seq1 = pF1KB4506.tfa, 1965 bp
seq2 = pF1KB4506/gi568815576f_29172215.tfa (gi568815576f:29172215_29399851), 227637 bp

>pF1KB4506 1965
>gi568815576f:29172215_29399851 (Chr22)

7-50  (99994-100038)   93% ->
51-102  (100166-100217)   100% ->
103-226  (101527-101650)   100% ->
227-413  (105816-106002)   100% ->
414-581  (110176-110343)   100% ->
582-793  (114709-114920)   100% ->
794-974  (116392-116572)   100% ->
975-1009  (119351-119385)   100% ->
1010-1042  (119923-119955)   100% ->
1043-1161  (120274-120392)   100% ->
1162-1291  (124025-124154)   100% ->
1292-1414  (125613-125735)   100% ->
1415-1577  (126519-126681)   100% ->
1578-1675  (127020-127117)   100% ->
1676-1928  (127385-127637)   100% ->
1929-1965  (127908-127944)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 TCCAC GGATTACAGTACCTATAGCCAAGCTGCAGCGCAGCAGGG     
        ||| |- ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
  99994 TCCTCTAGATTACAGTACCTATAGCCAAGCTGCAGCGCAGCAGGGGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51     CTACAGTGCTTACACCGCCCAGCCCACTCAAGGATATGCACAGACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100044 .CAGCTACAGTGCTTACACCGCCCAGCCCACTCAAGGATATGCACAGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97 ACCCAG         GCATATGGGCAACAAAGCTATGGAACCTATGGACA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100212 ACCCAGGTA...CAGGCATATGGGCAACAAAGCTATGGAACCTATGGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    138 GCCCACTGATGTCAGCTATACCCAGGCTCAGACCACTGCAACCTATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101562 GCCCACTGATGTCAGCTATACCCAGGCTCAGACCACTGCAACCTATGGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188 AGACCGCCTATGCAACTTCTTATGGACAGCCTCCCACTG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101612 AGACCGCCTATGCAACTTCTTATGGACAGCCTCCCACTGGTA...TAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    229 TATACTACTCCAACTGCCCCCCAGGCATACAGCCAGCCTGTCCAGGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105818 TATACTACTCCAACTGCCCCCCAGGCATACAGCCAGCCTGTCCAGGGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    279 TGGCACTGGTGCTTATGATACCACCACTGCTACAGTCACCACCACCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105868 TGGCACTGGTGCTTATGATACCACCACTGCTACAGTCACCACCACCCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    329 CCTCCTATGCAGCTCAGTCTGCATATGGCACTCAGCCTGCTTATCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105918 CCTCCTATGCAGCTCAGTCTGCATATGGCACTCAGCCTGCTTATCCAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379 TATGGGCAGCAGCCAGCAGCCACTGCACCTACAAG         ACCGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105968 TATGGGCAGCAGCCAGCAGCCACTGCACCTACAAGGTA...TAGACCGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    420 GGATGGAAACAAGCCCACTGAGACTAGTCAACCTCAATCTAGCACAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110182 GGATGGAAACAAGCCCACTGAGACTAGTCAACCTCAATCTAGCACAGGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    470 GTTACAACCAGCCCAGCCTAGGATATGGACAGAGTAACTACAGTTATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110232 GTTACAACCAGCCCAGCCTAGGATATGGACAGAGTAACTACAGTTATCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    520 CAGGTACCTGGGAGCTACCCCATGCAGCCAGTCACTGCACCTCCATCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110282 CAGGTACCTGGGAGCTACCCCATGCAGCCAGTCACTGCACCTCCATCCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570 CCCTCCTACCAG         CTATTCCTCTACACAGCCGACTAGTTATG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110332 CCCTCCTACCAGGTC...CAGCTATTCCTCTACACAGCCGACTAGTTATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    611 ATCAGAGCAGTTACTCTCAGCAGAACACCTATGGGCAACCGAGCAGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114738 ATCAGAGCAGTTACTCTCAGCAGAACACCTATGGGCAACCGAGCAGCTAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661 GGACAGCAGAGTAGCTATGGTCAACAAAGCAGCTATGGGCAGCAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114788 GGACAGCAGAGTAGCTATGGTCAACAAAGCAGCTATGGGCAGCAGCCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 CACTAGTTACCCACCCCAAACTGGATCCTACAGCCAAGCTCCAAGTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114838 CACTAGTTACCCACCCCAAACTGGATCCTACAGCCAAGCTCCAAGTCAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 ATAGCCAACAGAGCAGCAGCTACGGGCAGCAGA         GTTCATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 114888 ATAGCCAACAGAGCAGCAGCTACGGGCAGCAGAGTG...CAGGTTCATTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 CGACAGGACCACCCCAGTAGCATGGGTGTTTATGGGCAGGAGTCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116400 CGACAGGACCACCCCAGTAGCATGGGTGTTTATGGGCAGGAGTCTGGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 ATTTTCCGGACCAGGAGAGAACCGGAGCATGAGTGGCCCTGATAACCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116450 ATTTTCCGGACCAGGAGAGAACCGGAGCATGAGTGGCCCTGATAACCGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 GCAGGGGAAGAGGGGGATTTGATCGTGGAGGCATGAGCAGAGGTGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116500 GCAGGGGAAGAGGGGGATTTGATCGTGGAGGCATGAGCAGAGGTGGGCGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GGAGGAGGACGCGGTGGAATGGG         CGCTGGAGAGCGAGGTGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 116550 GGAGGAGGACGCGGTGGAATGGGGTA...CAGCGCTGGAGAGCGAGGTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 CTTCAATAAGCCTGGTG         GACCCATGGATGAAGGACCAGATC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 119369 CTTCAATAAGCCTGGTGGTA...CAGGACCCATGGATGAAGGACCAGATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 TTGATCTAG         GCCCACCTGTAGATCCAGATGAAGACTCTGAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 119947 TTGATCTAGGTA...AAGGCCCACCTGTAGATCCAGATGAAGACTCTGAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1075 AACAGTGCAATTTATGTACAAGGATTAAATGACAGTGTGACTCTAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120306 AACAGTGCAATTTATGTACAAGGATTAAATGACAGTGTGACTCTAGATGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1125 TCTGGCAGACTTCTTTAAGCAGTGTGGGGTTGTTAAG         ATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 120356 TCTGGCAGACTTCTTTAAGCAGTGTGGGGTTGTTAAGGTC...TAGATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1166 ACAAGAGAACTGGGCAACCCATGATCCACATCTACCTGGACAAGGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124029 ACAAGAGAACTGGGCAACCCATGATCCACATCTACCTGGACAAGGAAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1216 GGAAAGCCCAAAGGCGATGCCACAGTGTCCTATGAAGACCCACCCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124079 GGAAAGCCCAAAGGCGATGCCACAGTGTCCTATGAAGACCCACCCACTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1266 CAAGGCTGCCGTGGAATGGTTTGATG         GGAAAGATTTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 124129 CAAGGCTGCCGTGGAATGGTTTGATGGTG...CAGGGAAAGATTTTCAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1307 GGAGCAAACTTAAAGTCTCCCTTGCTCGGAAGAAGCCTCCAATGAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125628 GGAGCAAACTTAAAGTCTCCCTTGCTCGGAAGAAGCCTCCAATGAACAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1357 ATGCGGGGTGGTCTGCCACCCCGTGAGGGCAGAGGCATGCCACCACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125678 ATGCGGGGTGGTCTGCCACCCCGTGAGGGCAGAGGCATGCCACCACCACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407 CCGTGGAG         GTCCAGGAGGCCCAGGAGGTCCTGGGGGACCCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 125728 CCGTGGAGGTA...TAGGTCCAGGAGGCCCAGGAGGTCCTGGGGGACCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1448 TGGGTCGCATGGGAGGCCGTGGAGGAGATAGAGGAGGCTTCCCTCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126552 TGGGTCGCATGGGAGGCCGTGGAGGAGATAGAGGAGGCTTCCCTCCAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1498 GGACCCCGGGGTTCCCGAGGGAACCCCTCTGGAGGAGGAAACGTCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126602 GGACCCCGGGGTTCCCGAGGGAACCCCTCTGGAGGAGGAAACGTCCAGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 CCGAGCTGGAGACTGGCAGTGTCCCAATCC         GGGTTGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 126652 CCGAGCTGGAGACTGGCAGTGTCCCAATCCGTA...CAGGGGTTGTGGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1589 ACCAGAACTTCGCCTGGAGAACAGAGTGCAACCAGTGTAAGGCCCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127031 ACCAGAACTTCGCCTGGAGAACAGAGTGCAACCAGTGTAAGGCCCCAAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1639 CCTGAAGGCTTCCTCCCGCCACCCTTTCCGCCCCCGG         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 127081 CCTGAAGGCTTCCTCCCGCCACCCTTTCCGCCCCCGGGTA...TAGGTGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1680 TGATCGTGGCAGAGGTGGCCCTGGTGGCATGCGGGGAGGAAGAGGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127389 TGATCGTGGCAGAGGTGGCCCTGGTGGCATGCGGGGAGGAAGAGGTGGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1730 TCATGGATCGTGGTGGTCCCGGTGGAATGTTCAGAGGTGGCCGTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127439 TCATGGATCGTGGTGGTCCCGGTGGAATGTTCAGAGGTGGCCGTGGTGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1780 GACAGAGGTGGCTTCCGTGGTGGCCGGGGCATGGACCGAGGTGGCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127489 GACAGAGGTGGCTTCCGTGGTGGCCGGGGCATGGACCGAGGTGGCTTTGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1830 TGGAGGAAGACGAGGTGGCCCTGGGGGGCCCCCTGGACCTTTGATGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127539 TGGAGGAAGACGAGGTGGCCCTGGGGGGCCCCCTGGACCTTTGATGGAAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 AGATGGGAGGAAGAAGAGGAGGACGTGGAGGACCTGGAAAAATGGATAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 127589 AGATGGGAGGAAGAAGAGGAGGACGTGGAGGACCTGGAAAAATGGATAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1929         AGGCGAGCACCGTCAGGAGCGCAGAGATCGGCCCTAC
        >>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127639 TA...CAGAGGCGAGCACCGTCAGGAGCGCAGAGATCGGCCCTAC