seq1 = pF1KB4604.tfa, 909 bp
seq2 = pF1KB4604/gi568815593r_151564087.tfa (gi568815593r:151564087_151776188), 212102 bp

>pF1KB4604 909
>gi568815593r:151564087_151776188 (Chr5)

(complement)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-120  (101515-101577)   100% ->
121-208  (102973-103060)   100% ->
209-330  (104495-104616)   100% ->
331-451  (106405-106525)   100% ->
452-585  (108589-108722)   100% ->
586-734  (109680-109828)   100% ->
735-883  (111954-112102)   100% ->
884-909  (112590-112615)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGCCTGGATCTTCTTTCTCCTTTGCCTGGCCGGGAGGGCCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGGCCTGGATCTTCTTTCTCCTTTGCCTGGCCGGGAGGGCCTTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCCCT         CAGCAAGAAGCCCTGCCTGATGAGACAGAGGTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCCCCTGTA...CAGCAGCAAGAAGCCCTGCCTGATGAGACAGAGGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAAGAAACTGTGGCAGAGGTGACTGAG         GTATCTGTGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101549 TGGAAGAAACTGTGGCAGAGGTGACTGAGGTA...CAGGTATCTGTGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCTAATCCTGTCCAGGTGGAAGTAGGAGAATTTGATGATGGTGCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102985 GCTAATCCTGTCCAGGTGGAAGTAGGAGAATTTGATGATGGTGCAGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AACCGAAGAGGAGGTGGTGGCGGAAA         ATCCCTGCCAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103035 AACCGAAGAGGAGGTGGTGGCGGAAAGTA...CAGATCCCTGCCAGAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ACCACTGCAAACACGGCAAGGTGTGCGAGCTGGATGAGAACAACACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104510 ACCACTGCAAACACGGCAAGGTGTGCGAGCTGGATGAGAACAACACCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATGTGCGTGTGCCAGGACCCCACCAGCTGCCCAGCCCCCATTGGCGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104560 ATGTGCGTGTGCCAGGACCCCACCAGCTGCCCAGCCCCCATTGGCGAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGAGAAG         GTGTGCAGCAATGACAACAAGACCTTCGACTCTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104610 TGAGAAGGTG...CAGGTGTGCAGCAATGACAACAAGACCTTCGACTCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCTGCCACTTCTTTGCCACAAAGTGCACCCTGGAGGGCACCAAGAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106439 CCTGCCACTTCTTTGCCACAAAGTGCACCCTGGAGGGCACCAAGAAGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CACAAGCTCCACCTGGACTACATCGGGCCTTGCAAAT         ACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 106489 CACAAGCTCCACCTGGACTACATCGGGCCTTGCAAATGTG...TAGACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCCCCCTTGCCTGGACTCTGAGCTGACCGAATTCCCCCTGCGCATGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108593 CCCCCCTTGCCTGGACTCTGAGCTGACCGAATTCCCCCTGCGCATGCGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACTGGCTCAAGAACGTCCTGGTCACCCTGTATGAGAGGGATGAGGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108643 ACTGGCTCAAGAACGTCCTGGTCACCCTGTATGAGAGGGATGAGGACAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AACCTTCTGACTGAGAAGCAGAAGCTGCGG         GTGAAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 108693 AACCTTCTGACTGAGAAGCAGAAGCTGCGGGTA...CAGGTGAAGAAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCATGAGAATGAGAAGCGCCTGGAGGCAGGAGACCACCCCGTGGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109691 CCATGAGAATGAGAAGCGCCTGGAGGCAGGAGACCACCCCGTGGAGCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGGCCCGGGACTTCGAGAAGAACTATAACATGTACATCTTCCCTGTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109741 TGGCCCGGGACTTCGAGAAGAACTATAACATGTACATCTTCCCTGTACAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGGCAGTTCGGCCAGCTGGACCAGCACCCCATTGACGG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 109791 TGGCAGTTCGGCCAGCTGGACCAGCACCCCATTGACGGGTA...CAGGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCTCTCCCACACCGAGCTGGCTCCACTGCGTGCTCCCCTCATCCCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111957 CCTCTCCCACACCGAGCTGGCTCCACTGCGTGCTCCCCTCATCCCCATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGCATTGCACCACCCGCTTTTTCGAGACCTGTGACCTGGACAATGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112007 AGCATTGCACCACCCGCTTTTTCGAGACCTGTGACCTGGACAATGACAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TACATCGCCCTGGATGAGTGGGCCGGCTGCTTCGGCATCAAGCAGA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112057 TACATCGCCCTGGATGAGTGGGCCGGCTGCTTCGGCATCAAGCAGAGTG.

    950     .    :    .    :    .    :
    884      AGGATATCGACAAGGATCTTGTGATC
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||
 112107 ..CAGAGGATATCGACAAGGATCTTGTGATC