seq1 = pF1KB4674.tfa, 1176 bp
seq2 = pF1KB4674/gi568815592f_80006797.tfa (gi568815592f:80006797_80443801), 437005 bp

>pF1KB4674 1176
>gi568815592f:80006797_80443801 (Chr6)

1-196  (99898-100093)   100% ->
197-274  (120751-120828)   100% ->
275-343  (122365-122433)   100% ->
344-477  (160882-161015)   100% ->
478-633  (162079-162234)   100% ->
634-742  (164486-164594)   100% ->
743-840  (194138-194235)   100% ->
841-951  (196306-196416)   100% ==
1036-1176  (336865-337005)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGTTGTAGCGGCGGCTGCCGGCTGGCTACTCAGGCTCAGGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99898 ATGGCGGTTGTAGCGGCGGCTGCCGGCTGGCTACTCAGGCTCAGGGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGGGCTGAGGGGCACTGGCGTCGGCTTCCTGGCGCGGGGCTGGCGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99948 AGGGGCTGAGGGGCACTGGCGTCGGCTTCCTGGCGCGGGGCTGGCGCGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTTTTTGCACCCCGCCGCGACTGTCGAGGATGCGGCCCAGAGGCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 GCTTTTTGCACCCCGCCGCGACTGTCGAGGATGCGGCCCAGAGGCGGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGCTCATTTTACTTTCCAGCCAGATCCGGAGCCCCGGGAGTACG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100048 GTGGCTCATTTTACTTTCCAGCCAGATCCGGAGCCCCGGGAGTACGGTG.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    197      GGCAAACTCAGAAAATGAATCTTTTCCAGTCTGTAACAAGTGCCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 ..CAGGGCAAACTCAGAAAATGAATCTTTTCCAGTCTGTAACAAGTGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGATAACTCATTGGCCAAAGATCCTACTGCAG         TAATATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120796 TGGATAACTCATTGGCCAAAGATCCTACTGCAGGTA...CAGTAATATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGTGAAGATGTTGCCTTTGGTGGAGTCTTTAGATGCACTGTTGGCTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122373 GGTGAAGATGTTGCCTTTGGTGGAGTCTTTAGATGCACTGTTGGCTTGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGACAAATATG         GAAAAGATAGAGTTTTTAATACCCCATTGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 122423 AGACAAATATGGTA...AAGGAAAAGATAGAGTTTTTAATACCCCATTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGAACAAGGAATTGTTGGATTTGGAATCGGAATTGCGGTCACTGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160912 GTGAACAAGGAATTGTTGGATTTGGAATCGGAATTGCGGTCACTGGAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACTGCCATTGCGGAAATTCAGTTTGCAGATTATATTTTCCCTGCATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160962 ACTGCCATTGCGGAAATTCAGTTTGCAGATTATATTTTCCCTGCATTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCAG         ATTGTTAATGAAGCTGCCAAGTATCGCTATCGCTCTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161012 TCAGGTA...CAGATTGTTAATGAAGCTGCCAAGTATCGCTATCGCTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGGATCTTTTTAACTGTGGAAGCCTCACTATCCGGTCCCCTTGGGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162116 GGGATCTTTTTAACTGTGGAAGCCTCACTATCCGGTCCCCTTGGGGCTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTTGGTCATGGGGCTCTCTATCATTCTCAGAGTCCTGAAGCATTTTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162166 GTTGGTCATGGGGCTCTCTATCATTCTCAGAGTCCTGAAGCATTTTTTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCATTGCCCAGGAATCAAG         GTGGTTATACCCAGAAGCCCTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 162216 CCATTGCCCAGGAATCAAGGTA...CAGGTGGTTATACCCAGAAGCCCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCCAGGCCAAAGGACTTCTTTTGTCATGCATAGAGGATAAAAATCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164508 TCCAGGCCAAAGGACTTCTTTTGTCATGCATAGAGGATAAAAATCCTTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATATTTTTTGAACCTAAAATACTTTACAGGGCAGCAG         CGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 164558 ATATTTTTTGAACCTAAAATACTTTACAGGGCAGCAGGTA...TAGCGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGAAGTCCCTATAGAACCATACAACATCCCACTGTCCCAGGCCGAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194142 AGAAGTCCCTATAGAACCATACAACATCCCACTGTCCCAGGCCGAAGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TACAGGAAGGGAGTGATGTTACTCTAGTTGCCTGGGGCACTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 194192 TACAGGAAGGGAGTGATGTTACTCTAGTTGCCTGGGGCACTCAGGTG...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    841    GTTCATGTGATCCGAGAGGTAGCTTCCATGGCAAAAGAAAAGCTTGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196303 CAGGTTCATGTGATCCGAGAGGTAGCTTCCATGGCAAAAGAAAAGCTTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGTGTCTTGTGAAGTCATTGATCTGAGGACTATAATACCTTGGGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196353 AGTGTCTTGTGAAGTCATTGATCTGAGGACTATAATACCTTGGGATGTGG

   1000     .    :
    938 ACACAATTTGTAAG
        ||||||||||||||
 196403 ACACAATTTGTAAG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1036 CAGGAGGAATGTTTCTTGAACCTAGAGGCTCCTATATCAAGAGTATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 336865 CAGGAGGAATGTTTCTTGAACCTAGAGGCTCCTATATCAAGAGTATGTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1086 TTATGACACACCATTTCCTCACATTTTTGAACCATTCTACATCCCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 336915 TTATGACACACCATTTCCTCACATTTTTGAACCATTCTACATCCCAGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :
   1136 AATGGAAGTGTTATGATGCCCTTCGAAAAATGATCAACTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 336965 AATGGAAGTGTTATGATGCCCTTCGAAAAATGATCAACTAT