seq1 = pF1KB4735.tfa, 1152 bp
seq2 = pF1KB4735/gi568815576f_38942931.tfa (gi568815576f:38942931_39187126), 244196 bp

>pF1KB4735 1152
>gi568815576f:38942931_39187126 (Chr22)

12-171  (135996-136155)   100% ->
172-466  (138003-138297)   100% ->
467-581  (138541-138655)   100% ->
582-735  (140801-140954)   100% ->
736-1024  (143349-143637)   100% ->
1025-1147  (144081-144202)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     12 CTTCAGAAACACAGTGGAGCGAATGTATCGAGACACATTCTCCTACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135996 CTTCAGAAACACAGTGGAGCGAATGTATCGAGACACATTCTCCTACAACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     62 TTTATAATAGACCCATCCTTTCTCGTCGGAATACCGTCTGGCTGTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136046 TTTATAATAGACCCATCCTTTCTCGTCGGAATACCGTCTGGCTGTGCTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    112 GAAGTGAAAACAAAGGGTCCCTCAAGGCCCCCTTTGGACGCAAAGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136096 GAAGTGAAAACAAAGGGTCCCTCAAGGCCCCCTTTGGACGCAAAGATCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    162 TCGAGGCCAG         GTGTATTCCGAACTTAAGTACCACCCAGAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 136146 TCGAGGCCAGGTA...CAGGTGTATTCCGAACTTAAGTACCACCCAGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    203 TGAGATTCTTCCACTGGTTCAGCAAGTGGAGGAAGCTGCATCGTGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138034 TGAGATTCTTCCACTGGTTCAGCAAGTGGAGGAAGCTGCATCGTGACCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    253 GAGTATGAGGTCACCTGGTACATATCCTGGAGCCCCTGCACAAAGTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138084 GAGTATGAGGTCACCTGGTACATATCCTGGAGCCCCTGCACAAAGTGTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    303 AAGGGATATGGCCACGTTCCTGGCCGAGGACCCGAAGGTTACCCTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138134 AAGGGATATGGCCACGTTCCTGGCCGAGGACCCGAAGGTTACCCTGACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    353 TCTTTGTTGCCCGCCTCTACTACTTCTGGGACCCAGATTACCAGGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138184 TCTTTGTTGCCCGCCTCTACTACTTCTGGGACCCAGATTACCAGGAGGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    403 CTTCGCAGCCTGTGTCAGAAAAGAGACGGTCCGCGTGCCACCATGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138234 CTTCGCAGCCTGTGTCAGAAAAGAGACGGTCCGCGTGCCACCATGAAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    453 CATGAATTATGACG         AATTTCAGCACTGTTGGAGCAAGTTCG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 138284 CATGAATTATGACGGTG...TAGAATTTCAGCACTGTTGGAGCAAGTTCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    494 TGTACAGCCAAAGAGAGCTATTTGAGCCTTGGAATAATCTGCCTAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138568 TGTACAGCCAAAGAGAGCTATTTGAGCCTTGGAATAATCTGCCTAAATAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    544 TATATATTACTGCACATCATGCTGGGGGAGATTCTCAG         ACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 138618 TATATATTACTGCACATCATGCTGGGGGAGATTCTCAGGTG...CAGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    585 CTCGATGGATCCACCCACATTCACTTTCAACTTTAACAATGAACCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140804 CTCGATGGATCCACCCACATTCACTTTCAACTTTAACAATGAACCTTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    635 TCAGAGGACGGCATGAGACTTACCTGTGTTATGAGGTGGAGCGCATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140854 TCAGAGGACGGCATGAGACTTACCTGTGTTATGAGGTGGAGCGCATGCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    685 AATGACACCTGGGTCCTGCTGAACCAGCGCAGGGGCTTTCTATGCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140904 AATGACACCTGGGTCCTGCTGAACCAGCGCAGGGGCTTTCTATGCAACCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    735 G         GCTCCACATAAACACGGTTTCCTTGAAGGCCGCCATGCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140954 GGTG...TAGGCTCCACATAAACACGGTTTCCTTGAAGGCCGCCATGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    776 AGCTGTGCTTCCTGGACGTGATTCCCTTTTGGAAGCTGGACCTGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143389 AGCTGTGCTTCCTGGACGTGATTCCCTTTTGGAAGCTGGACCTGGACCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    826 GACTACAGGGTTACCTGCTTCACCTCCTGGAGCCCCTGCTTCAGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143439 GACTACAGGGTTACCTGCTTCACCTCCTGGAGCCCCTGCTTCAGCTGTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    876 CCAGGAAATGGCTAAATTCATTTCAAAAAACAAACACGTGAGCCTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143489 CCAGGAAATGGCTAAATTCATTTCAAAAAACAAACACGTGAGCCTGTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    926 TCTTCACTGCCCGCATCTATGATGATCAAGGAAGATGTCAGGAGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143539 TCTTCACTGCCCGCATCTATGATGATCAAGGAAGATGTCAGGAGGGGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    976 CGCACCCTGGCCGAGGCTGGGGCCAAAATTTCAATAATGACATACAGTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 143589 CGCACCCTGGCCGAGGCTGGGGCCAAAATTTCAATAATGACATACAGTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1025         AATTTAAGCACTGCTGGGACACCTTTGTGGACCACCAGGGAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143639 TG...CAGAATTTAAGCACTGCTGGGACACCTTTGTGGACCACCAGGGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1067 GTCCCTTCCAGCCCTGGGATGGACTAGATGAGCACAGCCAAGACCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144123 GTCCCTTCCAGCCCTGGGATGGACTAGATGAGCACAGCCAAGACCTGAGT

   1150     .    :    .    :    .    :
   1117 GGGAGGCTGCGGGCCATTCTCCAGAATCAGG
        |||||||||||||||||||||||| -| |||
 144173 GGGAGGCTGCGGGCCATTCTCCAGG TGAGG