seq1 = pF1KB4600.tfa, 918 bp
seq2 = pF1KB4600/gi568815596f_189823336.tfa (gi568815596f:189823336_190024213), 200878 bp

>pF1KB4600 918
>gi568815596f:189823336_190024213 (Chr2)

1-312  (100001-100312)   99% ==
350-918  (100313-100878)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGCAACGTTACCAACAAGACAGATCCTCGCTCCATGAACTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100001 ATGGCCAGCAACGTTACCAACAAGACAGATCCTCGTTCCATGAACTCCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTATTCATTGGGAATCTCAACACTCTTGTGGTCAAGAAATCTGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTATTCATTGGGAATCTCAACACTCTTGTGGTCAAGAAATCTGATGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGCAATCTTTTCGAAGTATGGCAAAATTGTGGGCTGCTCTGTTCATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGCAATCTTTTCGAAGTATGGCAAAATTGTGGGCTGCTCTGTTCATAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCTTTGCCTTCGTTCAGTATGTTAATGAGAGAAATGCCCGGGCTGCTGT
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCTTTGCCTTCTTTCAGTATGTTAATGAGAGAAATGCCCGGGCTGCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCAGGAGAGGATGGCAGAATGATTGCTGGCCAGGTTTTAGATATTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCAGGAGAGGATGGCAGAATGATTGCTGGCCAGGTTTTAGATATTAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGCTGCAGAGCCAAAAGTGAACCGAGGAAAAGCAGGTGTGAAACGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGCTGCAGAGCCAAAAGTGAACCGAGGAAAAGCAGGTGTGAAACGATCT

    300     .    :
    301 GCAGCGGAGATG
        ||||||||||||
 100301 GCAGCGGAGATG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 TACTCAGCTCCTCTTTTGACTTGGACTATGACTTTCAACGGGACTATTAT
        ||| --||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
 100313 TACG  GCTCCTCTTTTGACTTGGATTGTGACTTTCAACGGGACTATTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400 GATAGGATGTACAGTTACCCAGCACGTGTACCTCCTCCTCCTCCTATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100361 GATAGGATGTACAGTTACCCAGCACGTGTACCTCCTCCTCCTCCTATTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 TCGGGCTGTAGTGCCCTCGAAACGTCAGCGTGTATCAGGAAACACTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100411 TCGGGCTGTAGTGCCCTCGAAACGTCAGCGTGTATCAGGAAACACTTCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 GAAGGGGCAAAAGTGGCTTCAATTCTAAGAGTGGACAGCGGGGATCTTCC
         |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100461 AAAGGGGCATAAGTGGCTTCAATTCTAAGAGTGGACAGCGGGGATCTTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 AAGTCTGGAAAGTTGAAAGGAGATGACCTTCAGGCCATTAAGAAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100511 AAGTCTGGAAAGTTGAAAGGAGATGACCTTCAGGCCATTAAGAGGGAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 GACCCAGATAAAACAAAAAGTGGATTCTCTCCTGGAAAACCTGGAAAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 100561 GACCCAGATAAAACAAAAAGTGGATTCTTTCCTGGAAAACCTGGAAAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650 TTGAAAAGGAACAGAGCAAACAAGCAGTAGAGATGAAGAATGATAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
 100611 TTGAAAAGGAACAGAGCAAACAAGCAGTAGAGATGAACAATGTTAAGTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700 GAAGAGGAGCAGAGCAGCAGCTCCGTGAAGAAAGATGAGACTAATGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100661 GAAGAGGAGCAGAGCAGCAGCTCCGTGAAGAAAGATGAGACTAATGTGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750 GATGGAGTCTGAGGGGGGTGCAGATGACTCTGCTGAGGAGGGGGACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100711 GATGGAGTCTGAGGGGGGTGCAGATGACTCTGCTGAGGAGGGGGACCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800 TGGATGATGATGATAATGAAGATCGGGGGGATGACCAGCTGGAGTTGATC
        |||||||||||||||||||||||-||||||||||||||||||||||||||
 100761 TGGATGATGATGATAATGAAGAT GGGGGGATGACCAGCTGGAGTTGATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 AAGGATGATGAAAAAGAGGCTGAGGAAGGAGAGGATGACAGAGACAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100810 AAGGATGATGAAAAAGAGGCTGAGGAAGGAGAGGATGACAGAGACAGCGC

    550     .    :    .
    900 CAATGGCGAGGATGACTCT
        |||||||||||||||||||
 100860 CAATGGCGAGGATGACTCT