seq1 = pF1KB4702.tfa, 1722 bp
seq2 = pF1KB4702/gi568815593r_65491772.tfa (gi568815593r:65491772_65724274), 232503 bp

>pF1KB4702 1722
>gi568815593r:65491772_65724274 (Chr5)

(complement)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-244  (106020-106182)   100% ->
245-366  (110056-110177)   100% ->
367-645  (112394-112672)   100% ->
646-828  (113232-113414)   100% ->
829-1044  (114817-115032)   100% ->
1045-1179  (119230-119364)   100% ->
1180-1309  (127095-127224)   100% ->
1310-1420  (127744-127854)   100% ->
1421-1545  (129630-129754)   100% ->
1546-1722  (132327-132503)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTACCCTGGTTGTAAACAAGCTCGGAGCGGGAGTAGACAGTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTACCCTGGTTGTAAACAAGCTCGGAGCGGGAGTAGACAGTGGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGGCAGCCGGGGGACAGCTGTAGTGAAG         GTGCTAGAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 GCAGGGCAGCCGGGGGACAGCTGTAGTGAAGGTG...TAGGTGCTAGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGGAGTTTGTGAAGATGTCTTTTCTTTGCAAGGAGACAAAGTTCCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106030 GTGGAGTTTGTGAAGATGTCTTTTCTTTGCAAGGAGACAAAGTTCCCCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTTTGCTTTGTGGCCATACCGTCTGTCATGACTGTCTCACTCGCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106080 CTTTTGCTTTGTGGCCATACCGTCTGTCATGACTGTCTCACTCGCCTACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTTCATGGAAGAGCAATCCGTTGCCCATTTGATCGACAAGTAACAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106130 TCTTCATGGAAGAGCAATCCGTTGCCCATTTGATCGACAAGTAACAGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAG         GTGATTCAGGTGTCTGGGGATTGAAAAAAAATTTTGCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106180 TAGGTA...TAGGTGATTCAGGTGTCTGGGGATTGAAAAAAAATTTTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTATTGGAGCTTTTGGAACGACTGCAGAATGGGCCTATTGGTCAGTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110094 TTATTGGAGCTTTTGGAACGACTGCAGAATGGGCCTATTGGTCAGTATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGCTGCAGAAGAATCCATTGGGATATCTGGAGAG         AGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 110144 AGCTGCAGAAGAATCCATTGGGATATCTGGAGAGGTA...CAGAGCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTCGTTGTGATGAAGATGAAGCTCACCTTGCCTCTGTATATTGCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112401 TTCGTTGTGATGAAGATGAAGCTCACCTTGCCTCTGTATATTGCACTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTGCAACTCATTTGTGCTCTGAGTGTTCTCAAGTTACTCATTCTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112451 TGTGCAACTCATTTGTGCTCTGAGTGTTCTCAAGTTACTCATTCTACAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GACATTAGCAAAGCACAGGCGAGTTCCTCTAGCTGATAAACCTCATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112501 GACATTAGCAAAGCACAGGCGAGTTCCTCTAGCTGATAAACCTCATGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAACTATGTGCTCTCAGCACCAGGTGCATGCCATTGAGTTTGTTTGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112551 AAACTATGTGCTCTCAGCACCAGGTGCATGCCATTGAGTTTGTTTGCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAAGAAGGTTGTCAAACTAGCCCACTCATGTGCTGTGTCTGCAAAGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112601 GAAGAAGGTTGTCAAACTAGCCCACTCATGTGCTGTGTCTGCAAAGAATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGGAAAACACCAGGGTCACAAG         CATTCAGTATTGGAACCAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 112651 TGGAAAACACCAGGGTCACAAGGTA...TAGCATTCAGTATTGGAACCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGCTAATCAGATCCGAGCATCAATTTTAGATATGGCTCACTGCATACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113251 AAGCTAATCAGATCCGAGCATCAATTTTAGATATGGCTCACTGCATACGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACCTTCACAGAGGAAATCTCAGATTATTCCAGAAAATTAGTTGGAATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113301 ACCTTCACAGAGGAAATCTCAGATTATTCCAGAAAATTAGTTGGAATTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCAGCACATTGAAGGAGGAGAACAAATCGTGGAAGATGGAATTGGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113351 GCAGCACATTGAAGGAGGAGAACAAATCGTGGAAGATGGAATTGGAATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTCACACAGAACAT         GTACCAGGGACTGCAGAGAATGCCCGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 113401 CTCACACAGAACATGTA...TAGGTACCAGGGACTGCAGAGAATGCCCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCATGTATTCGAGCTTATTTTTATGATCTACATGAAACTCTGTGTCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114844 TCATGTATTCGAGCTTATTTTTATGATCTACATGAAACTCTGTGTCGTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGAAGAAATGGCTCTAAGTGTTGTTGATGCTCATGTTCGTGAAAAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114894 AGAAGAAATGGCTCTAAGTGTTGTTGATGCTCATGTTCGTGAAAAATTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTTGGCTCAGGCAGCAACAAGAAGATATGACTATTTTGTTGTCAGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114944 TTTGGCTCAGGCAGCAACAAGAAGATATGACTATTTTGTTGTCAGAGGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TCTGCAGCCTGCCTCCACTGTGAAAAGACTTTGCAGCAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 114994 TCTGCAGCCTGCCTCCACTGTGAAAAGACTTTGCAGCAGGTA...TAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGATTGTAGAGTTGTCTTGGCAAAACAGGAAATTACAAGGTTACTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119232 TGATTGTAGAGTTGTCTTGGCAAAACAGGAAATTACAAGGTTACTGGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CATTGCAGAAACAGCAGCAGCAGTTTACAGAAGTTGCAGATCACATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119282 CATTGCAGAAACAGCAGCAGCAGTTTACAGAAGTTGCAGATCACATTCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TTGGATGCCAGCATCCCTGTCACTTTTACAAAG         GATAATCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 119332 TTGGATGCCAGCATCCCTGTCACTTTTACAAAGGTA...TAGGATAATCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AGTTCACATTGGACCAAAAATGGAAATTCGGGTCGTTACGTTAGGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127103 AGTTCACATTGGACCAAAAATGGAAATTCGGGTCGTTACGTTAGGATTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ATGGTGCTGGAAAAACTACTATCTTGTTTAAGTTAAAACAGGATGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127153 ATGGTGCTGGAAAAACTACTATCTTGTTTAAGTTAAAACAGGATGAATTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 ATGCAGCCCATTCCAACAATTG         GTTTTAACGTGGAAACTGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 127203 ATGCAGCCCATTCCAACAATTGGTA...CAGGTTTTAACGTGGAAACTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AGAATATAAAAATCTAAAATTCACTATTTGGGATGTAGGTGGAAAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127763 AGAATATAAAAATCTAAAATTCACTATTTGGGATGTAGGTGGAAAACACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AATTAAGACCATTGTGGAAACATTATTACCTCAATACTCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 127813 AATTAAGACCATTGTGGAAACATTATTACCTCAATACTCAAGGTG...TA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1421  CTGTTGTGTTTGTTGTAGATAGCAGTCATAGAGACAGAATTAGTGAAGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129629 GCTGTTGTGTTTGTTGTAGATAGCAGTCATAGAGACAGAATTAGTGAAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 ACACAGCGAACTTGCAAAGTTGTTAACGGAAAAAGAACTCCGAGATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129679 ACACAGCGAACTTGCAAAGTTGTTAACGGAAAAAGAACTCCGAGATGCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TGCTCCTGATTTTTGCTAACAAACAG         GATGTTGCTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 129729 TGCTCCTGATTTTTGCTAACAAACAGGTA...CAGGATGTTGCTGGAGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CTGTCAGTAGAAGAAATCACTGAACTACTCAGTCTCCATAAATTATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132342 CTGTCAGTAGAAGAAATCACTGAACTACTCAGTCTCCATAAATTATGCTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TGGCCGTAGCTGGTATATTCAGGGCTGTGATGCTCGAAGTGGTATGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132392 TGGCCGTAGCTGGTATATTCAGGGCTGTGATGCTCGAAGTGGTATGGGAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TGTATGAAGGGTTGGACTGGCTCTCACGGCAACTTGTAGCTGCTGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132442 TGTATGAAGGGTTGGACTGGCTCTCACGGCAACTTGTAGCTGCTGGAGTA

   1800     .    :
   1711 TTGGATGTTGCT
        ||||||||||||
 132492 TTGGATGTTGCT