seq1 = pF1KB4456.tfa, 2376 bp
seq2 = pF1KB4456/gi568815594f_1693935.tfa (gi568815594f:1693935_1907285), 213351 bp

>pF1KB4456 2376
>gi568815594f:1693935_1907285 (Chr4)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-379  (105320-105589)   100% ->
380-445  (105813-105878)   100% ->
446-615  (107433-107602)   100% ->
616-739  (107686-107809)   100% ->
740-930  (107901-108091)   100% ->
931-1075  (109758-109902)   100% ->
1076-1266  (110396-110586)   100% ->
1267-1415  (110887-111035)   100% ->
1416-1537  (111421-111542)   100% ->
1538-1648  (111625-111735)   100% ->
1649-1839  (111816-112006)   100% ->
1840-1962  (112117-112239)   99% ->
1963-2100  (112612-112749)   100% ->
2101-2206  (112895-113000)   100% ->
2207-2376  (113182-113351)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGCCCCTGCCTGCGCCCTCGCGCTCTGCGTGGCCGTGGCCATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCGCCCCTGCCTGCGCCCTCGCGCTCTGCGTGGCCGTGGCCATCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGGCGCCTCCTCGGAGTCCTTGGGGACGGAGCAGCGCGTCGTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCGGCGCCTCCTCGGAGTCCTTGGGGACGGAGCAGCGCGTCGTGGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGCGGCAG         AAGTCCCGGGCCCAGAGCCCGGCCAGCAGGAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGCGGCAGGTA...CAGAAGTCCCGGGCCCAGAGCCCGGCCAGCAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGTTGGTCTTCGGCAGCGGGGATGCTGTGGAGCTGAGCTGTCCCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105352 CAGTTGGTCTTCGGCAGCGGGGATGCTGTGGAGCTGAGCTGTCCCCCGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGGGGGTGGTCCCATGGGGCCCACTGTCTGGGTCAAGGATGGCACAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105402 CGGGGGTGGTCCCATGGGGCCCACTGTCTGGGTCAAGGATGGCACAGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGTGCCCTCGGAGCGTGTCCTGGTGGGGCCCCAGCGGCTGCAGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105452 TGGTGCCCTCGGAGCGTGTCCTGGTGGGGCCCCAGCGGCTGCAGGTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AATGCCTCCCACGAGGACTCCGGGGCCTACAGCTGCCGGCAGCGGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105502 AATGCCTCCCACGAGGACTCCGGGGCCTACAGCTGCCGGCAGCGGCTCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCAGCGCGTACTGTGCCACTTCAGTGTGCGGGTGACAG         ACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105552 GCAGCGCGTACTGTGCCACTTCAGTGTGCGGGTGACAGGTG...CAGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTCCATCCTCGGGAGATGACGAAGACGGGGAGGACGAGGCTGAGGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105816 CTCCATCCTCGGGAGATGACGAAGACGGGGAGGACGAGGCTGAGGACACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGTGTGGACACAG         GGGCCCCTTACTGGACACGGCCCGAGCG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105866 GGTGTGGACACAGGTA...CAGGGGCCCCTTACTGGACACGGCCCGAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GATGGACAAGAAGCTGCTGGCCGTGCCGGCCGCCAACACCGTCCGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107461 GATGGACAAGAAGCTGCTGGCCGTGCCGGCCGCCAACACCGTCCGCTTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCTGCCCAGCCGCTGGCAACCCCACTCCCTCCATCTCCTGGCTGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107511 GCTGCCCAGCCGCTGGCAACCCCACTCCCTCCATCTCCTGGCTGAAGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGCAGGGAGTTCCGCGGCGAGCACCGCATTGGAGGCATCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107561 GGCAGGGAGTTCCGCGGCGAGCACCGCATTGGAGGCATCAAGGTG...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    616  CTGCGGCATCAGCAGTGGAGCCTGGTCATGGAAAGCGTGGTGCCCTCGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107685 GCTGCGGCATCAGCAGTGGAGCCTGGTCATGGAAAGCGTGGTGCCCTCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACCGCGGCAACTACACCTGCGTCGTGGAGAACAAGTTTGGCAGCATCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107735 ACCGCGGCAACTACACCTGCGTCGTGGAGAACAAGTTTGGCAGCATCCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGACGTACACGCTGGACGTGCTGG         AGCGCTCCCCGCACCG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 107785 CAGACGTACACGCTGGACGTGCTGGGTG...CAGAGCGCTCCCCGCACCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCCCATCCTGCAGGCGGGGCTGCCGGCCAACCAGACGGCGGTGCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107917 GCCCATCCTGCAGGCGGGGCTGCCGGCCAACCAGACGGCGGTGCTGGGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCGACGTGGAGTTCCACTGCAAGGTGTACAGTGACGCACAGCCCCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107967 GCGACGTGGAGTTCCACTGCAAGGTGTACAGTGACGCACAGCCCCACATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAGTGGCTCAAGCACGTGGAGGTGAATGGCAGCAAGGTGGGCCCGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108017 CAGTGGCTCAAGCACGTGGAGGTGAATGGCAGCAAGGTGGGCCCGGACGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CACACCCTACGTTACCGTGCTCAAG         ACGGCGGGCGCTAACA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108067 CACACCCTACGTTACCGTGCTCAAGGTG...TAGACGGCGGGCGCTAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCACCGACAAGGAGCTAGAGGTTCTCTCCTTGCACAACGTCACCTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109774 CCACCGACAAGGAGCTAGAGGTTCTCTCCTTGCACAACGTCACCTTTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GACGCCGGGGAGTACACCTGCCTGGCGGGCAATTCTATTGGGTTTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109824 GACGCCGGGGAGTACACCTGCCTGGCGGGCAATTCTATTGGGTTTTCTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCACTCTGCGTGGCTGGTGGTGCTGCCAG         CCGAGGAGGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 109874 TCACTCTGCGTGGCTGGTGGTGCTGCCAGGTA...CAGCCGAGGAGGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGGTGGAGGCTGACGAGGCGGGCAGTGTGTATGCAGGCATCCTCAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110408 TGGTGGAGGCTGACGAGGCGGGCAGTGTGTATGCAGGCATCCTCAGCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGGGTGGGCTTCTTCCTGTTCATCCTGGTGGTGGCGGCTGTGACGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110458 GGGGTGGGCTTCTTCCTGTTCATCCTGGTGGTGGCGGCTGTGACGCTCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCGCCTGCGCAGCCCCCCCAAGAAAGGCCTGGGCTCCCCCACCGTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110508 CCGCCTGCGCAGCCCCCCCAAGAAAGGCCTGGGCTCCCCCACCGTGCACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGATCTCCCGCTTCCCGCTCAAGCGACAG         CAGGTGTCCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 110558 AGATCTCCCGCTTCCCGCTCAAGCGACAGGTA...AAGCAGGTGTCCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GAGTCCAACGCGTCCATGAGCTCCAACACACCACTGGTGCGCATCGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110899 GAGTCCAACGCGTCCATGAGCTCCAACACACCACTGGTGCGCATCGCAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GCTGTCCTCAGGGGAGGGCCCCACGCTGGCCAATGTCTCCGAGCTCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110949 GCTGTCCTCAGGGGAGGGCCCCACGCTGGCCAATGTCTCCGAGCTCGAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGCCTGCCGACCCCAAATGGGAGCTGTCTCGGGCCCG         GCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110999 TGCCTGCCGACCCCAAATGGGAGCTGTCTCGGGCCCGGTC...CAGGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ACCCTGGGCAAGCCCCTTGGGGAGGGCTGCTTCGGCCAGGTGGTCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111425 ACCCTGGGCAAGCCCCTTGGGGAGGGCTGCTTCGGCCAGGTGGTCATGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GGAGGCCATCGGCATTGACAAGGACCGGGCCGCCAAGCCTGTCACCGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111475 GGAGGCCATCGGCATTGACAAGGACCGGGCCGCCAAGCCTGTCACCGTAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CCGTGAAGATGCTGAAAG         ACGATGCCACTGACAAGGACCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 111525 CCGTGAAGATGCTGAAAGGTG...CAGACGATGCCACTGACAAGGACCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TCGGACCTGGTGTCTGAGATGGAGATGATGAAGATGATCGGGAAACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111648 TCGGACCTGGTGTCTGAGATGGAGATGATGAAGATGATCGGGAAACACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AAACATCATCAACCTGCTGGGCGCCTGCACGCAGGGCG         GGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111698 AAACATCATCAACCTGCTGGGCGCCTGCACGCAGGGCGGTA...CAGGGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CCCTGTACGTGCTGGTGGAGTACGCGGCCAAGGGTAACCTGCGGGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111819 CCCTGTACGTGCTGGTGGAGTACGCGGCCAAGGGTAACCTGCGGGAGTTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CTGCGGGCGCGGCGGCCCCCGGGCCTGGACTACTCCTTCGACACCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111869 CTGCGGGCGCGGCGGCCCCCGGGCCTGGACTACTCCTTCGACACCTGCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GCCGCCCGAGGAGCAGCTCACCTTCAAGGACCTGGTGTCCTGTGCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111919 GCCGCCCGAGGAGCAGCTCACCTTCAAGGACCTGGTGTCCTGTGCCTACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 AGGTGGCCCGGGGCATGGAGTACTTGGCCTCCCAGAAG         TGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111969 AGGTGGCCCGGGGCATGGAGTACTTGGCCTCCCAGAAGGTG...CAGTGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 ATCCACAGGGACCTGGCTGCCCGCAATGTGCTGGTGACCGAGGACAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112120 ATCCACAGGGACCTGGCTGCCCGCAATGTGCTGGTGACCGAGGACAACGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GATGAAGATCGCAGACTTCGGGCTGGCCCGGGACGTGCACAACCTCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112170 GATGAAGATCGCAGACTTCGGGCTGGCCCGGGACGTGCACAACCTCGACT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 ACTACAAGAAGACAACCAAC         CTGGTCCTTTGGGGTCCTGCT
        ||||||||||||| ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 112220 ACTACAAGAAGACGACCAACGTG...CAGCTGGTCCTTTGGGGTCCTGCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 CTGGGAGATCTTCACGCTGGGGGGCTCCCCGTACCCCGGCATCCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112633 CTGGGAGATCTTCACGCTGGGGGGCTCCCCGTACCCCGGCATCCCTGTGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 AGGAGCTCTTCAAGCTGCTGAAGGAGGGCCACCGCATGGACAAGCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112683 AGGAGCTCTTCAAGCTGCTGAAGGAGGGCCACCGCATGGACAAGCCCGCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 AACTGCACACACGACCT         GTACATGATCATGCGGGAGTGCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 112733 AACTGCACACACGACCTGTG...CAGGTACATGATCATGCGGGAGTGCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 GCATGCCGCGCCCTCCCAGAGGCCCACCTTCAAGCAGCTGGTGGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112919 GCATGCCGCGCCCTCCCAGAGGCCCACCTTCAAGCAGCTGGTGGAGGACC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 TGGACCGTGTCCTTACCGTGACGTCCACCGAC         GAGTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112969 TGGACCGTGTCCTTACCGTGACGTCCACCGACGTG...CAGGAGTACCTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 GACCTGTCGGCGCCTTTCGAGCAGTACTCCCCGGGTGGCCAGGACACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113191 GACCTGTCGGCGCCTTTCGAGCAGTACTCCCCGGGTGGCCAGGACACCCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 CAGCTCCAGCTCCTCAGGGGACGACTCCGTGTTTGCCCACGACCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113241 CAGCTCCAGCTCCTCAGGGGACGACTCCGTGTTTGCCCACGACCTGCTGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 CCCCGGCCCCACCCAGCAGTGGGGGCTCGCGGACGTGAAGGGCCACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113291 CCCCGGCCCCACCCAGCAGTGGGGGCTCGCGGACGTGAAGGGCCACTGGT

   2500     .    :
   2366 CCCCAACAATG
        |||||||||||
 113341 CCCCAACAATG