seq1 = pF1KB4662.tfa, 1182 bp
seq2 = pF1KB4662/gi568815596f_65127910.tfa (gi568815596f:65127910_65368731), 240822 bp

>pF1KB4662 1182
>gi568815596f:65127910_65368731 (Chr2)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-159  (111943-112053)   100% ->
160-375  (118615-118830)   100% ->
376-448  (123118-123190)   100% ->
449-585  (125819-125955)   100% ->
586-735  (127636-127785)   100% ->
736-881  (133338-133483)   100% ->
882-1014  (137134-137266)   100% ->
1015-1182  (140655-140822)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACAGCCAGGGCAGGAAGGTGGTGGTGTGCGACAACGGCACCGGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGACAGCCAGGGCAGGAAGGTGGTGGTGTGCGACAACGGCACCGGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        TTTGTGAAGTGTGGATATGCAGGCTCTAACTTTCCAGAACACA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...CAGTTTGTGAAGTGTGGATATGCAGGCTCTAACTTTCCAGAACACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTTCCCAGCTTTGGTTGGAAGACCTATTATCAGATCAACCACCAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111986 TCTTCCCAGCTTTGGTTGGAAGACCTATTATCAGATCAACCACCAAAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAAACATTGAAATCAAG         GATCTTATGGTTGGTGATGAGGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 112036 GGAAACATTGAAATCAAGGTA...TAGGATCTTATGGTTGGTGATGAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAGTGAATTACGATCAATGTTAGAAGTTAACTACCCTATGGAAAATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118638 AAGTGAATTACGATCAATGTTAGAAGTTAACTACCCTATGGAAAATGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAGTACGAAATTGGGATGACATGAAACACCTGTGGGACTACACATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118688 TAGTACGAAATTGGGATGACATGAAACACCTGTGGGACTACACATTTGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCAGAGAAACTTAATATAGATACCAGAAATTGTAAAATCTTACTCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118738 CCAGAGAAACTTAATATAGATACCAGAAATTGTAAAATCTTACTCACAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACCTCCTATGAACCCAACCAAAAACAGAGAGAAGATTGTAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 118788 ACCTCCTATGAACCCAACCAAAAACAGAGAGAAGATTGTAGAGGTG...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    376   GTAATGTTTGAAACTTACCAGTTTTCCGGTGTATATGTAGCCATCCAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123116 AGGTAATGTTTGAAACTTACCAGTTTTCCGGTGTATATGTAGCCATCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCAGTTCTGACTTTGTACGCTCAAG         GTTTATTGACTGGTGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 123166 GCAGTTCTGACTTTGTACGCTCAAGGTA...CAGGTTTATTGACTGGTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGTGGTAGACTCTGGAGATGGTGTGACTCACATTTGCCCAGTATATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125835 AGTGGTAGACTCTGGAGATGGTGTGACTCACATTTGCCCAGTATATGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCTTTTCTCTCCCTCATCTTACCAGGAGACTGGATATTGCTGGGAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125885 GCTTTTCTCTCCCTCATCTTACCAGGAGACTGGATATTGCTGGGAGGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATAACTAGATATCTTATCAAG         CTACTTCTGTTGCGAGGATA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 125935 ATAACTAGATATCTTATCAAGGTA...CAGCTACTTCTGTTGCGAGGATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGCCTTCAACCACTCTGCTGATTTTGAAACGGTTCGCATGATTAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127656 CGCCTTCAACCACTCTGCTGATTTTGAAACGGTTCGCATGATTAAAGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AACTGTGTTACGTGGGATATAATATTGAGCAAGAGCAGAAACTGGCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127706 AACTGTGTTACGTGGGATATAATATTGAGCAAGAGCAGAAACTGGCCTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAAACCACAGTATTAGTTGAATCTTATACA         CTCCCAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 127756 GAAACCACAGTATTAGTTGAATCTTATACAGTA...TAGCTCCCAGATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ACGTATCATCAAAGTTGGGGGAGAGAGATTTGAAGCACCAGAAGCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133349 ACGTATCATCAAAGTTGGGGGAGAGAGATTTGAAGCACCAGAAGCTTTAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTCAGCCTCACTTGATCAATGTTGAAGGAGTTGGTGTTGCTGAATTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133399 TTCAGCCTCACTTGATCAATGTTGAAGGAGTTGGTGTTGCTGAATTGCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTAACACAATTCAGGCAGCTGACATTGATACCAG         ATCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 133449 TTTAACACAATTCAGGCAGCTGACATTGATACCAGGTA...TAGATCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ATTCTACAAACACATTGTGCTTTCTGGAGGGTCTACTATGTATCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137140 ATTCTACAAACACATTGTGCTTTCTGGAGGGTCTACTATGTATCCTGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGCCATCACGGTTGGAACGAGAACTTAAACAGCTTTACTTAGAACGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137190 TGCCATCACGGTTGGAACGAGAACTTAAACAGCTTTACTTAGAACGAGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTGAAGGGTGATGTGGAAAAACTTTCT         AAATTTAAGATCCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 137240 TTGAAGGGTGATGTGGAAAAACTTTCTGTA...TAGAAATTTAAGATCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CATTGAAGACCCACCCCGCAGAAAGCACATGGTATTCCTGGGTGGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140669 CATTGAAGACCCACCCCGCAGAAAGCACATGGTATTCCTGGGTGGTGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTCTAGCGGATATCATGAAAGACAAAGACAACTTTTGGATGACCCGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140719 TTCTAGCGGATATCATGAAAGACAAAGACAACTTTTGGATGACCCGACAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGTACCAAGAAAAGGGTGTCCGTGTGCTAGAGAAACTTGGTGTGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140769 GAGTACCAAGAAAAGGGTGTCCGTGTGCTAGAGAAACTTGGTGTGACTGT

   1250 
   1179 TCGA
        ||||
 140819 TCGA