seq1 = pF1KB4360.tfa, 2385 bp
seq2 = pF1KB4360/gi568815593f_141035435.tfa (gi568815593f:141035435_141237819), 202385 bp

>pF1KB4360 2385
>gi568815593f:141035435_141237819 (Chr5)

1-2385  (100001-102385)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACTGCGCTAGCAAAAACGCCACAGAAAAGGCAAGTTATGTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGACTGCGCTAGCAAAAACGCCACAGAAAAGGCAAGTTATGTTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCTATATTGTTGCTTTTGTGGGAGGCTGGCTCTGAGGCAGTTAGGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCTATATTGTTGCTTTTGTGGGAGGCTGGCTCTGAGGCAGTTAGGTATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCATACCAGAAGAAACAGAAAGTGGCTATTCTGTGGCCAACCTGGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCATACCAGAAGAAACAGAAAGTGGCTATTCTGTGGCCAACCTGGCAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACCTGGGTCTTGGGGTGGGGGAACTGGCCACTCGGGGCGCGCGAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACCTGGGTCTTGGGGTGGGGGAACTGGCCACTCGGGGCGCGCGAATGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTACAAAGGAAACAAAGAGCTCTTGCAGCTTGATATAAAGACCGGCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTACAAAGGAAACAAAGAGCTCTTGCAGCTTGATATAAAGACCGGCAATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCTTCTATATGAAAAACTAGACCGGGAGGTGATGTGCGGGGCGACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCTTCTATATGAAAAACTAGACCGGGAGGTGATGTGCGGGGCGACAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCTGTATATTGCATTTCCAGCTCTTACTAGAAAATCCAGTGCAGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCTGTATATTGCATTTCCAGCTCTTACTAGAAAATCCAGTGCAGTTTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCAAACTGATCTGCAGCTCACAGATATAAATGACCATGCCCCAGAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCAAACTGATCTGCAGCTCACAGATATAAATGACCATGCCCCAGAGTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGAGAAGGAAATGCTCCTAAAAATCCCAGAGAGCACCCAGCCAGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGAGAAGGAAATGCTCCTAAAAATCCCAGAGAGCACCCAGCCAGGGACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTGTTTCCCTTAAAAATAGCCCAGGACTTTGACATAGGTAGCAACACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTGTTTCCCTTAAAAATAGCCCAGGACTTTGACATAGGTAGCAACACTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCAGAACTACACAATCAGCCCAAATTCACACTTTCATGTTGCTACGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCAGAACTACACAATCAGCCCAAATTCACACTTTCATGTTGCTACGCATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATCGCGGAGATGGCAGAAAATACCCAGAGCTGGTGCTGGACAAAGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATCGCGGAGATGGCAGAAAATACCCAGAGCTGGTGCTGGACAAAGCGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GACCGGGAGGAGCGGCCTGAGCTCAGCTTAACACTCACTGCACTGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GACCGGGAGGAGCGGCCTGAGCTCAGCTTAACACTCACTGCACTGGACGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGGGGCTCCGCCCAGGTCCGGGACCACCACAATTCGCATTGTCGTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGGGGCTCCGCCCAGGTCCGGGACCACCACAATTCGCATTGTCGTCTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATAATAATGACAACGCCCCCGAATTTTTACAATCATTCTATGAGGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATAATAATGACAACGCCCCCGAATTTTTACAATCATTCTATGAGGTACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTGCCCGAGAACAGCCCCCTTAACTCCTTAGTTGTCGTTGTCTCCGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTGCCCGAGAACAGCCCCCTTAACTCCTTAGTTGTCGTTGTCTCCGCTCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGATTTAGATGCAGGAGCATATGGGAGTGTAGCCTATGCTCTATTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGATTTAGATGCAGGAGCATATGGGAGTGTAGCCTATGCTCTATTCCAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCGATGAAGTTACTCAACCATTTGTAATAGACGAGAAAACAGCAGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCGATGAAGTTACTCAACCATTTGTAATAGACGAGAAAACAGCAGAAATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CGCCTGAAAAGGGCATTGGATTTCGAGGCAACTCCATATTATAACGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CGCCTGAAAAGGGCATTGGATTTCGAGGCAACTCCATATTATAACGTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AATTGTAGCCACAGATGGTGGGGGCCTTTCAGGAAAATGCACTGTGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AATTGTAGCCACAGATGGTGGGGGCCTTTCAGGAAAATGCACTGTGGCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TAGAAGTGGTGGATGTGAATGACAACGCCCCTGAACTCACCATGTCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TAGAAGTGGTGGATGTGAATGACAACGCCCCTGAACTCACCATGTCTACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CTCTCCAGCCCTACCCCAGAAAATGCCCCGGAAACTGTAGTTGCCGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CTCTCCAGCCCTACCCCAGAAAATGCCCCGGAAACTGTAGTTGCCGTTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CAGTGTTTCTGATCCAGACTCCGGGGACAACGGTAGGATGATTTGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CAGTGTTTCTGATCCAGACTCCGGGGACAACGGTAGGATGATTTGCTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TCCAGAATGATCTCCCCTTTCTTTTGAAGCCCACATTAAAAAACTTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TCCAGAATGATCTCCCCTTTCTTTTGAAGCCCACATTAAAAAACTTTTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 ACCCTAGTGACACAGAGAACACTGGACAGAGAGAGCCAAGCCGAGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 ACCCTAGTGACACAGAGAACACTGGACAGAGAGAGCCAAGCCGAGTACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CATCACCATCACTGTCACCGACATGGGGACACCCAGGCTGAAAACCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CATCACCATCACTGTCACCGACATGGGGACACCCAGGCTGAAAACCGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 ACAACATAACGGTCCTGGTCTCCGACGTCAATGACAACGCCCCCGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 ACAACATAACGGTCCTGGTCTCCGACGTCAATGACAACGCCCCCGCCTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 ACCCAAACCTCCTACACCCTGTTCGTCCGAGAGAACAACAGCCCCGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 ACCCAAACCTCCTACACCCTGTTCGTCCGAGAGAACAACAGCCCCGCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GCACATCGGCAGTGTCAGCGCCACAGACAGAGACTCAGGCACCAACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GCACATCGGCAGTGTCAGCGCCACAGACAGAGACTCAGGCACCAACGCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 AGGTCACCTACTCGCTGCTGCCGCCCCAGAACCCACACCTGCGCCTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 AGGTCACCTACTCGCTGCTGCCGCCCCAGAACCCACACCTGCGCCTCGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 TCCCTGGTCTCCATCAACGCGGACAACGGCCACCTGTTTGCCCTCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 TCCCTGGTCTCCATCAACGCGGACAACGGCCACCTGTTTGCCCTCAGGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 GCTGGACTACGAGGCCCTGCAGGCGTTCGAGTTCCGCGTGGGAGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 GCTGGACTACGAGGCCCTGCAGGCGTTCGAGTTCCGCGTGGGAGCCACAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 ACCGCGGCTCCCCGGCGCTGAGCAGCGAGGCGCTGGTGCGCGTGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 ACCGCGGCTCCCCGGCGCTGAGCAGCGAGGCGCTGGTGCGCGTGCTGGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 CTGGACGCCAACGACAACTCGCCCTTCGTGCTGTATCCGCTGCAGAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 CTGGACGCCAACGACAACTCGCCCTTCGTGCTGTATCCGCTGCAGAACGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 CTCGGCGCCTTGCACCGAGCTGGTGCCCCGGGCGGCCGAGCCGGGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 CTCGGCGCCTTGCACCGAGCTGGTGCCCCGGGCGGCCGAGCCGGGCTACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 TGGTGACCAAGGTGGTGGCGGTGGACGGTGACTCGGGCCAGAACGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 TGGTGACCAAGGTGGTGGCGGTGGACGGTGACTCGGGCCAGAACGCCTGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 CTGTCGTACCAGCTGCTCAAGGCCACGGAGCCCGGGCTGTTCAGCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 CTGTCGTACCAGCTGCTCAAGGCCACGGAGCCCGGGCTGTTCAGCATGTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 GGCGCACAATGGCGAGGTGCGCACCGCCAGGCTGCTGAGCGAGCGCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 GGCGCACAATGGCGAGGTGCGCACCGCCAGGCTGCTGAGCGAGCGCGACG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 CGGCCAAGCACAGGCTGGTGGTGCTGGTCAAGGACAATGGCGAGCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 CGGCCAAGCACAGGCTGGTGGTGCTGGTCAAGGACAATGGCGAGCCTCCG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 CGCTCGGCCACCGCCACGCTGCACGTGCTCCTGGTGGACGGCTTCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 CGCTCGGCCACCGCCACGCTGCACGTGCTCCTGGTGGACGGCTTCTCCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 GCCCTACCTGCCGCTGCCGGAGGCGGCCCCGGCCCAGGCCCAGGCCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 GCCCTACCTGCCGCTGCCGGAGGCGGCCCCGGCCCAGGCCCAGGCCGACT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 CGCTCACTGTCTACCTGGTGGTGGCATTGGCCTCGGTGTCGTCGCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 CGCTCACTGTCTACCTGGTGGTGGCATTGGCCTCGGTGTCGTCGCTCTTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 CTCTTTTCGGTGCTCCTGTTCGTGGCAGTGCGGCTGTGCAGGAGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 CTCTTTTCGGTGCTCCTGTTCGTGGCAGTGCGGCTGTGCAGGAGGAGCAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 GGCGGCCCCGGTCGGTCGCTGCTCGGTGCCCGAGGGCCCCTTTCCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 GGCGGCCCCGGTCGGTCGCTGCTCGGTGCCCGAGGGCCCCTTTCCAGGGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 ATCTGGTGGACGTGAGCGGCACCGGGACCCTATCCCAGAGCTACCACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 ATCTGGTGGACGTGAGCGGCACCGGGACCCTATCCCAGAGCTACCACTAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 GAGGTGTGTTTGACCGGAGACTCAGGGGCCGGCGAGTTCAAGTTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 GAGGTGTGTTTGACCGGAGACTCAGGGGCCGGCGAGTTCAAGTTCCTGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 GCCGATTATTCCTAACCTTTTGCCCCAGGGCGCTGGTGAAGAAATAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 GCCGATTATTCCTAACCTTTTGCCCCAGGGCGCTGGTGAAGAAATAGGGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .
   2351 AAACTGCTGCCTTCCGGAATAGCTTTGGATTAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102351 AAACTGCTGCCTTCCGGAATAGCTTTGGATTAAAT