seq1 = pF1KB4308.tfa, 549 bp
seq2 = pF1KB4308/gi568815596r_96748304.tfa (gi568815596r:96748304_96957987), 209684 bp

>pF1KB4308 549
>gi568815596r:96748304_96957987 (Chr2)

(complement)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-204  (103547-103650)   100% ->
205-408  (104384-104587)   100% ->
409-549  (109544-109684)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACGCCTCGGCCCTGCGCGGACGGGCCCTGCTGCTCGCATCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACGCCTCGGCCCTGCGCGGACGGGCCCTGCTGCTCGCATCCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGGTGCTCGGCGTACAGCAGACGCTGGAGGAGATGGACTTCGAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGGTGCTCGGCGTACAGCAGACGCTGGAGGAGATGGACTTCGAGAGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          GAATCTGGTCGGCAGCCCTGAATGGAGACCTGGGCCGAGTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTG...CAGGAATCTGGTCGGCAGCCCTGAATGGAGACCTGGGCCGAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGCATTTAATCCAGAAGGCCGAGGACCCAAGTCAGCCCGACTCGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103588 AAGCATTTAATCCAGAAGGCCGAGGACCCAAGTCAGCCCGACTCGGCCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACACTGCGCTG         CACTATGCCAGCCGCAATGGGCACTACG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103638 CTACACTGCGCTGGTG...CAGCACTATGCCAGCCGCAATGGGCACTACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGTGTGCCAGTTCCTGCTGGAAAGCGGAGCTAAGTGTGATGCCCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104412 CTGTGTGCCAGTTCCTGCTGGAAAGCGGAGCTAAGTGTGATGCCCAGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACGGGGGTGCCACTGCTCTGCACCGAGCCAGCTACTGCGGGCACACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104462 CACGGGGGTGCCACTGCTCTGCACCGAGCCAGCTACTGCGGGCACACTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATCGCGCGGCTCCTGCTATCACATGGGTCCAACCCCAGGGTGGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104512 AATCGCGCGGCTCCTGCTATCACATGGGTCCAACCCCAGGGTGGTGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGACGGCATGACCAGTCTGCATAAG         GCTGCTGAGAGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104562 ACGACGGCATGACCAGTCTGCATAAGGTG...CAGGCTGCTGAGAGGGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CACGGGGACATCTGCTCCCTCCTCCTGCAACACAGCCCAGCCCTGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109559 CACGGGGACATCTGCTCCCTCCTCCTGCAACACAGCCCAGCCCTGAAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCCGGGACCGAAAGGCACGGCTAGCATGTGACCTGCTGCCTTGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109609 CATCCGGGACCGAAAGGCACGGCTAGCATGTGACCTGCTGCCTTGCAACA

    550     .    :    .    :    .
    524 GTGACCTGCGGGACCTGCTATCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||
 109659 GTGACCTGCGGGACCTGCTATCCAGC