seq1 = pF1KB4594.tfa, 2118 bp
seq2 = pF1KB4594/gi568815595r_187622461.tfa (gi568815595r:187622461_187833693), 211233 bp

>pF1KB4594 2118
>gi568815595r:187622461_187833693 (Chr3)

(complement)

1-161  (100001-100161)   100% ->
162-383  (101764-101985)   100% ->
384-1355  (103673-104644)   100% ->
1356-1540  (105150-105334)   100% ->
1541-1708  (106796-106963)   100% ->
1709-1839  (108065-108195)   100% ->
1840-1977  (108616-108753)   100% ->
1978-2118  (111093-111233)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCGCCGGCTGACAGCTGTATCCAGTTCACCCGCCATGCCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCGCCGGCTGACAGCTGTATCCAGTTCACCCGCCATGCCAGTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTTCTTCTCAACCTTAATCGTCTCCGGAGTCGAGACATCTTGACTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTTCTTCTCAACCTTAATCGTCTCCGGAGTCGAGACATCTTGACTGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGTCATTGTTGTGAGCCGTGAGCAGTTTAGAGCCCATAAAACGGTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGTCATTGTTGTGAGCCGTGAGCAGTTTAGAGCCCATAAAACGGTCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGGCCTGCAG         TGGCCTGTTCTATAGCATCTTTACAGACCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGGCCTGCAGGTG...CAGTGGCCTGTTCTATAGCATCTTTACAGACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTGAAATGCAACCTTAGTGTGATCAATCTAGATCCTGAGATCAACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101794 GTTGAAATGCAACCTTAGTGTGATCAATCTAGATCCTGAGATCAACCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGATTCTGCATCCTCCTGGACTTCATGTACACATCTCGGCTCAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101844 AGGGATTCTGCATCCTCCTGGACTTCATGTACACATCTCGGCTCAATTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGGAGGGCAACATCATGGCTGTGATGGCCACGGCTATGTACCTGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101894 CGGGAGGGCAACATCATGGCTGTGATGGCCACGGCTATGTACCTGCAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAGCATGTTGTGGACACTTGCCGGAAGTTTATTAAGGCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101944 GGAGCATGTTGTGGACACTTGCCGGAAGTTTATTAAGGCCAGGTG...CA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    384  TGAAGCAGAGATGGTTTCTGCCATCAAGCCTCCTCGTGAAGAGTTCCTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103672 GTGAAGCAGAGATGGTTTCTGCCATCAAGCCTCCTCGTGAAGAGTTCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AACAGCCGGATGCTGATGCCCCAAGACATCATGGCCTATCGGGGTCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103722 AACAGCCGGATGCTGATGCCCCAAGACATCATGGCCTATCGGGGTCGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGTGGTGGAGAACAACCTGCCACTGAGGAGCGCCCCTGGGTGTGAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103772 GGTGGTGGAGAACAACCTGCCACTGAGGAGCGCCCCTGGGTGTGAGAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GAGCCTTTGCCCCCAGCCTGTACAGTGGCCTGTCCACACCGCCAGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103822 GAGCCTTTGCCCCCAGCCTGTACAGTGGCCTGTCCACACCGCCAGCCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TATTCCATGTACAGCCACCTCCCTGTCAGCAGCCTCCTCTTCTCCGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103872 TATTCCATGTACAGCCACCTCCCTGTCAGCAGCCTCCTCTTCTCCGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGAGTTTCGGGATGTCCGGATGCCTGTGGCCAACCCCTTCCCCAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103922 GGAGTTTCGGGATGTCCGGATGCCTGTGGCCAACCCCTTCCCCAAGGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GGGCACTCCCATGTGATAGTGCCAGGCCAGTCCCTGGTGAGTACAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103972 GGGCACTCCCATGTGATAGTGCCAGGCCAGTCCCTGGTGAGTACAGCCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CCGACTTTGGAGGTGTCCCCCAATGTGTGCCACAGCAATATCTATTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104022 CCGACTTTGGAGGTGTCCCCCAATGTGTGCCACAGCAATATCTATTCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CAAGGAAACAATCCCAGAAGAGGCACGAAGTGATATGCACTACAGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104072 CAAGGAAACAATCCCAGAAGAGGCACGAAGTGATATGCACTACAGTGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CTGAGGGCCTCAAACCTGCTGCCCCCTCAGCCCGAAATGCCCCCTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104122 CTGAGGGCCTCAAACCTGCTGCCCCCTCAGCCCGAAATGCCCCCTACTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CCTTGTGACAAGGCCAGCAAAGAAGAAGAGAGACCCTCCTCGGAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104172 CCTTGTGACAAGGCCAGCAAAGAAGAAGAGAGACCCTCCTCGGAAGATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GATTGCCCTGCATTTCGAGCCCCCCAATGCACCCCTGAACCGGAAGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104222 GATTGCCCTGCATTTCGAGCCCCCCAATGCACCCCTGAACCGGAAGGGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TGGTTAGTCCACAGAGCCCCCAGAAATCTGACTGCCAGCCCAACTCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104272 TGGTTAGTCCACAGAGCCCCCAGAAATCTGACTGCCAGCCCAACTCGCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ACAGAGTCCTGCAGCAGTAAGAATGCCTGCATCCTCCAGGCTTCTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104322 ACAGAGTCCTGCAGCAGTAAGAATGCCTGCATCCTCCAGGCTTCTGGCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CCCTCCAGCCAAGAGCCCCACTGACCCCAAAGCCTGCAACTGGAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104372 CCCTCCAGCCAAGAGCCCCACTGACCCCAAAGCCTGCAACTGGAAGAAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 ACAAGTTCATCGTGCTCAACAGCCTCAACCAGAATGCCAAACCAGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104422 ACAAGTTCATCGTGCTCAACAGCCTCAACCAGAATGCCAAACCAGAGGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CCTGAGCAGGCTGAGCTGGGCCGCCTTTCCCCACGAGCCTACACGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104472 CCTGAGCAGGCTGAGCTGGGCCGCCTTTCCCCACGAGCCTACACGGCCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 ACCTGCCTGCCAGCCACCCATGGAGCCTGAGAACCTTGACCTCCAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104522 ACCTGCCTGCCAGCCACCCATGGAGCCTGAGAACCTTGACCTCCAGTCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CAACCAAGCTGAGTGCCAGCGGGGAGGACTCCACCATCCCACAAGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104572 CAACCAAGCTGAGTGCCAGCGGGGAGGACTCCACCATCCCACAAGCCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CGGCTCAATAACATCGTTAACAG         GTCCATGACGGGCTCTCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104622 CGGCTCAATAACATCGTTAACAGGTG...TAGGTCCATGACGGGCTCTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CCGCAGCAGCAGCGAGAGCCACTCACCACTCTACATGCACCCCCCGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105168 CCGCAGCAGCAGCGAGAGCCACTCACCACTCTACATGCACCCCCCGAAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GCACGTCCTGCGGCTCTCAGTCCCCACAGCATGCAGAGATGTGCCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105218 GCACGTCCTGCGGCTCTCAGTCCCCACAGCATGCAGAGATGTGCCTCCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 ACCGCTGGCCCCACGTTCCCTGAGGAGATGGGAGAGACCCAGTCTGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105268 ACCGCTGGCCCCACGTTCCCTGAGGAGATGGGAGAGACCCAGTCTGAGTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CTCAGATTCTAGCTGTG         AGAACGGGGCCTTCTTCTGCAATG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105318 CTCAGATTCTAGCTGTGGTG...CAGAGAACGGGGCCTTCTTCTGCAATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 AGTGTGACTGCCGCTTCTCTGAGGAGGCCTCACTCAAGAGGCACACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106820 AGTGTGACTGCCGCTTCTCTGAGGAGGCCTCACTCAAGAGGCACACGCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 CAGACCCACAGTGACAAACCCTACAAGTGTGACCGCTGCCAGGCCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106870 CAGACCCACAGTGACAAACCCTACAAGTGTGACCGCTGCCAGGCCTCCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 CCGCTACAAGGGCAACCTCGCCAGCCACAAGACCGTCCATACCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 106920 CCGCTACAAGGGCAACCTCGCCAGCCACAAGACCGTCCATACCGGTA...

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1709    GTGAGAAACCCTATCGTTGCAACATCTGTGGGGCCCAGTTCAACCGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108062 TAGGTGAGAAACCCTATCGTTGCAACATCTGTGGGGCCCAGTTCAACCGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 CCAGCCAACCTGAAAACCCACACTCGAATTCACTCTGGAGAGAAGCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108112 CCAGCCAACCTGAAAACCCACACTCGAATTCACTCTGGAGAGAAGCCCTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 CAAATGCGAAACCTGCGGAGCCAGATTTGTACAG         GTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108162 CAAATGCGAAACCTGCGGAGCCAGATTTGTACAGGTG...CAGGTGGCCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 ACCTCCGTGCCCATGTGCTTATCCACACTGGTGAGAAGCCCTATCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108623 ACCTCCGTGCCCATGTGCTTATCCACACTGGTGAGAAGCCCTATCCCTGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 GAAATCTGTGGCACCCGTTTCCGGCACCTTCAGACTCTGAAGAGCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108673 GAAATCTGTGGCACCCGTTTCCGGCACCTTCAGACTCTGAAGAGCCACCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 GCGAATCCACACAGGAGAGAAACCTTACCAT         TGTGAGAAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108723 GCGAATCCACACAGGAGAGAAACCTTACCATGTA...CAGTGTGAGAAGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 GTAACCTGCATTTCCGTCACAAAAGCCAGCTGCGACTTCACTTGCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111103 GTAACCTGCATTTCCGTCACAAAAGCCAGCTGCGACTTCACTTGCGCCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 AAGCATGGCGCCATCACCAACACCAAGGTGCAATACCGCGTGTCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111153 AAGCATGGCGCCATCACCAACACCAAGGTGCAATACCGCGTGTCAGCCAC

   2150     .    :    .    :    .    :
   2088 TGACCTGCCTCCGGAGCTCCCCAAAGCCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 111203 TGACCTGCCTCCGGAGCTCCCCAAAGCCTGC