seq1 = pF1KB4637.tfa, 900 bp
seq2 = pF1KB4637/gi568815597f_6514067.tfa (gi568815597f:6514067_6721634), 207568 bp

>pF1KB4637 900
>gi568815597f:6514067_6721634 (Chr1)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-141  (102691-102792)   100% ->
142-676  (105737-106271)   100% ->
677-900  (107345-107568)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTCTGACTCTTGCGCCGCCGCCTTCCACCCGGAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGGACTCTGACTCTTGCGCCGCCGCCTTCCACCCGGAGGTG...TAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ATACTCCCCCAGTTGCAAGAGGCGCAGGACCGTGGAAGACTTCAACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102693 ATACTCCCCCAGTTGCAAGAGGCGCAGGACCGTGGAAGACTTCAACAAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTGCACCTTTGTCTTGGCCTATGCTGGCTACATCCCTTATCCGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102743 TCTGCACCTTTGTCTTGGCCTATGCTGGCTACATCCCTTATCCGAAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142          GAACTCCCTTTAAGGAGCAGCCCCAGCCCTGCTAACAGCAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102793 GTA...TAGGAACTCCCTTTAAGGAGCAGCCCCAGCCCTGCTAACAGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCTGGTACCATTGACAGCGACGGCTGGGACGCGGGTTTCTCAGACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105778 TGCTGGTACCATTGACAGCGACGGCTGGGACGCGGGTTTCTCAGACATCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGTCCTCAGTGCCCTTGCCAGTCTCTGACCGCTGCTTTAGCCACCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105828 CGTCCTCAGTGCCCTTGCCAGTCTCTGACCGCTGCTTTAGCCACCTGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTACTCTCTTGCAGCGAGCCAAGCCCAGTAACTTCCTGCTGGACAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105878 CCTACTCTCTTGCAGCGAGCCAAGCCCAGTAACTTCCTGCTGGACAGAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAAACGGACAAGCTGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAGCGCAGGGACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105928 GAAAACGGACAAGCTGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAGCGCAGGGACAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGCGCCTGGGAAAGAGGGGTACAGGGGGGGCTTGCTGAAGCTGGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105978 ATGCGCCTGGGAAAGAGGGGTACAGGGGGGGCTTGCTGAAGCTGGAAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCTGACCCCTACGTGGAGACCCCCACGAGTCCCACCTTGCAGGATATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106028 GCTGACCCCTACGTGGAGACCCCCACGAGTCCCACCTTGCAGGATATCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCAGGCTCCCAGCGACCCCTGCTCGGGCTGGGACTCCGATACTCCCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106078 CCAGGCTCCCAGCGACCCCTGCTCGGGCTGGGACTCCGATACTCCCTCGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GTGGATCTTGTGCCACTGTGTCACCTGATCAGGTCAAAGAAATAAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106128 GTGGATCTTGTGCCACTGTGTCACCTGATCAGGTCAAAGAAATAAAAACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAAGGCAAACGGACTATCGTCCGGCAGGGAAAGCAGGTGGTGTTCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106178 GAAGGCAAACGGACTATCGTCCGGCAGGGAAAGCAGGTGGTGTTCCGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGAGGACAGCACTGGCAATGATGAGGACATCATGGTGGACTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 106228 TGAGGACAGCACTGGCAATGATGAGGACATCATGGTGGACTCAGGTG...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    677    ATGACGATTCCTGGGACCTCGTGACCTGCTTCTGCATGAAGCCATTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107342 CAGATGACGATTCCTGGGACCTCGTGACCTGCTTCTGCATGAAGCCATTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCCGGCCGCCCCATGATCGAGTGTAATGAGTGCCACACCTGGATTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107392 GCCGGCCGCCCCATGATCGAGTGTAATGAGTGCCACACCTGGATTCACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GTCCTGTGCGAAAATCCGGAAATCCAATGTTCCAGAAGTGTTTGTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107442 GTCCTGTGCGAAAATCCGGAAATCCAATGTTCCAGAAGTGTTTGTCTGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AAAAGTGCCGGGACTCCAAGTTTGACATCCGCCGTTCCAACCGCTCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107492 AAAAGTGCCGGGACTCCAAGTTTGACATCCGCCGTTCCAACCGCTCGCGG

    900     .    :    .    :    .
    874 ACGGGCTCCCGGAAGCTGTTCCTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||
 107542 ACGGGCTCCCGGAAGCTGTTCCTGGAC