seq1 = pF1KB4535.tfa, 1338 bp
seq2 = pF1KB4535/gi568815576r_42026577.tfa (gi568815576r:42026577_42244464), 217888 bp

>pF1KB4535 1338
>gi568815576r:42026577_42244464 (Chr22)

(complement)

1-180  (113674-113853)   99% ->
181-352  (114556-114727)   100% ->
353-513  (115521-115681)   100% ->
514-690  (116115-116291)   100% ->
691-832  (116482-116623)   99% ->
833-1020  (116831-117018)   100% ->
1021-1162  (117473-117614)   100% ->
1163-1338  (117713-117888)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCTAGAAGCACTGGTGCCCCTGGCCATGATAGTGGCCATCTTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 113674 ATGGGGCTAGAAGCACTGGTGCCCCTGGCCGTGATAGTGGCCATCTTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCCTGGTGGACCTGATGCACCGGCGCCAACGCTGGGCTGCACGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113724 GCTCCTGGTGGACCTGATGCACCGGCGCCAACGCTGGGCTGCACGCTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACCAGGCCCCCTGCCACTGCCCGGGCTGGGCAACCTGCTGCATGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113774 CACCAGGCCCCCTGCCACTGCCCGGGCTGGGCAACCTGCTGCATGTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCAGAACACACCATACTGCTTCGACCAG         TTGCGGCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 113824 TTCCAGAACACACCATACTGCTTCGACCAGGTG...CAGTTGCGGCGCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCGGGGACGTGTTCAGCCTGCAGCTGGCCTGGACGCCGGTGGTCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114567 CTTCGGGGACGTGTTCAGCCTGCAGCTGGCCTGGACGCCGGTGGTCGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAATGGGCTGGCGGCCGTGCGCGAGGCGCTGGTGACCCACGGCGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114617 TCAATGGGCTGGCGGCCGTGCGCGAGGCGCTGGTGACCCACGGCGAGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCGCCGACCGCCCGCCTGTGCCCATCACCCAGATCCTGGGTTTCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114667 ACCGCCGACCGCCCGCCTGTGCCCATCACCCAGATCCTGGGTTTCGGGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCGTTCCCAAG         GACGCCCCTTTCGCCCCAACGGTCTCTTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114717 GCGTTCCCAAGGCA...CAGGACGCCCCTTTCGCCCCAACGGTCTCTTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAAAGCCGTGAGCAACGTGATCGCCTCCCTCACCTGCGGGCGCCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115551 ACAAAGCCGTGAGCAACGTGATCGCCTCCCTCACCTGCGGGCGCCGCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGTACGACGACCCTCGCTTCCTCAGGCTGCTGGACCTAGCTCAGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115601 GAGTACGACGACCCTCGCTTCCTCAGGCTGCTGGACCTAGCTCAGGAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACTGAAGGAGGAGTCGGGCTTTCTGCGCGAG         GTGCTGAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 115651 ACTGAAGGAGGAGTCGGGCTTTCTGCGCGAGGTG...TAGGTGCTGAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGTCCCCGTCCTCCTGCATATCCCAGCGCTGGCTGGCAAGGTCCTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116125 CTGTCCCCGTCCTCCTGCATATCCCAGCGCTGGCTGGCAAGGTCCTACGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTCCAAAAGGCTTTCCTGACCCAGCTGGATGAGCTGCTAACTGAGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116175 TTCCAAAAGGCTTTCCTGACCCAGCTGGATGAGCTGCTAACTGAGCACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GATGACCTGGGACCCAGCCCAGCCCCCCCGAGACCTGACTGAGGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116225 GATGACCTGGGACCCAGCCCAGCCCCCCCGAGACCTGACTGAGGCCTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGCAGAGATGGAGAAG         GCCAAGGGGAACCCTGAGAGCAGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 116275 TGGCAGAGATGGAGAAGGTG...CAGGCCAAGGGGAACCCTGAGAGCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTCAATGATGAGAACCTGTGCATAGTGGTGGCTGACCTGTTCTCTGCCGG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 116506 TTCAATGATGAGAACCTGCGCATAGTGGTGGCTGACCTGTTCTCTGCCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GATGGTGACCACCTCGACCACGCTGGCCTGGGGCCTCCTGCTCATGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116556 GATGGTGACCACCTCGACCACGCTGGCCTGGGGCCTCCTGCTCATGATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TACATCCGGATGTGCAGC         GCCGTGTCCAACAGGAGATCGAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 116606 TACATCCGGATGTGCAGCGTG...CAGGCCGTGTCCAACAGGAGATCGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GACGTGATAGGGCAGGTGCGGCGACCAGAGATGGGTGACCAGGCTCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116854 GACGTGATAGGGCAGGTGCGGCGACCAGAGATGGGTGACCAGGCTCACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCCCTACACCACTGCCGTGATTCATGAGGTGCAGCGCTTTGGGGACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116904 GCCCTACACCACTGCCGTGATTCATGAGGTGCAGCGCTTTGGGGACATCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCCCCCTGGGTGTGACCCATATGACATCCCGTGACATCGAAGTACAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116954 TCCCCCTGGGTGTGACCCATATGACATCCCGTGACATCGAAGTACAGGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTCCGCATCCCTAAG         GGAACGACACTCATCACCAACCTGTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 117004 TTCCGCATCCCTAAGGTA...CAGGGAACGACACTCATCACCAACCTGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ATCGGTGCTGAAGGATGAGGCCGTCTGGGAGAAGCCCTTCCGCTTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117499 ATCGGTGCTGAAGGATGAGGCCGTCTGGGAGAAGCCCTTCCGCTTCCACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCGAACACTTCCTGGATGCCCAGGGCCACTTTGTGAAGCCGGAGGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117549 CCGAACACTTCCTGGATGCCCAGGGCCACTTTGTGAAGCCGGAGGCCTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTGCCTTTCTCAGCAG         GCCGCCGTGCATGCCTCGGGGAGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 117599 CTGCCTTTCTCAGCAGGTG...CAGGCCGCCGTGCATGCCTCGGGGAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCTGGCCCGCATGGAGCTCTTCCTCTTCTTCACCTCCCTGCTGCAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117738 CCTGGCCCGCATGGAGCTCTTCCTCTTCTTCACCTCCCTGCTGCAGCACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TCAGCTTCTCGGTGCCCACTGGACAGCCCCGGCCCAGCCACCATGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117788 TCAGCTTCTCGGTGCCCACTGGACAGCCCCGGCCCAGCCACCATGGTGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TTTGCTTTCCTGGTGACCCCATCCCCCTATGAGCTTTGTGCTGTGCCCCG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 117838 TTTGCTTTCCTGGTGAGCCCATCCCCCTATGAGCTTTGTGCTGTGCCCCG

   1400 
   1338 C
        |
 117888 C