seq1 = pF1KB4618.tfa, 2238 bp
seq2 = pF1KB4618/gi568815587f_43975539.tfa (gi568815587f:43975539_44344284), 368746 bp

>pF1KB4618 2238
>gi568815587f:43975539_44344284 (Chr11)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-620  (132145-132710)   100% ->
621-710  (133656-133745)   100% ->
711-827  (138647-138763)   100% ->
828-1023  (149251-149446)   100% ->
1024-1163  (151278-151417)   100% ->
1164-1257  (154507-154600)   100% ->
1258-1389  (196073-196204)   100% ->
1390-1579  (222291-222480)   100% ->
1580-1746  (231255-231421)   100% ->
1747-1890  (256815-256958)   100% ->
1891-2019  (258577-258705)   100% ->
2020-2102  (260755-260837)   100% ->
2103-2238  (268611-268746)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGTGCCTCGCTCTTCTCTGCTCTGGCCACGGTGCTGTGTGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGTGCCTCGCTCTTCTCTGCTCTGGCCACGGTGCTGTGTGAGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGG         GAGTGTGAGGAAGAGGCTGTCTGTGTCATTATGTGTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGGTA...CAGGAGTGTGAGGAAGAGGCTGTCTGTGTCATTATGTGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGTCGGTCAAGTATAATATCCGGGGTCCTGCCCTCATCCCAAGAATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132182 CGTCGGTCAAGTATAATATCCGGGGTCCTGCCCTCATCCCAAGAATGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCAAGCACCGAATCTACTATATCACCCTCTTCTCCATTGTCCTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132232 ACCAAGCACCGAATCTACTATATCACCCTCTTCTCCATTGTCCTCCTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTCATTGCCACTGGCATGTTTCAGTTTTGGCCCCATTCTATCGAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132282 CCTCATTGCCACTGGCATGTTTCAGTTTTGGCCCCATTCTATCGAGTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAAATGACTGGAATGTAGAGAAGCGCAGCATCCGTGATGTGCCGGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132332 CAAATGACTGGAATGTAGAGAAGCGCAGCATCCGTGATGTGCCGGTTGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGGCTGCCAGCCGACAGTCCCATCCCAGAGCGGGGGGATCTCAGTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132382 AGGCTGCCAGCCGACAGTCCCATCCCAGAGCGGGGGGATCTCAGTTGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AATGCACACGTGTTTTGATGTCTATCGCTGTGGCTTCAACCCAAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132432 AATGCACACGTGTTTTGATGTCTATCGCTGTGGCTTCAACCCAAAGAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAATCAAGGTGTATATCTATGCTCTGAAAAAGTACGTGGATGACTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132482 AAATCAAGGTGTATATCTATGCTCTGAAAAAGTACGTGGATGACTTTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTCTCTGTCAGCAACACCATCTCCCGGGAGTATAATGAACTGCTCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132532 GTCTCTGTCAGCAACACCATCTCCCGGGAGTATAATGAACTGCTCATGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATCTCAGACAGTGACTACTACACTGATGACATCAACCGGGCCTGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132582 CATCTCAGACAGTGACTACTACACTGATGACATCAACCGGGCCTGTCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTGTTCCCTCCATCGATGTGCTTAACCAGAACACACTGCGCATCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132632 TTGTTCCCTCCATCGATGTGCTTAACCAGAACACACTGCGCATCAAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACAGCACAAGCGATGGCCCAGCTCTCTAG         GTGGGATCGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 132682 ACAGCACAAGCGATGGCCCAGCTCTCTAGGTA...CAGGTGGGATCGAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TACGAATCACCTGTTGTTCAACATGTTGCCTGGAGGTCCCCCAGATTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133668 TACGAATCACCTGTTGTTCAACATGTTGCCTGGAGGTCCCCCAGATTATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACACAGCCCTGGATGTCCCCAGAGACAG         GGCCCTGTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 133718 ACACAGCCCTGGATGTCCCCAGAGACAGGTA...CAGGGCCCTGTTGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGTGGCGGCTTTTCTACGTGGACTTACCGGCAAGGCTACGATGTCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138660 GGTGGCGGCTTTTCTACGTGGACTTACCGGCAAGGCTACGATGTCAGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TCCTGTCTATAGTCCACTGTCAGCTGAGGTGGATCTTCCAGAGAAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138710 TCCTGTCTATAGTCCACTGTCAGCTGAGGTGGATCTTCCAGAGAAAGGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CAGG         TCCACGGCAATACTTCCTCCTGTCATCTCAGGTGGGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138760 CAGGGTA...TAGTCCACGGCAATACTTCCTCCTGTCATCTCAGGTGGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTCCATCCTGAGTACAGAGAGGACCTAGAAGCCCTCCAGGTCAAACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149288 CTCCATCCTGAGTACAGAGAGGACCTAGAAGCCCTCCAGGTCAAACATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AGAGTCAGTGTTAGTACTCGATAAATGCACCAACCTCTCAGAGGGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149338 AGAGTCAGTGTTAGTACTCGATAAATGCACCAACCTCTCAGAGGGTGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TTTCTGTCCGTAAGCGCTGCCACAAGCACCAGGTCTTCGATTACCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149388 TTTCTGTCCGTAAGCGCTGCCACAAGCACCAGGTCTTCGATTACCCACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GTGCTACAG         GAGGCTACTTTCTGTGTGGTTCTTCGTGGAGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 149438 GTGCTACAGGTG...CAGGAGGCTACTTTCTGTGTGGTTCTTCGTGGAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TCGGCTGGGCCAGGCAGTATTGAGCGATGTGTTACAAGCTGGCTGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151310 TCGGCTGGGCCAGGCAGTATTGAGCGATGTGTTACAAGCTGGCTGTGTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CGGTTGTCATTGCAGACTCCTATATTTTGCCTTTCTCTGAAGTTCTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151360 CGGTTGTCATTGCAGACTCCTATATTTTGCCTTTCTCTGAAGTTCTTGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TGGAAGAG         AGCATCTGTGGTTGTACCAGAAGAAAAGATGTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 151410 TGGAAGAGGTG...CAGAGCATCTGTGGTTGTACCAGAAGAAAAGATGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AGATGTGTACAGTATTTTGCAGAGCATCCCCCAAAGACAGATTGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154540 AGATGTGTACAGTATTTTGCAGAGCATCCCCCAAAGACAGATTGAAGAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGCAGAGACAG         GCCCGGTGGTTCTGGGAAGCGTACTTCCAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 154590 TGCAGAGACAGGTA...TAGGCCCGGTGGTTCTGGGAAGCGTACTTCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TCAATTAAAGCCATTGCCCTGGCCACCCTGCAGATTATCAATGACCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196103 TCAATTAAAGCCATTGCCCTGGCCACCCTGCAGATTATCAATGACCGGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CTATCCATATGCTGCCATCTCCTATGAAGAATGGAATGACCCTCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196153 CTATCCATATGCTGCCATCTCCTATGAAGAATGGAATGACCCTCCTGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TG         AAGTGGGGCAGCGTGAGCAATCCACTCTTCCTCCCGCTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196203 TGGTA...TAGAAGTGGGGCAGCGTGAGCAATCCACTCTTCCTCCCGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ATCCCACCACAGTCTCAAGGGTTCACCGCCATAGTCCTCACCTACGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222330 ATCCCACCACAGTCTCAAGGGTTCACCGCCATAGTCCTCACCTACGACCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 AGTAGAGAGCCTCTTCCGGGTCATCACTGAAGTGTCCAAGGTGCCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222380 AGTAGAGAGCCTCTTCCGGGTCATCACTGAAGTGTCCAAGGTGCCCAGTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TATCCAAACTACTTGTCGTCTGGAATAATCAGAATAAAAACCCTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222430 TATCCAAACTACTTGTCGTCTGGAATAATCAGAATAAAAACCCTCCAGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 G         ATTCTCTCTGGCCCAAAATCCGGGTTCCATTAAAAGTTGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222480 GGTA...CAGATTCTCTCTGGCCCAAAATCCGGGTTCCATTAAAAGTTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GAGGACTGCTGAAAACAAGTTAAGTAACCGTTTCTTCCCTTATGATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231295 GAGGACTGCTGAAAACAAGTTAAGTAACCGTTTCTTCCCTTATGATGAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TCGAGACAGAAGCTGTTCTGGCCATTGATGATGATATCATTATGCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231345 TCGAGACAGAAGCTGTTCTGGCCATTGATGATGATATCATTATGCTGACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 TCTGACGAGCTGCAATTTGGTTATGAG         GTCTGGCGGGAATT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 231395 TCTGACGAGCTGCAATTTGGTTATGAGGTA...TAGGTCTGGCGGGAATT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 TCCTGACCGGTTGGTGGGTTACCCGGGTCGTCTGCATCTCTGGGACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256829 TCCTGACCGGTTGGTGGGTTACCCGGGTCGTCTGCATCTCTGGGACCATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 AGATGAATAAGTGGAAGTATGAGTCTGAGTGGACGAATGAAGTGTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256879 AGATGAATAAGTGGAAGTATGAGTCTGAGTGGACGAATGAAGTGTCCATG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 GTGCTCACTGGGGCAGCTTTTTATCACAAG         TATTTTAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 256929 GTGCTCACTGGGGCAGCTTTTTATCACAAGGTA...CAGTATTTTAATTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 CCTGTATACCTACAAAATGCCTGGGGATATCAAGAACTGGGTAGATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258588 CCTGTATACCTACAAAATGCCTGGGGATATCAAGAACTGGGTAGATGCTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 ATATGAACTGTGAAGATATTGCCATGAACTTCCTGGTGGCCAACGTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258638 ATATGAACTGTGAAGATATTGCCATGAACTTCCTGGTGGCCAACGTCACG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 GGAAAAGCAGTTATCAAG         GTAACCCCACGAAAGAAATTCAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 258688 GGAAAAGCAGTTATCAAGGTA...CAGGTAACCCCACGAAAGAAATTCAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 GTGTCCTGAGTGCACAGCCATAGATGGGCTTTCACTAGACCAAACACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260778 GTGTCCTGAGTGCACAGCCATAGATGGGCTTTCACTAGACCAAACACACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 TGGTGGAGAG         GTCAGAGTGCATCAACAAGTTTGCTTCAGTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 260828 TGGTGGAGAGGTA...CAGGTCAGAGTGCATCAACAAGTTTGCTTCAGTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 TTCGGGACCATGCCTCTCAAGGTGGTGGAACACCGAGCTGACCCTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268642 TTCGGGACCATGCCTCTCAAGGTGGTGGAACACCGAGCTGACCCTGTCCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 GTACAAAGATGACTTTCCTGAGAAGCTGAAGAGCTTCCCCAACATTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268692 GTACAAAGATGACTTTCCTGAGAAGCTGAAGAGCTTCCCCAACATTGGCA

   2350     .
   2234 GCTTA
        |||||
 268742 GCTTA