seq1 = pF1KB4605.tfa, 1416 bp
seq2 = pF1KB4605/gi568815586f_10405903.tfa (gi568815586f:10405903_10607318), 201416 bp

>pF1KB4605 1416
>gi568815586f:10405903_10607318 (Chr12)

1-1416  (100001-101416)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGCGGAGAAGCTGGAGTGACTCTAGGGCAGCCGCATCTTTCGCG
        |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||
 100001 ATGGCGGGCGGAGAAGCTGGGGTGACTCTGGGGCAGCCGCACCTTTCGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGGATCTCACCACCTTGGATGTTACCAAGTTGACGCCACTTTCACATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100051 TCAGGATCTCACCACCTTGGATGTTACCAAGTTGACGCCACTTTCACACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGTTATCAGCAGACAAGCCACAATTAACATAGGTACAATTGGTCATGTA
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 100101 AAGTTATCAGCAGACAAGCCACAATTAATATAGGTACAATTGGTCATGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTCATGGGAAATCCACAGTCGTCAAAGCTATTTCTGGAGTTCATACTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
 100151 GCTCATGGGAAATCCACAGTCGTCAAAGCTATTTCTGGAGTTCACACCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGGTTCAAAAATGAACTAGAAAGAAATATTACAATCAAGCTTGGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGGTTCAAAAATGAACTAGAAAGAAATATTACAATCAAGCTTGGATATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTAATGCTAAGATTTAT AAGCTTGATGACCCAAGTTGCCCTCGGCCAGA
        |||||||||||||||||-||-|||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTAATGCTAAGATTTATCAA CTTGATGACCCAAGTTGCCCTCGGCCAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 ATGTTATAGATCTTGTGGGAGCAGTACACCTGACGAGTTTCCTACGGACA
        ||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||
 100300 ATGTTATCGATCTTGTGGGAGCAGTATGCCTGATGAGTTTCCTACAGACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 TTCCAGGGACCAAAGGGAACTTCAAATTAGTCAGACATGTTTCCTTTGTT
        ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100350 TTCCAGGAACCAAAGGGAACTTCAGATTAGTCAGACATGTTTCCTTTGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400 GACTGTCCTGGCCACGATATTTTGATGGCTACTATGCTGAACGGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100400 GACTGTCCTGGCCACGATATTTTGATGGCTACTATGCTGAACGGTGCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 AGTGATGGATGCAGCTCTTCTGTTGATAGCTGGTAATGAATCTTGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100450 AGTGATGGATGCAGCTCTTCTGTTGATAGCTGGTAATGAATCTTGCCCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 AGCCTCAGACATCGGAACACCTGGCTGCTATAGAGATCATGAAACTGAAG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100500 AGCCTCAGACATCTGAACACCTGGCTGCTATAGAGATCATGAAACTGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 CATATTTTGATTCTACAAAATAAAATTGATTTGGTAAAAGAAAGTCAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100550 CATATTTTGATTCTACAAAATAAAATTGATTTGGTAAAAGAAAGGCAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 TAAAGAACAATACGAGCAGATCCTTGCATTTGTCCAAGGTACAGTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 100600 TAAAGAACAATACGAGCAGATCCTTGCGTTTGTCCAAGGTACAGTAGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650 AGGGAGCTCCCATTATTCCAATTTCAGCTCAGCTGAAATACAATATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100650 AGGGAGCTCCCATTATTCCAATTTCGGCTCAGCTGAAATACAATATTGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700 GTTGTTTGTGAGTACATAGTAAAGAAAATTCCAGTACCCCCAAGAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100700 GTTGTTTGTGAGTACATAGTAAAGAAAATTCCAGTACCCCCAAGAGACTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750 TACTTCAGAGCCCCGGCTTATTGTTATTAGATCTTTTGATGTCAACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100750 TACTTCAGAGCCCCGGCTTATTGTTATTAGATCTTTTGATGTCAACAAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800 CTGGCTGTGAAGTTGATGACCTTAAGGGAGGTGTAGCTGGTGGTAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100800 CTGGCTGTGAAGTTGATGACCTTAAGGGAGGTGTAGCTGGTGGTAGTATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 CTAAAAGGAGTATTAAAGGTGGGCCAGGAGATAGAAGTAAGACCTGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100850 CTAAAAGGAGTATTAAAGGTGGGCCAGGAGACAGAAGTAAGACCTGGTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    900 TGTTTCCAAAGATAGTGAAGGAAAACTCATGTGTAAACCAATCTTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100900 TGTTTCCAAAGATAGTGAAGGAAAACTCATGTGTAAATCAATCTTTTCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    950 AAATTGTATCACTTTTTGCGGAGCATAATGATCTGCAATATGCTGCTCCA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100950 AAATTGTTTCACTTTTTGCGGAGCATAATGATCTGCAATATGCTGCTCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1000 GGCGGTCTTATTGGAGTTGGAACAAAAATTGACCCCACTTTGTGCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101000 GGCGGTCTTATTGGAGTTGGAACAAAAATTGACCCCACTTTGTGCCGGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1050 TGACAGAATGGTGGGGCAAGTACTTGGTGCAGTCGGAGCTTTACCTGAGA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 101050 TGACAGAATGGTGGGGCAAATACTTGGTGCAGTCGGAGCTTTACCTGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1100 TATTCACAGAATTGGAAATTTCCTATTTCCTGCTTAGACGGCTTCTAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101100 TATTCACAGAATTGGAAATTTCCTATTTCCTGCTTAGACGGCTTCTAGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1150 GTACGCACTGAAGGAGACAAGAAAGCAGCAAAGGTTCAAAAGCTGTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101150 GTACGCACTGAAGGAGACAAGAAAGCAGCAAAGGTTCAAAAGCTGTCTAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1200 GAATGAAGTGCTCATGGTGAACATAGGATCCCTGTCAACAGGAGGGAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 101200 GAATGAAGTGCTCATGGTGAACATAGGATCCCTGTCGACAGGAGGGAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1250 TTAGTGCTGTCAAGGCCGATTTGGGTAAAATTGTTTTGACCAATCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 101250 TTAGTGCTGTCAAGGCCGATTTGGGCAAAATTGTTTTGACCAATCCAGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1300 TGCACAGAGGTAGGAGAAAAAATTGCCCTTAGCCGAAGAGTTGAAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101300 TGCACAGAGGTAGGAGAAAAAATTGCCCTTAGCCGAAGAGTTGAAAAACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1350 CTGGCGTTTAATTGGTTGGGGTCAGATAAGAAGAGGAGTGACAATCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101350 CTGGCGTTTAATTGGTTGGGGTCAGATAAGAAGAGGAGTGACAATCAAGC

   1400     .    :    .
   1400 CAACAGTAGATGATGAC
        |||||||||||||||||
 101400 CAACAGTAGATGATGAC