seq1 = pF1KB4366.tfa, 2769 bp
seq2 = pF1KB4366/gi568815596f_42145504.tfa (gi568815596f:42145504_42430204), 284701 bp

>pF1KB4366 2769
>gi568815596f:42145504_42430204 (Chr2)

1-25  (24109-24133)   100% ->
26-208  (100002-100184)   100% ->
209-338  (110998-111127)   100% ->
339-467  (117675-117803)   100% ->
468-493  (119203-119228)   100% ->
494-617  (135347-135470)   100% ->
618-767  (137320-137469)   99% ->
768-837  (139131-139200)   100% ->
838-948  (140766-140876)   100% ->
949-1044  (142724-142819)   97% ->
1045-1179  (149622-149756)   100% ->
1180-1315  (149878-150013)   100% ->
1316-1467  (155738-155889)   100% ->
1468-1593  (157601-157726)   100% ->
1594-1725  (157812-157943)   100% ->
1726-1793  (158981-159048)   100% ->
1794-1882  (170459-170547)   100% ->
1883-1980  (171924-172021)   100% ->
1981-2068  (179964-180051)   100% ->
2069-2167  (180651-180749)   100% ->
2168-2298  (183383-183513)   100% ->
2299-2769  (184231-184701)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGGTTTCGCCGGCAGTCTCG         ATGATAGTATTTCTGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  24109 ATGGACGGTTTCGCCGGCAGTCTCGGTG...TAGATGATAGTATTTCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGCAAGTACTTCTGATGTTCAAGATCGCCTGTCAGCTCTTGAGTCACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 TGCAAGTACTTCTGATGTTCAAGATCGCCTGTCAGCTCTTGAGTCACGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCAGCAACAAGAAGATGAAATCACTGTGCTAAAGGCGGCTTTGGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100068 TTCAGCAACAAGAAGATGAAATCACTGTGCTAAAGGCGGCTTTGGCTGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTTTGAGGCGTCTTGCAATCTCTGAAGATCATGTGGCCTCAGTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100118 GTTTTGAGGCGTCTTGCAATCTCTGAAGATCATGTGGCCTCAGTGAAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATCAGTCTCAAGTAAAG         GCCAACCAAGCCCTCGAGCAGTTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100168 ATCAGTCTCAAGTAAAGGTA...TAGGCCAACCAAGCCCTCGAGCAGTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCCCATGTCCTGTATAACCAATGGAAGTGGTGCAAACAGAAAACCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111022 TTCCCATGTCCTGTATAACCAATGGAAGTGGTGCAAACAGAAAACCAAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATACCAGTGCTGTCTCAATTGCAGGAAAAGAAACTCTTTCATCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111072 CATACCAGTGCTGTCTCAATTGCAGGAAAAGAAACTCTTTCATCTGCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAAAAG         CATAAAACGACCATCACCAGCTGAAAAGTCACATA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111122 TAAAAGGTA...TAGCATAAAACGACCATCACCAGCTGAAAAGTCACATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATTCTTGGGAAAATTCAGATGATAGCCGTAATAAATTGTCGAAAATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117710 ATTCTTGGGAAAATTCAGATGATAGCCGTAATAAATTGTCGAAAATACCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCAACACCCAAATTAATACCAAAAGTTACCAAAACTGCAGACAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 117760 TCAACACCCAAATTAATACCAAAAGTTACCAAAACTGCAGACAAGTA...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    468    GCATAAAGATGTCATCATCAACCAAG         AAGGAGAATATA
        >>>||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 119200 TAGGCATAAAGATGTCATCATCAACCAAGGTA...CAGAAGGAGAATATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTAAAATGTTTATGCGCGGTCGGCCAATTACCATGTTCATTCCTTCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135359 TTAAAATGTTTATGCGCGGTCGGCCAATTACCATGTTCATTCCTTCCGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTTGACAACTATGATGACATCAGAACGGAACTGCCTCCTGAGAAGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135409 GTTGACAACTATGATGACATCAGAACGGAACTGCCTCCTGAGAAGCTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACTGGAGTGGGC         ATATGGTTATCGAGGAAAGGACTGTAGAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 135459 ACTGGAGTGGGCGTA...AAGATATGGTTATCGAGGAAAGGACTGTAGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTAATGTTTACCTTCTTCCGACCGGGGAAATAGTTTATTTCATTGCATCA
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 137349 CTAATGTTTACCTTCTTCCGACCGGGAAAATAGTTTATTTCATTGCATCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTAGTAGTACTATTTAATTATGAGGAGAGAACTCAGCGACACTACCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137399 GTAGTAGTACTATTTAATTATGAGGAGAGAACTCAGCGACACTACCTGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCATACAGACTGTGTGAAATG         CCTTGCTATACATCCTGACA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 137449 CCATACAGACTGTGTGAAATGGTT...TAGCCTTGCTATACATCCTGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AAATTAGGATTGCAACTGGACAGATAGCTGGCGTGGATAAAGATGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139151 AAATTAGGATTGCAACTGGACAGATAGCTGGCGTGGATAAAGATGGAAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838          CCTCTACAACCCCACGTCAGAGTGTGGGATTCTGTTACTCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139201 GTG...CAGCCTCTACAACCCCACGTCAGAGTGTGGGATTCTGTTACTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ATCCACACTGCAGATTATTGGACTTGGCACTTTTGAGCGTGGAGTAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140807 ATCCACACTGCAGATTATTGGACTTGGCACTTTTGAGCGTGGAGTAGGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCCTGGATTTTTCAAAAGCA         GATTCAGGTGTTCATTTATGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 140857 GCCTGGATTTTTCAAAAGCAGTA...TAGGATTCAGGTGTTCATTTATGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GTTATTGATGACTCCAATGAGCATATGCTTACTGTATGGGACTGGCAGAG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 142745 ATTATTGATGACTCCAATGAGCATATGCTTACTGTATGGGACTGGCAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GAAAGCAAAAGGAGCAGAAATAAAG         ACAACAAATGAAGTTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 142795 GAAAGCAAAAGGAGCAGAAATAAAGGTA...TAGACAACAAATGAAGTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TTTTGGCTGTGGAGTTTCACCCAACAGATGCAAATACCATAATTACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149638 TTTTGGCTGTGGAGTTTCACCCAACAGATGCAAATACCATAATTACATGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GGTAAATCTCATATTTTCTTCTGGACCTGGAGCGGCAATTCACTAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149688 GGTAAATCTCATATTTTCTTCTGGACCTGGAGCGGCAATTCACTAACAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AAAACAGGGAATTTTTGGG         AAATATGAAAAGCCAAAATTTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 149738 AAAACAGGGAATTTTTGGGGTA...TAGAAATATGAAAAGCCAAAATTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGCAGTGTTTAGCATTCTTGGGGAATGGAGATGTTCTTACTGGAGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149900 TGCAGTGTTTAGCATTCTTGGGGAATGGAGATGTTCTTACTGGAGACTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GGTGGAGTCATGCTTATATGGAGCAAAACTACTGTAGAGCCCACACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149950 GGTGGAGTCATGCTTATATGGAGCAAAACTACTGTAGAGCCCACACCTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GAAAGGACCTAAAG         GTGTATATCAAATCAGCAAACAAATCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 150000 GAAAGGACCTAAAGGTA...TAGGTGTATATCAAATCAGCAAACAAATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 AAGCTCATGATGGCAGTGTGTTCACACTTTGTCAGATGAGAAATGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155765 AAGCTCATGATGGCAGTGTGTTCACACTTTGTCAGATGAGAAATGGGATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TTATTAACTGGAGGAGGGAAAGACAGAAAAATAATTCTGTGGGATCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155815 TTATTAACTGGAGGAGGGAAAGACAGAAAAATAATTCTGTGGGATCATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TCTGAATCCTGAAAGAGAAATAGAG         GTTCCTGATCAGTATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 155865 TCTGAATCCTGAAAGAGAAATAGAGGTA...TAGGTTCCTGATCAGTATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GCACAATCAGAGCTGTAGCAGAAGGAAAGGCAGATCAATTTTTAGTAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157617 GCACAATCAGAGCTGTAGCAGAAGGAAAGGCAGATCAATTTTTAGTAGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ACATCACGAAACTTTATTTTACGAGGAACATTTAATGATGGCTTCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157667 ACATCACGAAACTTTATTTTACGAGGAACATTTAATGATGGCTTCCAAAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AGAAGTACAG         GGTCATACAGATGAGCTTTGGGGTCTTGCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 157717 AGAAGTACAGGTA...CAGGGTCATACAGATGAGCTTTGGGGTCTTGCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CACATCCCTTCAAAGATTTGCTCTTGACATGTGCTCAGGACAGGCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157843 CACATCCCTTCAAAGATTTGCTCTTGACATGTGCTCAGGACAGGCAGGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 TGCCTGTGGAACTCAATGGAACACAGGCTGGAATGGACCAGGCTGGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157893 TGCCTGTGGAACTCAATGGAACACAGGCTGGAATGGACCAGGCTGGTAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 T         GAACCAGGACACTGTGCAGATTTTCATCCAAGTGGCACAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157943 TGTG...TAGGAACCAGGACACTGTGCAGATTTTCATCCAAGTGGCACAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TGGTGGCCATAGGAACGCACTCAGGCAG         GTGGTTTGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 159021 TGGTGGCCATAGGAACGCACTCAGGCAGGTA...CAGGTGGTTTGTTCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GATGCAGAAACCAGAGATCTAGTTTCTATCCACACAGACGGGAATGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170472 GATGCAGAAACCAGAGATCTAGTTTCTATCCACACAGACGGGAATGAACA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 GCTCTCTGTGATGCGCTACTCAATAG         ATGGTACCTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 170522 GCTCTCTGTGATGCGCTACTCAATAGGTA...TAGATGGTACCTTCCTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 CTGTAGGATCTCATGACAACTTTATTTACCTCTATGTAGTCTCTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171939 CTGTAGGATCTCATGACAACTTTATTTACCTCTATGTAGTCTCTGAAAAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GGAAGAAAATATAGCAGATATGGAAGGTGCACT         GGACATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 171989 GGAAGAAAATATAGCAGATATGGAAGGTGCACTGTA...TAGGGACATTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 CAGCTACATCACACACCTTGACTGGTCCCCAGACAACAAGTATATAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179972 CAGCTACATCACACACCTTGACTGGTCCCCAGACAACAAGTATATAATGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 CTAACTCGGGAGACTATGAAATATTGTACT         GGGACATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 180022 CTAACTCGGGAGACTATGAAATATTGTACTGTA...AAGGGGACATTCCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 AATGGCTGCAAACTAATCAGGAATCGATCGGATTGTAAGGACATTGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180662 AATGGCTGCAAACTAATCAGGAATCGATCGGATTGTAAGGACATTGATTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 GACGACATATACCTGTGTGCTAGGATTTCAAGTATTTG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 180712 GACGACATATACCTGTGTGCTAGGATTTCAAGTATTTGGTA...AAGGTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 TCTGGCCAGAAGGATCTGATGGGACAGATATCAATGCACTGGTGCGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183386 TCTGGCCAGAAGGATCTGATGGGACAGATATCAATGCACTGGTGCGATCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 CACAATAGAAAGGTGATAGCTGTTGCCGATGACTTTTGTAAAGTCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183436 CACAATAGAAAGGTGATAGCTGTTGCCGATGACTTTTGTAAAGTCCATCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2271 GTTTCAGTATCCCTGCTCCAAAGCAAAG         GCTCCCAGTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 183486 GTTTCAGTATCCCTGCTCCAAAGCAAAGGTA...TAGGCTCCCAGTCACA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2312 AGTACAGTGCCCACAGCAGCCATGTCACCAATGTCAGTTTTACTCACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184244 AGTACAGTGCCCACAGCAGCCATGTCACCAATGTCAGTTTTACTCACAAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2362 GACAGTCACCTGATATCAACTGGTGGAAAAGACATGAGCATCATTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184294 GACAGTCACCTGATATCAACTGGTGGAAAAGACATGAGCATCATTCAGTG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2412 GAAACTTGTGGAAAAGTTATCTTTGCCTCAGAATGAGACTGTAGCGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184344 GAAACTTGTGGAAAAGTTATCTTTGCCTCAGAATGAGACTGTAGCGGATA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2462 CTACTCTAACCAAAGCCCCCGTCTCTTCCACTGAAAGTGTCATCCAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184394 CTACTCTAACCAAAGCCCCCGTCTCTTCCACTGAAAGTGTCATCCAATCT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 AATACTCCCACACCGCCTCCTTCTCAGCCCTTAAATGAGACAGCTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184444 AATACTCCCACACCGCCTCCTTCTCAGCCCTTAAATGAGACAGCTGAAGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 GGAAAGTAGAATAAGCAGTTCTCCCACACTTCTGGAGAACAGCCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184494 GGAAAGTAGAATAAGCAGTTCTCCCACACTTCTGGAGAACAGCCTGGAAC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2612 AAACTGTGGAGCCAAGTGAAGACCACAGCGAGGAGGAGAGTGAAGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184544 AAACTGTGGAGCCAAGTGAAGACCACAGCGAGGAGGAGAGTGAAGAGGGC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2662 AGCGGAGACCTTGGTGAGCCTCTTTATGAAGAGCCATGCAACGAGATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184594 AGCGGAGACCTTGGTGAGCCTCTTTATGAAGAGCCATGCAACGAGATAAG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2712 CAAGGAGCAGGCCAAAGCCACCCTTCTGGAGGACCAGCAAGACCCTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184644 CAAGGAGCAGGCCAAAGCCACCCTTCTGGAGGACCAGCAAGACCCTTCGC

   2950     .
   2762 CCTCGTCC
        ||||||||
 184694 CCTCGTCC