seq1 = pF1KB4523.tfa, 1515 bp
seq2 = pF1KB4523/gi568815586f_51851744.tfa (gi568815586f:51851744_52094107), 242364 bp

>pF1KB4523 1515
>gi568815586f:51851744_52094107 (Chr12)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-331  (123522-123761)   100% ->
332-580  (124584-124832)   100% ->
581-811  (129226-129456)   100% ->
812-979  (132256-132423)   100% ->
980-1136  (133449-133605)   100% ->
1137-1261  (135075-135199)   100% ->
1262-1392  (140120-140250)   100% ->
1393-1515  (142242-142364)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGTCGGCCGGAGCCTCCTCCTTCTTCCCCCTTGTTGTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGTCGGCCGGAGCCTCCTCCTTCTTCCCCCTTGTTGTCCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCGCCGGCAGCGGCGGGTCCGGGCCCCGGGGGGTCCAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 GCTCGCCGGCAGCGGCGGGTCCGGGCCCCGGGGGGTCCAGGGTG...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCTGCTGTGTGCGTGCACCAGCTGCCTCCAGGCCAACTACACGTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123522 CTCTGCTGTGTGCGTGCACCAGCTGCCTCCAGGCCAACTACACGTGTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAGATGGGGCCTGCATGGTTTCCATTTTCAATCTGGATGGGATGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123572 ACAGATGGGGCCTGCATGGTTTCCATTTTCAATCTGGATGGGATGGAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCATGTGCGCACCTGCATCCCCAAAGTGGAGCTGGTCCCTGCCGGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123622 CCATGTGCGCACCTGCATCCCCAAAGTGGAGCTGGTCCCTGCCGGGAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTTCTACTGCCTGAGCTCGGAGGACCTGCGCAACACCCACTGCTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123672 CCTTCTACTGCCTGAGCTCGGAGGACCTGCGCAACACCCACTGCTGCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACTGACTACTGCAACAGGATCGACTTGAGGGTGCCCAGTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 123722 ACTGACTACTGCAACAGGATCGACTTGAGGGTGCCCAGTGGTG...CAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCACCTCAAGGAGCCTGAGCACCCGTCCATGTGGGGCCCGGTGGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124585 TCACCTCAAGGAGCCTGAGCACCCGTCCATGTGGGGCCCGGTGGAGCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGGCATCATCGCCGGCCCGGTGTTCCTCCTGTTCCTCATCATCATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124635 TAGGCATCATCGCCGGCCCGGTGTTCCTCCTGTTCCTCATCATCATCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTTTTCCTTGTCATTAACTATCATCAGCGTGTCTATCACAACCGCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124685 GTTTTCCTTGTCATTAACTATCATCAGCGTGTCTATCACAACCGCCAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACTGGACATGGAAGATCCCTCATGTGAGATGTGTCTCTCCAAAGACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124735 ACTGGACATGGAAGATCCCTCATGTGAGATGTGTCTCTCCAAAGACAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CGCTCCAGGATCTTGTCTACGATCTCTCCACCTCAGGGTCTGGCTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 124785 CGCTCCAGGATCTTGTCTACGATCTCTCCACCTCAGGGTCTGGCTCAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    581        GGTTACCCCTCTTTGTCCAGCGCACAGTGGCCCGAACCATCGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124835 A...CAGGGTTACCCCTCTTTGTCCAGCGCACAGTGGCCCGAACCATCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTTACAAGAGATTATTGGCAAGGGTCGGTTTGGGGAAGTATGGCGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129269 TTTACAAGAGATTATTGGCAAGGGTCGGTTTGGGGAAGTATGGCGGGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCTGGAGGGGTGGTGATGTGGCTGTGAAAATATTCTCTTCTCGTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129319 GCTGGAGGGGTGGTGATGTGGCTGTGAAAATATTCTCTTCTCGTGAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CGGTCTTGGTTCAGGGAAGCAGAGATATACCAGACGGTCATGCTGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129369 CGGTCTTGGTTCAGGGAAGCAGAGATATACCAGACGGTCATGCTGCGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGAAAACATCCTTGGATTTATTGCTGCTGACAATAAAG         ATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 129419 TGAAAACATCCTTGGATTTATTGCTGCTGACAATAAAGGTA...CAGATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ATGGCACCTGGACACAGCTGTGGCTTGTTTCTGACTATCATGAGCACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132259 ATGGCACCTGGACACAGCTGTGGCTTGTTTCTGACTATCATGAGCACGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TCCCTGTTTGATTATCTGAACCGGTACACAGTGACAATTGAGGGGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132309 TCCCTGTTTGATTATCTGAACCGGTACACAGTGACAATTGAGGGGATGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TAAGCTGGCCTTGTCTGCTGCTAGTGGGCTGGCACACCTGCACATGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132359 TAAGCTGGCCTTGTCTGCTGCTAGTGGGCTGGCACACCTGCACATGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TCGTGGGCACCCAAG         GGAAGCCTGGAATTGCTCATCGAGAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 132409 TCGTGGGCACCCAAGGTG...CAGGGAAGCCTGGAATTGCTCATCGAGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTAAAGTCAAAGAACATTCTGGTGAAGAAAAATGGCATGTGTGCCATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133475 TTAAAGTCAAAGAACATTCTGGTGAAGAAAAATGGCATGTGTGCCATAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGACCTGGGCCTGGCTGTCCGTCATGATGCAGTCACTGACACCATTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133525 AGACCTGGGCCTGGCTGTCCGTCATGATGCAGTCACTGACACCATTGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TTGCCCCGAATCAGAGGGTGGGGACCAAACG         ATACATGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 133575 TTGCCCCGAATCAGAGGGTGGGGACCAAACGGTA...CAGATACATGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCTGAAGTACTTGATGAAACCATTAATATGAAACACTTTGACTCCTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135085 CCTGAAGTACTTGATGAAACCATTAATATGAAACACTTTGACTCCTTTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 ATGTGCTGATATTTATGCCCTCGGGCTTGTATATTGGGAGATTGCTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135135 ATGTGCTGATATTTATGCCCTCGGGCTTGTATATTGGGAGATTGCTCGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GATGCAATTCTGGAG         GAGTCCATGAAGAATATCAGCTGCCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 135185 GATGCAATTCTGGAGGTA...CAGGAGTCCATGAAGAATATCAGCTGCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TATTACGACTTAGTGCCCTCTGACCCTTCCATTGAGGAAATGCGAAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140146 TATTACGACTTAGTGCCCTCTGACCCTTCCATTGAGGAAATGCGAAAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TGTATGTGATCAGAAGCTGCGTCCCAACATCCCCAACTGGTGGCAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140196 TGTATGTGATCAGAAGCTGCGTCCCAACATCCCCAACTGGTGGCAGAGTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ATGAG         GCACTGCGGGTGATGGGGAAGATGATGCGAGAGTGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140246 ATGAGGTA...CAGGCACTGCGGGTGATGGGGAAGATGATGCGAGAGTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TGGTATGCCAACGGCGCAGCCCGCCTGACGGCCCTGCGCATCAAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142278 TGGTATGCCAACGGCGCAGCCCGCCTGACGGCCCTGCGCATCAAGAAGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .
   1479 CCTCTCCCAGCTCAGCGTGCAGGAAGACGTGAAGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142328 CCTCTCCCAGCTCAGCGTGCAGGAAGACGTGAAGATC