seq1 = pF1KB4384.tfa, 2610 bp
seq2 = pF1KB4384/gi568815596f_46246871.tfa (gi568815596f:46246871_46484657), 237787 bp

>pF1KB4384 2610
>gi568815596f:46246871_46484657 (Chr2)

1-26  (51042-51067)   100% ->
27-217  (100003-100193)   100% ->
218-369  (109281-109432)   100% ->
370-454  (109854-109938)   100% ->
455-573  (113768-113886)   100% ->
574-779  (114015-114220)   100% ->
780-886  (122957-123063)   100% ->
887-1034  (128820-128967)   100% ->
1035-1249  (129669-129883)   100% ->
1250-1443  (131024-131217)   100% ->
1444-1554  (131787-131897)   100% ->
1555-2045  (133357-133847)   100% ->
2046-2172  (134726-134852)   100% ->
2173-2287  (135105-135219)   100% ->
2288-2461  (135555-135728)   100% ->
2462-2610  (137639-137787)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAGCTGACAAGGAGAAGAAAAG         GAGTAGCTCGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  51042 ATGACAGCTGACAAGGAGAAGAAAAGGTA...TAGGAGTAGCTCGGAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAGGAAGGAGAAGTCCCGGGATGCTGCGCGGTGCCGGCGGAGCAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 GAGGAAGGAGAAGTCCCGGGATGCTGCGCGGTGCCGGCGGAGCAAGGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGAGGTGTTCTATGAGCTGGCCCATGAGCTGCCTCTGCCCCACAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100068 CGGAGGTGTTCTATGAGCTGGCCCATGAGCTGCCTCTGCCCCACAGTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCTCCCATCTGGACAAGGCCTCCATCATGCGACTGGCAATCAGCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100118 AGCTCCCATCTGGACAAGGCCTCCATCATGCGACTGGCAATCAGCTTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCGAACACACAAGCTCCTCTCCTCAG         TTTGCTCTGAAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100168 GCGAACACACAAGCTCCTCTCCTCAGGTA...CAGTTTGCTCTGAAAACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTCCGAAGCCGAAGCTGACCAGCAGATGGACAACTTGTACCTGAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109296 AGTCCGAAGCCGAAGCTGACCAGCAGATGGACAACTTGTACCTGAAAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGGAGGGTTTCATTGCCGTGGTGACCCAAGATGGCGACATGATCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109346 TTGGAGGGTTTCATTGCCGTGGTGACCCAAGATGGCGACATGATCTTTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTCAGAAAACATCAGCAAGTTCATGGGACTTACACAG         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109396 GTCAGAAAACATCAGCAAGTTCATGGGACTTACACAGGTG...CAGGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCTAACAGGACATAGTATCTTTGACTTCACTCATCCCTGCGACCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109858 AGCTAACAGGACATAGTATCTTTGACTTCACTCATCCCTGCGACCATGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGATTCGTGAGAACCTGAGTCTCAAAAATG         GCTCTGGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 109908 GAGATTCGTGAGAACCTGAGTCTCAAAAATGGTA...CAGGCTCTGGTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGGAAAAAAAGCAAAGACATGTCCACAGAGCGGGACTTCTTCATGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113778 TGGGAAAAAAAGCAAAGACATGTCCACAGAGCGGGACTTCTTCATGAGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGAAGTGCACGGTCACCAACAGAGGCCGTACTGTCAACCTCAAGTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113828 TGAAGTGCACGGTCACCAACAGAGGCCGTACTGTCAACCTCAAGTCAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACCTGGAAG         GTCTTGCACTGCACGGGCCAGGTGAAAGTCTA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113878 ACCTGGAAGGTA...CAGGTCTTGCACTGCACGGGCCAGGTGAAAGTCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAACAACTGCCCTCCTCACAATAGTCTGTGTGGCTACAAGGAGCCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114047 CAACAACTGCCCTCCTCACAATAGTCTGTGTGGCTACAAGGAGCCCCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGTCCTGCCTCATCATCATGTGTGAACCAATCCAGCACCCATCCCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114097 TGTCCTGCCTCATCATCATGTGTGAACCAATCCAGCACCCATCCCACATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GACATCCCCCTGGATAGCAAGACCTTCCTGAGCCGCCACAGCATGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114147 GACATCCCCCTGGATAGCAAGACCTTCCTGAGCCGCCACAGCATGGACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAAGTTCACCTACTGTGATGACAG         AATCACAGAACTGATTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 114197 GAAGTTCACCTACTGTGATGACAGGTA...CAGAATCACAGAACTGATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTTACCACCCTGAGGAGCTGCTTGGCCGCTCAGCCTATGAATTCTACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122974 GTTACCACCCTGAGGAGCTGCTTGGCCGCTCAGCCTATGAATTCTACCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCGCTAGACTCCGAGAACATGACCAAGAGTCACCAGAACT         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 123024 GCGCTAGACTCCGAGAACATGACCAAGAGTCACCAGAACTGTG...TAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GTGCACCAAGGGTCAGGTAGTAAGTGGCCAGTACCGGATGCTCGCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128821 GTGCACCAAGGGTCAGGTAGTAAGTGGCCAGTACCGGATGCTCGCAAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGGGGGCTACGTGTGGCTGGAGACCCAGGGGACGGTCATCTACAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128871 ATGGGGGCTACGTGTGGCTGGAGACCCAGGGGACGGTCATCTACAACCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CGCAACCTGCAGCCCCAGTGCATCATGTGTGTCAACTACGTCCTGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 128921 CGCAACCTGCAGCCCCAGTGCATCATGTGTGTCAACTACGTCCTGAGGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1035       TGAGATTGAGAAGAATGACGTGGTGTTCTCCATGGACCAGACTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128971 ...TAGTGAGATTGAGAAGAATGACGTGGTGTTCTCCATGGACCAGACTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AATCCCTGTTCAAGCCCCACCTGATGGCCATGAACAGCATCTTTGATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129713 AATCCCTGTTCAAGCCCCACCTGATGGCCATGAACAGCATCTTTGATAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGTGGCAAGGGGGCTGTGTCTGAGAAGAGTAACTTCCTATTCACCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129763 AGTGGCAAGGGGGCTGTGTCTGAGAAGAGTAACTTCCTATTCACCAAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AAAGGAGGAGCCCGAGGAGCTGGCCCAGCTGGCTCCCACCCCAGGAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129813 AAAGGAGGAGCCCGAGGAGCTGGCCCAGCTGGCTCCCACCCCAGGAGACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCATCATCTCTCTGGATTTCG         GGAATCAGAACTTCGAGGAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 129863 CCATCATCTCTCTGGATTTCGGTG...CAGGGAATCAGAACTTCGAGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TCCTCAGCCTATGGCAAGGCCATCCTGCCCCCGAGCCAGCCATGGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131044 TCCTCAGCCTATGGCAAGGCCATCCTGCCCCCGAGCCAGCCATGGGCCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGAGTTGAGGAGCCACAGCACCCAGAGCGAGGCTGGGAGCCTGCCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131094 GGAGTTGAGGAGCCACAGCACCCAGAGCGAGGCTGGGAGCCTGCCTGCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TCACCGTGCCCCAGGCAGCTGCCCCGGGCAGCACCACCCCCAGTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131144 TCACCGTGCCCCAGGCAGCTGCCCCGGGCAGCACCACCCCCAGTGCCACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AGCAGCAGCAGCAGCTGCTCCACG         CCCAATAGCCCTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 131194 AGCAGCAGCAGCAGCTGCTCCACGGTG...TAGCCCAATAGCCCTGAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CTATTACACATCTTTGGATAACGACCTGAAGATTGAAGTGATTGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131804 CTATTACACATCTTTGGATAACGACCTGAAGATTGAAGTGATTGAGAAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TCTTCGCCATGGACACAGAGGCCAAGGACCAATGCAGTACCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 131854 TCTTCGCCATGGACACAGAGGCCAAGGACCAATGCAGTACCCAGGTA...

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1555    ACGGATTTCAATGAGCTGGACTTGGAGACACTGGCACCCTATATCCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133354 CAGACGGATTTCAATGAGCTGGACTTGGAGACACTGGCACCCTATATCCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CATGGACGGGGAAGACTTCCAGCTAAGCCCCATCTGCCCCGAGGAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133404 CATGGACGGGGAAGACTTCCAGCTAAGCCCCATCTGCCCCGAGGAGCGGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TCTTGGCGGAGAACCCACAGTCCACCCCCCAGCACTGCTTCAGTGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133454 TCTTGGCGGAGAACCCACAGTCCACCCCCCAGCACTGCTTCAGTGCCATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 ACAAACATCTTCCAGCCACTGGCCCCTGTAGCCCCGCACAGTCCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133504 ACAAACATCTTCCAGCCACTGGCCCCTGTAGCCCCGCACAGTCCCTTCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CCTGGACAAGTTTCAGCAGCAGCTGGAGAGCAAGAAGACAGAGCCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133554 CCTGGACAAGTTTCAGCAGCAGCTGGAGAGCAAGAAGACAGAGCCCGAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 ACCGGCCCATGTCCTCCATCTTCTTTGATGCCGGAAGCAAAGCATCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133604 ACCGGCCCATGTCCTCCATCTTCTTTGATGCCGGAAGCAAAGCATCCCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 CCACCGTGCTGTGGCCAGGCCAGCACCCCTCTCTCTTCCATGGGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133654 CCACCGTGCTGTGGCCAGGCCAGCACCCCTCTCTCTTCCATGGGGGGCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 ATCCAATACCCAGTGGCCCCCAGATCCACCATTACATTTTGGGCCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133704 ATCCAATACCCAGTGGCCCCCAGATCCACCATTACATTTTGGGCCCACAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 AGTGGGCCGTCGGGGATCAGCGCACAGAGTTCTTGGGAGCAGCGCCGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133754 AGTGGGCCGTCGGGGATCAGCGCACAGAGTTCTTGGGAGCAGCGCCGTTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 GGGCCCCCTGTCTCTCCACCCCATGTCTCCACCTTCAAGACAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 133804 GGGCCCCCTGTCTCTCCACCCCATGTCTCCACCTTCAAGACAAGGTA...

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2046    GTCTGCAAAGGGTTTTGGGGCTCGAGGCCCAGACGTGCTGAGTCCGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134723 CAGGTCTGCAAAGGGTTTTGGGGCTCGAGGCCCAGACGTGCTGAGTCCGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 CCATGGTAGCCCTCTCCAACAAGCTGAAGCTGAAGCGACAGCTGGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134773 CCATGGTAGCCCTCTCCAACAAGCTGAAGCTGAAGCGACAGCTGGAGTAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 GAAGAGCAAGCCTTCCAGGACCTGAGCGGG         GGGGACCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 134823 GAAGAGCAAGCCTTCCAGGACCTGAGCGGGGTG...CAGGGGGACCCACC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 TGGTGGCAGCACCTCACATTTGATGTGGAAACGGATGAAGAACCTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135116 TGGTGGCAGCACCTCACATTTGATGTGGAAACGGATGAAGAACCTCAGGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 GTGGGAGCTGCCCTTTGATGCCGGACAAGCCACTGAGCGCAAATGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135166 GTGGGAGCTGCCCTTTGATGCCGGACAAGCCACTGAGCGCAAATGTACCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 AATG         ATAAGTTCACCCAAAACCCCATGAGGGGCCTGGGCCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135216 AATGGTG...CAGATAAGTTCACCCAAAACCCCATGAGGGGCCTGGGCCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 TCCCCTGAGACATCTGCCGCTGCCACAGCCTCCATCTGCCATCAGTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135592 TCCCCTGAGACATCTGCCGCTGCCACAGCCTCCATCTGCCATCAGTCCCG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 GGGAGAACAGCAAGAGCAGGTTCCCCCCACAGTGCTACGCCACCCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135642 GGGAGAACAGCAAGAGCAGGTTCCCCCCACAGTGCTACGCCACCCAGTAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 CAGGACTACAGCCTGTCGTCAGCCCACAAGGTGTCAG         GCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 135692 CAGGACTACAGCCTGTCGTCAGCCCACAAGGTGTCAGGTG...CAGGCAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 GGCAAGCCGGCTGCTCGGGCCCTCATTTGAGTCCTACCTGCTGCCCGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137643 GGCAAGCCGGCTGCTCGGGCCCTCATTTGAGTCCTACCTGCTGCCCGAAC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 TGACCAGATATGACTGTGAGGTGAACGTGCCCGTGCTGGGAAGCTCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137693 TGACCAGATATGACTGTGAGGTGAACGTGCCCGTGCTGGGAAGCTCCACG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2566 CTCCTGCAAGGAGGGGACCTCCTCAGAGCCCTGGACCAGGCCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137743 CTCCTGCAAGGAGGGGACCTCCTCAGAGCCCTGGACCAGGCCACC