519)   98% ->
1317-1445  (243120-243248)   100% ->
1446-1521  (244142-244217)   100% ->
1522-1593  (244499-244570)   100% ->
1594-1682  (244792-244880)   100% ->
1683-1842  (246960-247119)   99% ->
1843-1976  (248843-248976)   100% ->
1977-2117  (249302-249442)   99% ->
2118-2238  (250108-250228)   100% ->
2239-2343  (250538-250642)   100% ->
2344-2440  (252017-252113)   100% ->
2441-2513  (252331-252403)   100% ->
2514-2610  (252831-252927)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATCTGCCAGCTCTAGCCGGGCAGGAGTGGCCCTGCCTTTTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCATCTGCCAGCTCTAGCCGGGCAGGAGTGGCCCTGCCTTTTGAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCTCAGCTCACTTTGAAAG         TGGTGTCCGCAAAGCCCAAGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 GTCTCAGCTCACTTTGAAAGGTG...CAGTGGTGTCCGCAAAGCCCAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCATAATCGTCAACCTCGAATTAACTCCTACGTGGAGGTGGCGGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111693 TGCATAATCGTCAACCTCGAATTAACTCCTACGTGGAGGTGGCGGTGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGACTCCCCAGTGAGACCAAGAAGACTGGGAAGCGCATTGGGAGCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111743 GGACTCCCCAGTGAGACCAAGAAGACTGGGAAGCGCATTGGGAGCTCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTTCTCTGGAATGAGATCATCATTTT         GAATGTCACGGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 111793 GCTTCTCTGGAATGAGATCATCATTTTGTA...CAGGAATGTCACGGCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAGTCATTTAGATTTAAAGGTCTGGAGCTGCCATACCTTGAGAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112178 AGAGTCATTTAGATTTAAAGGTCTGGAGCTGCCATACCTTGAGAAATGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGCTAGGCACCGCATCTGTCAACCTCTCCAACGTCTTGAAGAACAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112228 CTGCTAGGCACCGCATCTGTCAACCTCTCCAACGTCTTGAAGAACAATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGCAAAA         TGGAGAACATGCAGCTGACCCTGAACCTGCAGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 112278 GGGCAAAAGTA...CAGTGGAGAACATGCAGCTGACCCTGAACCTGCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGGAGAACAAAGGCAGCGTTGTCTCAGGCGGAGAGCTGACAATTTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153149 CGGAGAACAAAGGCAGCGTTGTCTCAGGCGGAGAGCTGACAATTTTCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACGGGCCAACTGTTGATCTGGGAAATGTGCCTAATGGCAGTGCCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153199 GACGGGCCAACTGTTGATCTGGGAAATGTGCCTAATGGCAGTGCCCTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGATG         GATCACAGCTGCCTTCGAGAGACTCCAGTGGAACAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153249 AGATGGTG...TAGGATCACAGCTGCCTTCGAGAGACTCCAGTGGAACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGTAGCTCCAGAGAACCGGCACCAGCCCCCCAGCACAAACTGCTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155050 CAGTAGCTCCAGAGAACCGGCACCAGCCCCCCAGCACAAACTGCTTTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGAAGATCCCG         GACGCACAGACATTCGGGTGCTTCAGCCAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 155100 GGAAGATCCCGGTA...CAGGACGCACAGACATTCGGGTGCTTCAGCCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AACAACCCCAGCAACCGGCGAGCAAAGCCCCGGTGCTCGGAGCCGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184824 AACAACCCCAGCAACCGGCGAGCAAAGCCCCGGTGCTCGGAGCCGGCACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCCAGCCCGTCAAGAACTCAGGCCACAGTGGCTTGGCCAATGGCACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 184874 GCCAGCCCGTCAAGAACTCAGGCCACAGTGGCTTGGCCAATGGCACAGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    704        TGAATGATGAACCCACAACAGCCACTGATCCCGAAGAACCTTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184924 G...CAGTGAATGATGAACCCACAACAGCCACTGATCCCGAAGAACCTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CGTTGTTGGTGTGACGTCCCCACCTGCTGCACCCTTGAGTGTGACCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201072 CGTTGTTGGTGTGACGTCCCCACCTGCTGCACCCTTGAGTGTGACCCCGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATCCCAACACGACTTCTCTCCCTGCCCCAGCCACACCGGCTGAAGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201122 ATCCCAACACGACTTCTCTCCCTGCCCCAGCCACACCGGCTGAAGGAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAACCCAGCACTTCGGGTACACAGCAGCTCCCAGCGGCTGCCCAGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201172 GAACCCAGCACTTCGGGTACACAGCAGCTCCCAGCGGCTGCCCAGGCCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGACGCTCTGCCTGCTGG         ATGGGAACAGCGAGAGCTGCCCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 201222 CGACGCTCTGCCTGCTGGGTG...CAGATGGGAACAGCGAGAGCTGCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACGGACGTGTCTATTATGTTGACCACAATACCAAGACCACCACCTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221774 ACGGACGTGTCTATTATGTTGACCACAATACCAAGACCACCACCTGGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CGGCCCCTTCCTCCAGG         CTGGGAAAAACGCACAGATCCCCG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 221824 CGGCCCCTTCCTCCAGGGTA...CAGCTGGGAAAAACGCACAGATCCCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGGCAGGTTTTACTATGTGGATCACAATACTCGGACCACCACCTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230723 AGGCAGGTTTTACTATGTGGATCACAATACTCGGACCACCACCTGGCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GTCCGACCGCGGAGTACGTGCGCAACTATGAGCAGTGGCAGTCGCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230773 GTCCGACCGCGGAGTACGTGCGCAACTATGAGCAGTGGCAGTCGCAGCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AATCAGCTCCAGGGGGCCATGCAGCACTTCAGCCAAAGATTCCTCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230823 AATCAGCTCCAGGGGGCCATGCAGCACTTCAGCCAAAGATTCCTCTACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 G         TCTTCGAGTGCTTCGACTGACCATGATCCCCTGGGCCCCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230873 GGTG...TAGTCTTCGAGTGCTTCGACTGACCATGATCCCCTGGGCCCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCCCTCCTGGCTGGG         AGAAAAGACAGGACAATGGACGGGTG
        |||||||||||||||>>>...>>>|||| |||||||||||||||||||||
 238460 TCCCTCCTGGCTGGGGTA...CAGAGAAGAGACAGGACAATGGACGGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TATTACGTGAACCATAACACTCGCACGACCCAGTGGGAGGATCCCCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242464 TATTACGTGAACCATAACACTCGCACGACCCAGTGGGAGGATCCCCGGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCAGGG         GATGATCCAGGAACCAGCTCTGCCCCCAGGATGGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242514 CCAGGGGTA...CAGGATGATCCAGGAACCAGCTCTGCCCCCAGGATGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGATGAAATACACCAGCGAGGGGGTGCGATACTTTGTGGACCACAATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243155 AGATGAAATACACCAGCGAGGGGGTGCGATACTTTGTGGACCACAATACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CGCACCACCACCTTTAAGGATCCTCGCCCGGGGTTTGAGTCGGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 243205 CGCACCACCACCTTTAAGGATCCTCGCCCGGGGTTTGAGTCGGGGTA...

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1446    GACGAAGCAAGGTTCCCCTGGTGCTTATGACCGCAGTTTTCGGTGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244139 TAGGACGAAGCAAGGTTCCCCTGGTGCTTATGACCGCAGTTTTCGGTGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGTATCACCAGTTCCGTTTCCTCTGCCAT         TCAAATGCCCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 244189 AGTATCACCAGTTCCGTTTCCTCTGCCATGTG...CAGTCAAATGCCCTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CCTAGCCACGTGAAGATCAGCGTTTCCAGGCAGACGCTTTTCGAAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244511 CCTAGCCACGTGAAGATCAGCGTTTCCAGGCAGACGCTTTTCGAAGATTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CTTCCAACAG         ATCATGAACATGAAACCCTATGACCTGCGCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 244561 CTTCCAACAGGTT...CAGATCATGAACATGAAACCCTATGACCTGCGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 GCCGGCTCTACATCATCATGCGTGGCGAGGAGGGCCTGGACTATGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244823 GCCGGCTCTACATCATCATGCGTGGCGAGGAGGGCCTGGACTATGGGGGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 ATCGCCAG         AGAGTGGTTTTTCCTCCTGTCTCACGAGGTGCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||| ||||||||
 244873 ATCGCCAGGTG...CAGAGAGTGGTTTTTCCTCCTGTCTCATGAGGTGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CAACCCTATGTATTGTTTATTTGAATATGCCGGAAAGAACAATTACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246993 CAACCCTATGTATTGTTTATTTGAATATGCCGGAAAGAACAATTACTGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TGCAGATCAACCCCGCCTCCTCCATCAACCCGGACCACCTCACCTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247043 TGCAGATCAACCCCGCCTCCTCCATCAACCCGGACCACCTCACCTACTTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CGCTTTATAGGCAGATTCATCGCCATG         GCGCTGTACCATGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 247093 CGCTTTATAGGCAGATTCATCGCCATGGTA...CAGGCGCTGTACCATGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 AAAGTTCATCGACACGGGCTTCACCCTCCCTTTCTACAAGCGGATGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248857 AAAGTTCATCGACACGGGCTTCACCCTCCCTTTCTACAAGCGGATGCTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 ATAAGAGACCAACCCTGAAAGACCTGGAGTCCATTGACCCTGAGTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248907 ATAAGAGACCAACCCTGAAAGACCTGGAGTCCATTGACCCTGAGTTCTAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 AACTCCATTGTCTGGATCAA         AGAGAACAACCTGGAAGAATG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 248957 AACTCCATTGTCTGGATCAAGTG...CAGAGAGAACAACCTGGAAGAATG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 TGGCCTGGAGCTGTACTTCATCCAGGACATGGAGATACTGGGCAAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249323 TGGCCTGGAGCTGTACTTCATCCAGGACATGGAGATACTGGGCAAGGTGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 CGACCCACGAGCTGAAGGAGGGCGGCGAGAGCATCCGGGTCACGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 249373 CGACCCACGAGCTGAAGGAGGGCGGCGAGAGCATCCGGGTCACAGAGGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 AACAAGGAAGAGTACATCAT         GCTGCTGACTGACTGGCGTTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 249423 AACAAGGAAGAGTACATCATGTG...CAGGCTGCTGACTGACTGGCGTTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 CACCCGAGGCGTGGAAGAGCAGACCAAAGCCTTCCTGGATGGCTTCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250129 CACCCGAGGCGTGGAAGAGCAGACCAAAGCCTTCCTGGATGGCTTCAACG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 AGGTGGCCCCGCTGGAGTGGCTGCGCTACTTTGACGAGAAAGAGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250179 AGGTGGCCCCGCTGGAGTGGCTGCGCTACTTTGACGAGAAAGAGCTGGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239          CTGATGCTGTGCGGCATGCAGGAGATAGACATGAGCGACTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250229 GTG...CAGCTGATGCTGTGCGGCATGCAGGAGATAGACATGAGCGACTG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 GCAGAAGAGCACCATCTACCGGCACTACACCAAGAACAGCAAGCAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250579 GCAGAAGAGCACCATCTACCGGCACTACACCAAGAACAGCAAGCAGATCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 AGTGGTTCTGGCAG         GTGGTGAAGGAGATGGACAACGAGAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 250629 AGTGGTTCTGGCAGGTG...CAGGTGGTGAAGGAGATGGACAACGAGAAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 AGGATCCGGCTGCTGCAGTTTGTCACCGGTACCTGCCGCCTGCCCGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252044 AGGATCCGGCTGCTGCAGTTTGTCACCGGTACCTGCCGCCTGCCCGTCGG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2421 GGGATTTGCCGAACTCATCG         GTAGCAACGGACCACAGAAGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 252094 GGGATTTGCCGAACTCATCGGTA...CAGGTAGCAACGGACCACAGAAGT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2462 TTTGCATTGACAAAGTTGGCAAGGAAACCTGGCTGCCCAGAAGCCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252352 TTTGCATTGACAAAGTTGGCAAGGAAACCTGGCTGCCCAGAAGCCACACC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 TG         CTTCAACCGTCTGGATCTTCCACCCTACAAGAGCTACGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252402 TGGTG...TAGCTTCAACCGTCTGGATCTTCCACCCTACAAGAGCTACGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2553 ACAGCTGAGAGAGAAGCTGCTGTATGCCATTGAGGAGACCGAGGGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252870 ACAGCTGAGAGAGAAGCTGCTGTATGCCATTGAGGAGACCGAGGGCTTTG

   2800     .
   2603 GACAGGAG
        ||||||||
 252920 GACAGGAG